Вскоре через Маньчжурию на русские деньги и с участием большого количества специалистов из России началось сооружение Китайско-восточной железной дороги (знаменитой КВЖД). На линии КВЖД возник ее центр — новый город Харбин с многотысячной русской православной общиной, появились другие станции и населенные пункты, обслуживающие эксплуатацию железной дороги. Практически сразу же там началось строительство православных церквей. Весной 1898 года Россия заключила с Китаем договор о приобретении в аренду на 25 лет на Ляодунском полуострове незамерзающего Порт-Артура в качестве военноморской базы и торгового порта Дальний и о концессии на строительство железнодорожной ветки (так называемая Южно-маньчжурская железная дорога) от КВЖД до этих пунктов. Там тоже возникли православные общины, и началось возведение храмов.
…Многие жители Китая и большая часть его правящего класса очень болезненно реагировали на агрессивные и все более бесцеремонные действия ряда зарубежных держав (особенно Японии, Германии и Англии) в Поднебесной и тяжело переживали выявившееся техническое и прочее отставание своей страны. При этом немало китайцев по-прежнему считали иностранцев «варварами». Своеобразной формой протеста против политики иностранных держав и унижения Китая на рубеже XIX–XX веков стало крайне ксенофобское движение ихэтуаней. В переводе «ихэтуань» значит «отряды справедливости и согласия». Но за рубежом, в том числе и в России, они стали более известны как «боксеры», поскольку на многих знаменах ихэтуаней были изображены большие кулаки или были написаны три иероглифа «и-хэ-цюань», что можно перевести как «кулак во имя справедливости и согласия». Все несчастья, выпавшие на долю китайского народа, — неурожаи, наводнения, засуху, голод и нищету — «боксеры» приписывали иностранцам. Их они называли не иначе как «янгуйцзы» (в буквальном переводе — «заморские дьяволы»).
Особо жестоко ихэтуани преследовали китайцев-христиан и иностранных миссионеров. Они пытали и насиловали их жен и детей, превращали их дома и церкви в пепелища. За весь период восстания погибло до 30 тысяч католиков и 2 тысячи протестантов. Из 2500 иностранных миссионеров было убито 134 человека. По словам религиозного историка иеромонаха Николая (Адоратского), «Православие не вторгалось насильственно в Срединную империю, как то было с другими исповеданиями». Однако восстание ихэтуаней не обошло стороной Русскую духовную миссию и православные общины.
Когда многотысячные отряды повстанцев стали приближаться к Пекину, то китайские власти, заверив членов миссии, что им нечего опасаться, выделили для охраны территории Северного подворья десять стражников, вооруженных копьями. Но по настоянию российского дипломатического посланника М. Н. Гирса все русские члены духовной миссии покинули Северное подворье и перебрались в так называемый Посольский квартал, взяв с собой только самое ценное из церковной утвари и главную реликвию миссии — икону святителя Николая Мирликийского из албазинской церкви. Она была принесена в Пекин еще в 1685 году пленными казаками. Вечером 1 июня 1900 года ихэтуани дотла сожгли Северное подворье. Также в Пекине было разгромлено русское кладбище, «причем памятники были разрушены, могилы разрыты, и кости почивших выброшены из могил», — говорится в документах.
Основная резня произошла в ночь с 10 на 11 июня (по новому стилю с 23 на 24 июня) в церкви при миссии, где в то время находился отец Митрофан, подбадривавший и утешавший верующих людей. Среди современных православных китайцев известна следующая версия событий. Некоторые убеждали пастыря идти в российское посольство, чтобы спастись, но он отказался. А когда ворвавшиеся в церковь громилы схватили отца Митрофана и потребовали от него отказаться от веры в Христа, то священник ответил им: «Мой Бог Иисус Христос — Бог не только русских, но и китайцев, и всех людей мира». Пытаясь устрашить пастыря, головорезы убили его матушку и детей прямо у него на глазах. «Теперь ты видишь, что ваш Бог Иисус Христос не спас их», — сказали они. Отец Митрофан в ответ произнес: «Нет, Он спас их. Я встречу их в Царствии Небесном». — «Где это Царствие Небесное?» — «Я вижу его. Вы не можете видеть его, потому что вы не крещены во имя Отца и Сына и Святого Духа. Если вы уверуете в Иисуса Христа, Он откроет ваши глаза и покажет вам Царство Небесное». После этих слов пастыря убийцы выкололи ему глаза и сказали: «Теперь что ты видишь?» — «Теперь я вижу Царство Небесное лучше, не плотскими глазами, а моей душой и сердцем». Тогда они убили его и разрубили тело мученика на мелкие части. Страшную смерть приняли и остальные христиане: всего 222 человека, в том числе женщины и дети.
