Узнав о деятельности отца Максима и его усилиях сохранить веру среди албазинцев, русские власти обратились к китайскому императору с просьбой об освобождении пленных или же о разрешении им построить в Пекине русскую церковь. Канси, который был весьма терпим в вопросах веры, пошел навстречу. В 1696 году священник Максим Леонтьев вместе с прибывшим из России духовенством освятил церковь во имя Святой Софии Премудрости Божией, однако ее называли Никольской в честь чудотворной иконы святителя Николая Мирликийского. Отец Максим спас эту икону и кое-какую церковную утварь во время осады Албазина и смог привезти в Китай. К сожалению, наставления отца Максима, как писал историк Православия в Китае иеромонах Николай (Адоратский), «не в состоянии были предохранить албазинцев от языческого влияния», а «в ближайшем их потомстве явилось открытое равнодушие к вере отцев». К тому же с годами албазинский батюшка стал стар и немощен, его зрение ухудшалось. Ему требовалась замена. Он и сам это, видимо, понимал. Албазинцы через русских купцов, время от времени прибывавших в Пекин с торговыми караванами, обратились с просьбой прислать им из России нового священника.
Всероссийский император Петр Первый, несомненно, знал о сложных проблемах в православной общине Пекина. Императора постоянно занимала мысль о распространении Православия в Китае и Монголии. И он был первым правителем России, кто в указе еще от 1700 года поставил вопрос о создании постоянной духовной миссии в Пекине. Смерть священника Максима Леонтьева ускорила решение вопроса о миссии. Русское правительство смогло договориться с цинскими властями об отправке в Пекин группы священников. Договорились также о включении в состав миссии учеников для изучения местных языков, обычаев и культуры Китая. При этом обычно очень решительный Петр призывал к всемерной осторожности, чтобы миссионерская работа не вызвала озлобления богдыханских чиновников и тем самым не осложнила межгосударственные отношения.
В качестве главы миссии был отправлен воспитанник Киевской духовной академии архимандрит Иларион (Лежайский) со священником, диаконами и учениками. Путешествие длилось около двух лет. И вот в конце 1715 года первая миссия прибыла в Пекин, ее члены были торжественно приняты и зачислены… на императорскую службу. Им отвели казенные квартиры около православной церкви и выдали единовременное пособие, а также назначили ежемесячное жалованье. Богдыхан зачислил прибывших миссионеров на свою службу, поскольку православные священники обслуживали нужды гвардейской роты, составленной из албазинцев и других русских, оказавшихся в Срединной империи. Архимандрита Илариона он пожаловал титулом мандарина 5–й степени, священника с диаконом — мандаринов 7–й степени и т. д. Архимандрит «устроил правильное и стройное богослужение, чем привлекал в православную церковь не только албазинцев, но и других, язычествующих жителей Пекина».
Стоит отметить, что католические миссионеры начали проповедовать в Китае на много десятилетий раньше православных священников. Например, уже к XVIII веку иезуиты перевели на китайский язык до 500 книг религиозно-нравственного содержания, к 1723 году только иезуиты имели более 300 тысяч новообращенных, более 300 церквей, множество часовень, молелен, церковных поместий, фабрик и заводов. Миссионеры других орденов в совокупности имели 35 церквей и до 35 тысяч новообращенных. Католические миссионеры не испытывали радости в связи с появлением в Пекине Русской православной миссии и практически сразу стали интриговать против нее при дворе богдыхана.
Несмотря на первоначальную благосклонность цинских властей к православным, жизнь членов Русской духовной миссии в Пекине оказалась весьма трудной. Тоска по родине, чужая среда, непривычный климат и пища не прибавляли оптимизма и здоровья. Скоро стал болеть начальник миссии архимандрит Иларион. В апреле 1718 года он скончался и был похоронен на кладбище албазинцев.
Следующая миссия выехала из Петербурга в Китай лишь через три года. На служение многотрудному делу «проповеди слова Божия и размножения православныя христианския восточного благочестия веры» в Китае был избран епископ Иннокентий (Кульчицкий). Одиннадцать месяцев он добирался до Иркутска, а дальше начались дипломатически-бюрократические игрища, и епископ застрял в Сибири. Иезуиты посоветовали китайским чиновникам не допускать русского владыку в Пекин. В конце 1722 года умер благоволивший христианам император Канси, и на престол вступил его четвертый сын, Юнчжен. Он негативно относился к католическим миссионерам и при своем дворе оставил их минимум, а прочих приказал отправить на юг Китая, в Кантон и Макао, для высылки на родину. Множество католических храмов новый монарх закрыл. Но и православного епископа Юнчжен не жаждал видеть в Пекине.
А в январе 1725 года умер император Петр Первый. У взошедшей на трон Екатерины I появились новые элементы в китайской политике, насторожившие Пекин. В итоге епископ Иннокентий остался в России. Вместо него в Пекин, по указу Екатерины I от декабря 1726 года, начальником миссии был назначен архимандрит Антоний (Платковский) «с приличным числом священников и прочих церковных служителей, а именно от четырех до шести персон». Понятно, что в таком составе широкую миссионерскую деятельность развернуть было нелегко.
Для второй миссии было отведено весьма почетное место в центре Пекина на посольском дворе, вблизи от императорского города, правительственных канцелярий и торговых улиц. Прежде здесь останавливались вассальные князья, прибывавшие ко двору. С приездом Русской миссии посольский двор стали называть Наньгуань (Южное подворье) в отличие от Бэйгуань (Северного подворья), где жили албазинцы. На средства, выделенные цинским правительством, на Южном подворье поставили каменный храм и перенесли в него икону святителя Николая Чудотворца. Храм возводили китайцы по своей традиционной строительной технологии: он оказался на удивление прочным и устоял даже во время страшного землетрясения, когда только лишь в Пекине погибло около 75 тысяч человек.
Изучая материалы и документы той эпохи, можно с прискорбием сказать, что не все русские миссионеры отличались благочестием, не все они выдержали тяжелые условия жизни в Китае. Некоторые морально и физически сломались, так и не вернулись на Родину, скончавшись в Китае. Но было и подвижничество, твердое служение православной вере, долгу и Отечеству. И таких примеров — множество.
19 век
В апреле 1997 года года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил «Восстановить исполнение указа Синода о почитании в лике местночтимых святых мучеников священномученика Митрофана и 221 православных мирян, с ним в Китае пострадавших. Днём их памяти определить 24 июня».
Существование в столице Китая на протяжении почти двух с половиной веков (1715–1954) Русской духовной миссии — явление во многом уникальное. Члены миссий (всего таких миссий было двадцать) являлись свидетелями, а подчас и участниками крупных событий, происходивших в истории Китая и российско-китайских отношений. Официальным посланникам российского правительства, приезжавшим в Китай, долгое время не удавалось получить от властей маньчжурской династии Цин разрешение на создание в Пекине на постоянной основе светского дипломатического представительства России. Поэтому начальникам и другим членам миссий Русской Православной Церкви с одобрения Санкт-Петербурга приходилось неофициально брать на себя в Пекине серьезные дипломатические функции. Некоторые члены миссии проявили себя искусными дипломатами. Это при том, что им приходилось действовать в крайне специфических условиях цинского Китая с его политикой самоизоляции от внешнего мира и высокомерно-презрительного отношения к иностранцам. Тем не менее представители Русской Православной Церкви нередко весьма успешно отстаивали интересы Российского государства и его подданных, в том числе инославных.