В начале января 1920 года войска Деникина начали терпеть поражения, а в феврале началось общее наступление Кавказского фронта против белых. В это время Тодорский познакомился с М.Н. Тухачевским и долго сохранял с ним дружбу, что впоследствии ему припомнили.
В середине марта 1920 года бригада Тодорского вместе с кавалеристами взяла Армавир, а в середине апреля вступила в Махачкалу. Северный Кавказ был утрачен Белой Армией.
В конце апреля большевики подняли восстание в Баку против правящей там партии мусаватистов, обратившись за помощью к РСФСР. Помощь в виде 11-й армии была выделена, 1-я и 2-я бригады 20-й дивизии Тодорского следовали в резерве. В сентябре 1920 года Александра Тодорского назначают начальником 32-й стрелковой дивизии в Баку, но вскоре дивизия перебрасывается в Дагестан для подавления антисоветского мятежа. С этой целью создавалась специальная Дагестанская группа войск под командованием Тодорского.
Удивительные совпадения судеб во времени даёт нам порой госпожа История! Тодорский прибывает в Темир-Хан-Шуру, позднее Буйнакск, затем Святой Крест, неподалёку от Махачкалы. Там же, на юге, в древних Моджарах (затем Прикумск, позднее Будённовск), в начале XIV века сложил непокорную голову великий князь тверской Михаил Ярославич. А ещё западнее создавал Белую Армию и умер в Екатеринодаре (Краснодаре) другой знаменитый тверич генерал Михаил Алексеев. Совсем недавно, в ноябре 1999 года, под Бамутом погиб Герой России тверич Илья Касьянов. Эти места словно предназначены судьбой для участия в их истории наших земляков...
Мятеж в Дагестане был подавлен, но с большим трудом, лишь когда в помощь Тодорскому прибыло подкрепление. Александр Иванович награждается орденом Красного Знамени РСФСР.
Настала очередь «помогать» Армении, где дашнаки в Зангезуре подняли кровавый мятеж. В июне 1921 года против мятежников выступила группа войск Тодорского, входящая в состав 11-й армии. В июле Зангезур был освобожден, Тодорский получил орден Армянской ССР. Более двух лет Александр Иванович командовал всеми войсками на территории Армении, служил заместителем наркома по военным и морским делам Азербайджанской ССР, начальником гарнизона Баку. Это был уважаемый и авторитетный человек в Закавказье.
По рекомендации Орджоникидзе в 1923 году Тодорский направляется в Туркестан, где полыхала борьба с басмачами. Он назначается командующим и членом РВС войск Ферганской области. В короткое время порядок был восстановлен, 7 ноября 1923 года в Коканде Тодорский получил четвёртый орден. В августе 1924 года военные действия в целом победоносно завершились, и Александр Тодорский получил разрешение ехать в Москву для поступления в Военную академию РККА, возглавляемую знакомым ему Михаилом Фрунзе.
Успешно окончив академию, Тодорский получает должность командира 5-го стрелкового корпуса в Белоруссии под Бобруйском. В эти годы он знакомится с А.И. Егоровым, С.Н. Кожевниковым и другими видными военачальниками, в том числе с К.Е. Ворошиловым и С.М. Будённым. Успешная работа обеспечивает ему высокий авторитет: в начале 1930 года Тодорского переводят начальником Управления военно-учебных заведений Наркомвоенмора СССР, а в 1934—1936 годах он — начальник и комиссар Военно-воздушной академии имени Жуковского. За заслуги в подготовке авиационно-инженерных кадров А.И. Тодорского награждают 7 мая 1935 года орденом Ленина — высшей наградой СССР. В том же году ему присваивается воинское звание комкора. В 1936 году он награждается орденом Красной Звезды, а нарком Ворошилов дарит ему золотые часы. До 1938 года Тодорский, когда-то обыкновенный парень из-под Весьегонска, сын священника, занимает должность начальника Управления высших военно-учебных заведений Наркомата обороны СССР.
Но тут подошло время Великой Репрессии. Сначала Ягода, потом Ежов и Берия устроили кровавую расправу над тайными и явными оппозиционерами Хозяина. Мели почти под гребёнку всех крупных военачальников. И Тодорского 19 сентября 1938 года тоже взяли, поскольку он был хорошо знаком и вёл беседы с Тухачевским, Егоровым, Якиром, Алкснисом, Каменевым и другими «врагами народа». Жестокая система, за которую боролся пером, шашкой и винтовкой Александр Тодорский, взяла за горло и его самого. И никто не смог ему помочь. Ещё ранее, в 1937 году, расстреляли его жену Рузю Иосифовну, крупного инженера-химика, бесстрашную революционерку. Александра Ивановича, всеми фибрами души преданного делу большевиков-ленинцев, объявили участником военно-фашистского заговора, вредителем, «потенциальным террористом». В лагерях Тодорский рассказывал писателю Борису Дьякову, что, ошеломлённый такой чушью, не помня себя, «признал вину», а придя в себя, отказался от прежних показаний. Шестнадцать раз трое следователей с пристрастием допрашивали Тодорского, добиваясь вторичного «признания», но он выстоял.