Одним из главных средств обеспечения быстрой капитуляции и разоружения германских войск, несомненно, было установление твердого контроля над правительством адмирала Деница. Менее чем через семь часов после капитуляции в Реймсе представители Верховного командования встретились с германской делегацией в Реймсе и договорились об обмене группами связи между Верховным штабом и германским штабом во Фленсбурге. Представители Верховного командования приняли предложение Йодля снова объединить южный и северный отделы германского Верховного командования, которое было разъединено в конце апреля, и согласились разрешить элементам вермахта, заслуживающим доверия, на короткое время сохранить свое вооружение для поддержания порядка и охраны имущества.
Через четыре дня после капитуляции в Реймсе Эйзенхауэр приказал заместителю начальника оперативного управления Верховного штаба генерал-майору Руксу создать во Фленсбурге группу контроля, чтобы диктовать германскому Верховному командованию волю союзного Верховного командующего в областях и районах, оккупированных западными союзниками. Для осуществления своей миссии генерал Рукс должен был отдавать необходимые приказы, наблюдать за их прохождением через органы германского командования и собирать сведения о системе германского командования посредством сбора и охраны всей документации Верховного командования вооруженных сил Германии, находящейся во Фленсбурге. Советское командование было также информировано об этом приказе Эйзенхауэра и приглашено направить аналогичную группу в штаб Деница. Германскому главнокомандующему было приказано со своей стороны послать группу связи в Реймс и в советский штаб в Берлин. Такая немецкая группа связи во главе с генералом Фангором была назначена в Верховный штаб союзников, но ей нечего было делать, так как миссия генерала Рукса использовалась как главный канал связи.
Генерал Рукс действовал энергично, чтобы утвердить власть Верховного командования. В своей первой беседе с Деницем он приказал арестовать фельдмаршала Кейтеля и заменить его генералом Йодлем. Он разъяснил, что все последующие указания германским войскам должны отдаваться от имени Верховного командующего союзников и что он требует, чтобы группа контроля получила доступ во все служебные помещения и ко всем документам германского Верховного главнокомандования. Он заявил, что командующим группами армий передаются функции контроля в их зонах, а Верховное командование будет иметь дело с германским Верховным главнокомандованием только по общим вопросам, относящимся ко всем трем видам вооруженных сил и всем зонам союзников. Йодль заверил Рукса, что он примет меры к выполнению указаний Верховного командования в интересах установления порядка и спасения немецкого народа от катастрофы. Дениц же заявил, что германские вооруженные силы присягали лично ему и будут повиноваться его приказам. Он воспользовался возможностью, чтобы упомянуть о тяжелых проблемах, стоящих перед немецким народом, как-то: вопросы продовольствия, денежное обращение и топливо, и подчеркнул надобность в центральной власти в Германии для поддержания порядка. Генерал Рукс отверг это предложение и ясно заявил, что западные державы намерены действовать через оккупационные органы гражданского управления.
По просьбе Рукса Дениц составил обращение к германским вооруженным силам, которое было в целом одобрено представителем Верховного командования союзников 17 мая с небольшими изменениями. Это обращение устранило всякие сомнения в том, что противник капитулировал перед лицом превосходящей силы. В нем указывалось: «Германское государство должно было капитулировать, потому что оно исчерпало способность к сопротивлению. Первый вывод, какой мы должны извлечь, заключается в самом лояльном выполнении предъявленных нам требований. Не должно быть ни одного офицера и солдата, который пытался бы при помощи незаконных средств уклониться от последствий, возникших из минувшей войны и безоговорочной капитуляции». Все официальные документы должны были предъявляться союзникам. В случае если бремя, налагаемое союзниками, окажется слишком тяжелым, немцы могут обратить внимание на возможность тяжелых последствий, но не могут протестовать каким-либо иным путем. Дениц требовал от каждого солдата и офицера корректного поведения в отношении оккупационных войск.