Археология в те годы сравнительно недавно отделилась от кладоискательства. Если главной целью сегодняшней археологии стала информация, то во времена Шлимана во главу угла зачастую все еще ставилось нахождение эффектных предметов и ценностей. Правила проведения раскопок, которых подобало придерживаться археологу, были крайне необременительными, не говоря уже о том, что их соблюдение никем не контролировалось. Никакого законодательства, которое регулировало бы методику раскопок, в Османской империи не существовало. От Шлимана потребовали лишь, чтобы он не уничтожал остатки строений и сдал половину находок в археологический музей Турции. Оба требования Шлиман нарушил без особых последствий для себя.
Если бы раскопки Шлимана происходили веком позже, то до «золота Трои» он попросту не дошел бы, медленно снимая слой за слоем, фиксируя и изучая бесчисленные черепки и зарисовывая борта раскопов. Но в XIX веке еще можно было работать иначе. Приступив в 1870 году к раскопкам, Шлиман проложил через холм гигантские траншеи, вынув сотни тонн земли. Шлиман не изучал памятник — он искал Трою Приама. Он фиксировал и описывал лишь самые ценные находки из верхних слоев, безжалостно срывая остатки зданий и стен. В результате шестой слой, который и был Троей Приама, оказался в значительной степени уничтожен его же раскопками — Шлиман считал, что Троянская война относится ко второму слою. Возмущенный таким подходом, Калверт отозвал свое разрешение на раскопку той части холма, которая принадлежала его семье, и соратники поссорились.
Впрочем, у самого Шлимана, несмотря на то что знаменитые золотые клады второго слоя уже были найдены, тоже появились сомнения. Обнаруженный им город был слишком мал для Трои Приама, здесь не было ни широких улиц, ни дворцов, ни величественного храма Афины…
После четырех археологических сезонов (включая пробные раскопки 1870 года) Шлиман оставляет Трою и переключается на раскопки в Греции, в Микенах.
В 1878 году Шлиман вернулся в Турцию, чтобы продолжить работы на Гиссарлыке. Он провел здесь еще два сезона и по результатам своих раскопок написал книгу «Илион». Но вопрос о том, был ли найденный им город Троей Гомера, оставался открытым. Дело в том, что, работая в Микенах и совершив там действительно сенсационные открытия, Шлиман близко познакомился с микенской культурой. Троя времен Приама должна была во многом напоминать Микены той же эпохи, но Второй город решительно не походил на Микены Агамемнона, равно как и на другие города эпохи поздней бронзы.
В 1881 году Шлиман две недели путешествовал по Троаде в сопровождении местного проводника, — вероятно, его терзали сомнения, и он искал другое место, где могла бы находиться Троя. Но эти поиски не дали результатов, и в 1882 году Шлиман вернулся на Гиссарлык. Теперь ему помогал молодой археолог Вильгельм Дёрпфельд. Дёрпфельд уже прошел хорошую археологическую школу, да и сам Шлиман из кладоискателя превратился за эти годы в профессионального ученого. Два исследователя начинали понемногу разбираться в сложной мешанине культурных слоев, которые представлял из себя Гиссарлык.
Последняя троянская экспедиция Шлимана и Дёрпфельда пришлась на 1889–1890 годы. И теперь наконец было сделано решающее открытие: в шестом слое был обнаружен мегарон, напоминающий мегарон микенского времени в Тиринфе, и микенская же керамика. С одной стороны, это сводило на нет все предыдущие доводы Шлимана — он понял, что своими руками уничтожил значительную часть гомеровской Трои. С другой стороны, эти находки говорили о том, что в микенское время на Гиссарлыке действительно стоял большой укрепленный город и этот город мог быть столицей Приама… К сожалению, Шлиман так и не успел сделать окончательные выводы — он умер в 1890 году.
…Обозревая всю эту историю из XXI века, нельзя не признать, что Шлиман проводил свои раскопки самыми варварскими методами даже по меркам его времени. С другой стороны, если бы не Шлиман, не известно, что бы мы знали о Трое сегодня. Конечно, раскопки на Гиссарлыке рано или поздно начались бы. Вероятно, они бы проходили медленно, ведь требования к археологическим методам ужесточались от десятилетия к десятилетию. Не известно, кто бы финансировал этот проект — ведь до тех пор, пока не было более или менее доказано, что на Гиссарлыке стояла Троя Гомера, этот холм был лишь одним из тысяч археологических памятников Турции. Не исключено, что и по сей день там шли бы методически безупречные вялотекущие раскопки, не углубляющиеся ниже эллинистических слоев, а «Илиада» все еще считалась бы худлитом, хотя бы и имеющим эпические корни.