* * *
Мученический подвиг православных китайцев не забыт. В апреле 1997 года Священный Синод Русской Православной Церкви постановил «восстановить исполнение Указа Синода о почитании в лике местночтимых святых мучеников священномученика Митрофана и 221 православных мирян, с ним в Китае пострадавших. Днем их памяти определить 24 июня».
Начало 20 века
В 1914 году в состав Русской духовной миссии входило более 80 человек: 35 русских и 46 китайцев. Издававшийся ею в Пекине журнал «Китайский благовестник» в том же году утверждал, что «китайцы во многих местах отдают предпочтение православной вере перед католичеством и протестантством».
«Боксерское» восстание 1900 года, имевшее ксенофобский, а также и антихристианский характер (в КНР его считают антиимпериалистическим и патриотическим), было трудным испытанием для Православия в Китае. Как считается, примерно из тысячи человек китайской православной паствы Русская духовная миссия потеряла около трехсот. Некоторые из-за страха отреклись от Православия, но другие стали мучениками за веру Христову. В их числе 222 верующих в Пекине, о которых уже шла речь. В память об убиенных православных китайцах на территории подворья миссии был позднее воздвигнут храм Всех святых мучеников.
Тяжелые утраты, и не только материальные, понесла и русская колония в Маньчжурии. Печальна была участь отряда (около ста человек строителей и защитников еще тогда недостроенной Китайско-восточной железной дороги), пробивавшегося из Мукдена (Шэньяна) к корейской границе под командованием поручика Валевского и инженера Верховского. До безопасных мест многие не добрались. Поручик Валевский получил смертельную рану в бою, а захваченный в плен инженер Верховский был казнен. Его голову повесили в клетке. Спустя год на Пятницком кладбище в Москве появился скромный памятник с надписью: «Борис Александрович Верховский. 1873–1900. Здесь погребена голова инженера путей сообщения Бориса Александровича Верховского, казненного китайцами — „боксерами“ в Маньчжурии в городе Ляоян в июле 1900 года. Останки привезены в Россию в 1901 году».
В конечном итоге восстание было подавлено. В августе 1900 года небольшие по численности — всего около 15 тысяч — экспедиционные войска восьми держав, в том числе и России, после двухдневных боев штурмом взяли Пекин. Длившаяся в течение 56 дней осада Посольского квартала, где от бесчинств «боксеров» — ихэтуаней спасались дипломатический корпус и множество иностранцев, включая членов Русской духовной миссии, была снята. Отряды «боксеров» и 70–тысячный гарнизон цинской столицы были разгромлены или отступили из города. Вдовствующая императрица Цыси, которая вела двуличную политику и заигрывала с «боксерами», слабовольный император Гуансюй, а также многие высшие сановники бежали в глубь страны…
Начальник 18–й миссии архимандрит Иннокентий (Фигуровский) очень тяжело переживал гибель единоверцев в Китае и уничтожение плодов огромного труда многих поколений миссионеров, но не впадал в уныние. Сразу же после снятия осады он отправился к разгромленному подворью миссии — Бэйгуань. Побывав на пепелище, пастырь не вернулся в Посольский квартал, а нашел приют в близлежащем ламаистском монастыре Юнхэгун, одна из кумирен которого была превращена в православную церковь. Сюда же стали стекаться и уцелевшие православные китайцы. А вскоре отец Иннокентий спас от разграбления монастырь Юнхэгун, лично преградив дорогу в него германскому отряду. Архимандрит заявил непрошеным гостям, что он не позволит причинить вред монастырю и его обитателям. Его решительное вмешательство сыграло свою роль — немцы ретировались. Китайские власти потом высоко оценили его благородный поступок и в знак благодарности подарили Русской миссии большой участок земли, прилегавшей к Северному подворью, с постройками. Этот комплекс домов традиционной китайской постройки сохранился по сей день на территории посольства Российской Федерации и известен под названием «красная фанза» («красный дом»).