В 1826 году в Москве был учрежден Особый комитет по устройству глазной больницы. Председателем этого комитета стал сам генерал губернатор князь Д. В. Голицын, который направил Гаазу специальное письмо: «Уверенность моя в Ваших познаниях и убеждение в отличных качествах Вашего сердца, оправданных во время Вашего многолетнего пребывания в сей столице, обратились в сильнейшее для меня побуждение предложить Вам звание члена вышеупомянутого Комитета».
Гааз согласился, и в значительной мере благодаря его неутомимой деятельности больница была открыта уже через пять месяцев после создания комитета. Федор Петрович до последних дней жизни оставался членом совета этой больницы, непосредственно осматривал больных, помогал лечащим врачам практическими советами.
В 1812–1814 годах военный врач Гааз сопровождал русские войска в походах от Москвы до Парижа. На обратном пути он заехал в Мюнстерайфель и застал отца умирающим. Похоронил его. Тогда он в последний раз видел родные места. Вернувшись в Москву, он остался там уже навсегда.
Бедняков он лечил бесплатно, однако и от богатых пациентов не было отбоя. Преуспевающий врач разбогател. В 20-е годы ему принадлежала подмосковная деревня Тишки с сотней крепостных, суконная фабрика, большой дом на Кузнецком мосту; славились его белоснежные рысаки.
В 1822–1826 гг. он занимал должность главного врача всей Москвы. Генерал губернатор князь Голицын называл его другом своей семьи.
В 1828 году по предложению князя Федор Петрович был назначен членом Комитета попечительства о тюрьмах, учрежденного по особому указу императора. Руководил им сам генерал губернатор; постоянными членами состояли митрополит, гражданский губернатор, сановники, именитые купцы и др. Но с первых же дней душой и главой, движущей силой комитета стал доктор Гааз. За четверть века он пропустил только одно из 253 ежемесячных заседаний комитета, когда сам уже тяжело заболел. Он был главным врачом всех тюремных больниц и вместе с тем покровителем попечителем всех заключенных, ссыльных и каторжан, которых через Москву гнали в Сибирь из разных концов России. Два три раза в неделю уходили колонны по 50-100 человек. Уходили пешком на северо-восток, по Владимирке (теперь шоссе Энтузиастов). И каждую колонну провожал доктор Гааз; осматривал больных, особенно детей и женщин, приносил еду, белье и теплую одежду.
Во время эпидемий «горячки» (то есть гриппа или тифа) и холеры, лютовавших в Москве в 30-е и 40-е годы, Гааз лечил главным образом бедняков, бесприютных и обездоленных. В богатые дома его тогда приглашали редко: боялись заразы.
Староекатерининскую больницу для чернорабочих он превратил в образцовое лечебное учреждение и значительно расширил. Он же руководил постройкой новых тюремных больниц, а Полицейскую больницу для бродяг и нищих переоборудовал, расширил, преобразовал в больницу для всех неимущих, для крепостных и городской бедноты.
К 1831 году он продал свой дом и деревню. Все деньги ушли на строительство и оборудование новых лечебных заведений, на пособия больным и не только больным арестантам. С тех пор он сам жил уже только при больницах. Сперва в здании Староекатерининской — ныне больница Московского областного клинического института (Орловский переулок), а с 1844 года в «полицейской» больнице, в Малоказенном переулке. (Теперь это переулок Мечникова, и в здании бывшей больницы размещен Институт гигиены детей и подростков. Именно там установлен памятник Гаазу.)
В последние годы он жил с одним слугой, не покидавшим его до конца. Все, что оставалось от его имущества, все, что он получал от богатых пациентов и благотворителей, Гааз расходовал на расширение больниц, на лекарства, пищу, одежду и другие пособия для бедняков, арестантов, ссыльных и их семей.
Многих крепостных крестьян тогда высылали в Сибирь на разные сроки — и даже пожизненно — без суда, простым распоряжением губернских властей, по прихоти недовольного помещика. Гааз добывал деньги, чтобы выкупать их жен, либо, если те с разрешения барина сопровождали ссыльных мужей, снабжал их деньгами на пропитание, так как добровольно едущим в ссылку не полагалось казенного довольствия.
Он не упускал из виду ничего, что имело хоть какое то значение в трудной жизни заключенных. Свою деятельность в комитете он начал с упорной борьбы против того, что ссыльных вели прикованными к длинному железному пруту группами по 10–12 человек. Переходы арестантских партий от привала к привалу бывали и по тридцать сорок километров. Люди разного возраста, роста, состояния здоровья, иногда и мужчины и женщины, неотрывно прикованные вместе, испытывали тягостные и унизительные мучения. Гааз почти пять лет воевал против этого «прута», который отстаивали министр внутренних дел и начальство конвойных войск, как «лучшее средство предотвращения побегов».
Но он добился отмены. И тогда же добился замены коротких и тяжелых кандалов более легкими и длинными, не так стеснявшими движения кандальников. По его настоянию ручные и ножные кольца кандалов, которые в мороз и в жару причиняли дополнительные муки, стали обшивать кожей и сукном.
Не ожидая, пока все эти усовершенствования начнут осуществлять власти, он за свой счет заказывал целые партии облегченных и обшитых кандалов. Еще и в начале XX века такие кандалы назывались «гаазовскими».
Он не только сам работал, но привлекал к своим заботам об арестантах и неимущих больных, бескорыстных помощников из людей разных сословий и поколений.
Гааз писал: «В российском народе есть перед всеми другими качествами блистательная добродетель милосердия, готовность и привычка с радостью помогать в изобилии ближнему во всем, в чем он нуждается». Ему помогали камергер Д. Львов, столбовой дворянин, гвардейский офицер, сражавшийся под Бородином и в зарубежных походах, а потом ставший в Москве попечителем архитекторов и строителей, восстанавливавших город; богатый купец старообрядец Рахманов, а после его смерти его вдова. Гаазу удавалось расшевелить и равнодушных, добиваться пожертвований и от прижимистых. Датский коммерсант Мерилиз, владелец большого универсального магазина (ныне ЦУМ — «Мюр и Мерлиз»), дал 30 тысяч рублей для больных бедняков и арестантов.
Гааз устроил тюремные библиотеки — первые в России и неведомые в других странах — и каждую партию ссыльных снабжал книгами.
Он сочинил и издал несколько брошюр с «добрыми наставлениями и советами», которые дарил заключенным и их родственникам.
Доктор Гааз организовал две школы для детей заключенных: и для безнадзорных подростков, которых обычно полиция просто отправляла в Сибирь. Большинство арестантов были неграмотные или полуграмотные крестьяне и городские бедняки. Он не только лечил, снабжал пищей, одеждой, букварями и добрыми советами, но нередко бывал еще и ходатаем по делам бесправных. С 1829 до 1853 года он подал несколько сотен жалоб и прошений и в 142 случаях ему удалось достичь благоприятного пересмотра дел.
Гаазу приходилось нередко с величайшими усилиями и унижениями преодолевать жестокое равнодушие или прямую враждебность полиции и конвоя, косность и невежество тюремных чиновников, сословные предрассудки, недоверие завистливых коллег.