Был сделан и профессиональный вывод на уровне всего военного ведомства. Ужесточались меры по допуску к работе с секретными и совершенно секретными документами и материалами во всех подразделениях. А главное состояло в следующем. По инициативе военного министра Алексея Николаевича Куропаткина специалисты Генерального штаба начали проработку идеи создания в рамках своего ведомства отдельной службы контрразведки. Центральной задачей ее должно было стать противодействие разведывательным усилиям иностранных военных агентов (атташе), в первую очередь из числа стран, принадлежащих к потенциальным военным противникам России. Дело в том, что изменник Гримм некоторое время находился на связи у австро-венгерского военного агента Эрвина Мюллера, выдворенного после случившегося из страны. Тяжелая для армии измена Гримма ускорила обращение А. Н. Куропаткина к императору Николаю II за санкцией об образовании в рамках военного ведомства особого «разведочного отделения». 20 января (2 февраля) 1903 г. царь на рапорте военного министра сделал надпись: «Согласен». Этот день можно считать днем рождения русской военной контрразведки.
В далекой азиатской командировке Батюшину вручили погоны подполковника (предшествующее звание капитана он получил в 1902 г., звания майор в то время в русской армии не было). Очередное по должности звание полковника он также получит в срок – в декабре 1908 г. Руководство разведкой и контрразведкой в самом важном для военной безопасности России Варшавском округе требовало полной самоотдачи. Иногда она прерывалась обязательным участием в сборах по прежней специальности. Это был строго заведенный порядок в большинстве армий мира. Родная армейская стихия оказывалась для него теперь своеобразным отдыхом. Она дополнительно заряжала энергией, убеждала, что выбор сделан правильный, а главное – нужный для Отечества.
С годами Батюшин сформировался полностью как руководитель и оперативный работник. Он отличался исключительной работоспособностью, инициативой, системностью оперативного мышления, имел богатый кругозор специалиста, что позволяло ему принимать нешаблонные решения. Большой вклад в успешную работу отделения вносили его талантливые помощники, офицеры штаба Муев, Терехов и Лебедев.
О реальном вкладе Варшавского округа в безопасность страны можно судить по следующей цифре. В округе, буквально опутанном австрийскими и немецкими агентами, охранное отделение, а затем и контрразведка с 1900 по 1910 г. выявили почти полторы сотни иностранных шпионов (от мелких контрабандистов до офицеров штаба). Об отдельных эпизодах успешной работы контрразведчиков округа рассказывается в книге Батюшина. Правда, до суда удалось довести только 17 дел из 33 обвиняемых. Во всех судебных процессах Батюшин выступал в качестве военного эксперта. Такого рода процессы в России были совершенно новым делом, сама законодательная база ничтожной, и от эксперта требовалось квалифицированно и полно разъяснять сущность преступных деяний по шпионажу.
Несовершенство законодательной базы скоро станет очевидно всем, и в 1912 г. она будет приведена в соответствии с требованиями времени. Забегая вперед, скажем, что инициировал этот процесс Н. С. Батюшин, а непосредственным разработчиком нового законодательства по уголовному преследованию шпионов стал ведущий работник военной прокуратуры округа полковник А. С. Резанов. Совместная работа в штабе округа сделает их на долгие годы единомышленниками и соратниками.
Не хотелось бы, чтобы у читателя складывалось впечатление о легком победном шествии этого талантливого руководителя и оперативного работника к вершинам мастерства разведчика и контрразведчика. Совсем нет. Надо знать, что в те годы обе службы находились в стадии становления. Нерешенных организационных, кадровых, финансовых и правовых проблем было гораздо больше, чем решенных. Инструкций и положений не было и еще не могло быть.
Опыт собирался по крупицам. Идти приходилось в полном смысле по целине. Частично выручали знания, полученные тайными путями об организации и функционировании этих служб в соседних государствах.
Собственно, отделение по разведке состояло из начальника, одного-двух его помощников и нескольких вольнонаемных чиновников. Контрразведкой приходилось заниматься лишь в тех счастливых случаях, когда сама удача шла в руки. Штабы округов испытывали постоянный дефицит в средствах на эти цели. На отпускаемые деньги (сначала 35 тыс. руб. в год, а позже – 8-10 тыс.) трудно было заполучить ценную агентуру и долговременно сотрудничать с ней, приобретать, как водится, за большие деньги предлагаемые зарубежными «инициативниками» секретные документы и шифры, регулярно бывать в командировках, в том числе и за границей.