То, что город на берегах Волхова представлял собой внушительную крепость с большим числом защитников, не смутило воинственного князя Юрия Долгорукого. Он, не желая уладить дело миром, выступил в поход. Однако штурмовать новгородские стены войску суздальцев не пришлось: 25 февраля 1170 год у стен Новгорода их наголову разбили в ожесточенном сражении.
Все же гораздо чаще Новгород воевал со своими западными соседями. За период с 1242 по 1446 год (за время своей государственной самостоятельности) Новгород 26 раз воевал со Швецией, 11 раз с Ливонским орденом, 14 раз с Литвой и 5 раз с Норвегией.
За все это время Новгород ни разу не знал врага в своих стенах и почти не видел его под ними. Но зато Псков, Изборск, Копорье, Ладога, Карела, Ямгород и другие десятки раз подвергались вражеским нападениям, выдерживали жесткие осады и подвергались разрушениям.
В XII—XIV столетиях систему крепостной обороны Новгорода удачно дополнили монастыри, строившиеся в непосредственной близости от города. Наиболее сильным из них являлся «южный» Юрьев монастырь, стоящий на волховском левобережье. Относительно его укреплений летопись под 684 (1333) годом приводит такие сведения:
«Того же лета архимандрит святого Юрья Лаврентии постави стены святого Юрья, силою 40 сажен, и с заборалами».
Эти данные позволяют утверждать, Что не сохранившиеся до нашего времени эти монастырские стены являли собой сильное фортификационное сооружение. В случае, если бы долговременный неприятель в лице Великого княжества Литовского собрался бы идти походом на Новгород, его войску не удалось бы «разминуться» с Юрьевым монастырем.
Когда боярская республика потеряла свою самостоятельность и Новгород вошел в состав Великого княжества Московского, он не потерял для Руси своей значимости как большая ее крепость. В Москве видели в Новгороде тот оборонительный рубеж, который стоял против Швеции и Ливонии. Поэтому городские укрепления, которые со временем ветшали (или их уничтожали частые городские пожары), обновлялись и усиливались.
Развитие артиллерийского дела поставило вопрос о необходимости серьезной модернизации новгородской крепостной ограды. Поскольку о значимости Новгорода в системе государственной обороны на Северо-Западе спорить не приходилось, началась большая реконструкция фортификационных сооружений Новгорода.
В 1490—1494 годах полностью перестраивается детинец. Эти работы велись по указу великого князя московского Ивана III Васильевича. Новый кремль возводился из каменных плит и кирпича, сохраняя обводы прежних укреплений, валы и рвы, частично — старые фундаменты. Общая протяженность стен Новгородского кремля составила 1385 метров. Он имел 13 башен, из которых 6 были проездными. Самой мощной и высокой из них являлась прямоугольная Пречистенская башня, стоявшая на берегу Волхова.
Переустройство детинца велось в первую очередь для его устойчивости от артиллерийского огня. Увеличивалась толщина стен, уменьшалась высота башен, которые приспосабливались для установки в них пушек и тяжелых пищалей. Четырехугольные Спасская и Воскресенская башни имели шесть ярусов, проездные ворота в них запирались железными решетками. Круглых башен в детинце имелось две — Митрополичья и Федоровская.
В 1587 году каменные стены города, ввиду их заметного обветшания, были засыпаны и превращены в крепостной вал. Перед этим, в 1582 году, была создана третья линия фортификационных сооружений, окружавшая детинец полукольцом с наиболее опасной напольной стороны. В это полукольцо входили 7 больших земляных бастионов. Эта напольная часть города получила название Малого земляного города, не имевшего ни деревянных стен, ни башен.
К началу XVII века Новгород продолжал оставаться одной из самых мощных крепостей Русского царства наравне со Смоленском, Москвой и Нижним Новгородом. В 1611 году его укрепления состояли в окольном городе Софийской стороны из высокого земляного вала, глубокого рва с водой, деревянных стен и 25 башен. Из них 2 были каменными, 5 деревянными на каменных воротах и 18 — полностью деревянными. Общая протяженность крепостной ограды Софийской стороны превышала пять километров.
Последний раз в Российском государстве вспомнили о крепостном предназначении Новгорода в самом начале Северной войны 1700—1721 годов. После поражения под Нарвой царь Петр I приказал усилить новгородские укрепления. Тогда имелась явная угроза вторжения армии короля Карла XII на русские земли. Проводилось «исправление» крепостной ограды, деревянные стены окольного города засыпали землей и превращали их в мощный вал. Осуществлялись и другие фортификационные работы.