В сентябре 1919 года конный корпус Шкуро, стремясь соединиться с конницей Мамонтова, внезапно ударил в стык 8-й и 9-й армий красных на воронежском направлении. 1 октября белые взяли Воронеж, ещё ранее ворвались в Курск. Впереди была Москва. Это был пик побед Добровольческой армии и время неудач красных. На карту была поставлена судьба РСФСР.
Началось формирование и переброска на юг свежих сил, усилилась партийная работа в армии, в тылу, в подполье. 24 сентября 1919 года РВС Республики разделил Южный фронт на два: Юго-Восточный (командующий В.И. Шорин, члены РВС И.Т. Смилга, В.А. Трифонов) и Южный (командующий А.И. Егоров, член РВС И.В. Сталин).
В эти дни произошёл инцидент, который потом сильно ударил по Шорину. При разделении фронтов Шорин решил оставить за собой конный корпус Будённого. Об этом стало известно Ленину. Поскольку вождь не отличался вежливостью и не выбирал выражений, то в телеграмме Смилге он допустил в адрес Шорина выражение «жульничает», имея в виду корпус Будённого, и косвенно обвинил командующего в пассивности при оказании помощи соседу. Телеграмма не изменила ситуации, так как в чисто военные дела даже Ленину не позволено было вмешиваться, поэтому он и телеграфировал комиссару. Но в 1938 году эта телеграмма жизнь Шорину попортила. Позднее выяснилось, что решение Шорина было лишь выполнением приказа главкома С.С. Каменева.
30 сентября Василий Иванович Шорин приступил к командованию Юго-Восточным фронтом. Но всё же главным в те месяцы для Советов стал Южный фронт, против которого Добровольческая армия развернула основные операции: 13 октября был взят Орёл, и белые стали продвигаться к Туле. Над Москвой замаячила перспектива сдачи города Деникину. И хотя Шорин сковывал до 55 тысяч войск генерала Врангеля, всё же основные, решающие бои шли у соседа.
24 октября корпус Будённого нанёс поражение коннице Шкуро и Мамонтова, красные вернули Воронеж; ранее, 20 октября, 14-я армия И.П. Уборевича (член РВС Г.К. Орджоникидзе) завладела Орлом. Это стало переломом. 17 ноября красными был взят Курск, 31 декабря начался штурм Царицына, в начале января 1920 года город взяли, как и Донбасс, Таганрог, Новочеркасск, Ростов-на-Дону. Красная Армия вышла к Азовскому морю и к Северному Кавказу. В связи с этим Юго-Восточный фронт был преобразован в Кавказский, пополнен 8-й армией и 1-й Конной армией. С января 1920 года командование фронтом принял Василий Шорин, получив задачу завершить ликвидацию Северокавказской группировки войск Добровольческой армии и захватить Кавказ. Однако к февралю 1920 года командование принял М.Н. Тухачевский, а Василий Шорин через некоторое время назначается помощником главкома всех Вооруженных Сил Республики по Сибири.
Видимо, с этой целью Шорина вместе с другими военачальниками вызвали в Москву на совещание к Ленину. В марте 1920 года Василий Иванович уже прибывает в Омск, где в мае принимает в подчинение 5-ю армию (командующие М.С. Матиясевич, И.П. Уборевич), имея задачей борьбу с «кулацкими» мятежами и войсками генерала барона Романа Унгерна, фактического правителя Монголии, а также с остатками других белогвардейских частей. Все эти задачи были успешно выполнены, координацию всех Вооружённых Сил Сибири Шорин осуществил с блеском и в начале 1922 года получил новое назначение — Туркестанский фронт. Как видим, власти «бросали» его туда, где нужны были военный опыт, железная воля к победе, талант организатора крупных масс войск.
Борьба с басмачами (современное название — моджахеды) была особой войной, полупартизанской, полуфронтовой с обеих сторон, а если учесть специфику территории военных действий, методов борьбы, психологию местного населения, то можно себе представить сложность новой должности Шорина. Однако военные операции в Ферганской долине, Восточной Бухаре и Хиве, осуществляемые отдельными кавалерийскими бригадами и национальными просоветскими отрядами, закончились поражением основных сил басмачей. Наверняка Василий Шорин имел там встречи с другим нашим земляком — Александром Тодорским из Весьегонска, также воевавшим с басмачами.