Серова Сталин, несмотря на все происки Абакумова, смещать не стал, оставив его на посту первого заместителя министра внутренних дел. Иван Александрович ведь был не только человеком Берии, но и человеком Хрущева. А Хрущева Сталин вскоре начал рассматривать как своего самого реального преемника.
Это было связано с тем, что надежды, которые Сталин питал на Жданова и его команду, пошли прахом. Андрей Андреевич страдал алкоголизмом, что вряд ли было тайной для вождя. Но Иосиф Виссарионович наверняка не ожидал, что его соратник сгорит от водки так быстро. К тому же вскоре выяснилось, что Жданов не обладал никакими организационными талантами. В Ленинграде это было не так заметно, поскольку многое там за него делал второй секретарь Алексей Александрович Кузнецов. В Москве же стало очевидно, что для роли второго секретаря ЦК, который призван был разгрузить стареющего Сталина от решения ряда оперативных вопросов, Жданов совершенно не годится. Умение писать доклады с погромными выпадами против Ахматовой и Зощенко в плане возможного будущего осуществления властных полномочий немного стоило. Во время отпуска на Черном море Сталин позвал на свою дачу Жданова и вдруг неожиданно накричал на него: «Сидит, как Христос, как будто это его не касается! Вот смотрит на меня, как Христос!» Уже в 1947 году Жданов оказался тяжело болен и постепенно начал отходить от дел. Этот процесс продолжался вплоть до смерти Жданова от просмотренного кремлевскими эскулапами инфаркта в августе 1948 года. Не исключено, что его конец приблизила кампания критики против его сына Юрия, осмелившегося критиковать «народного академика» Т.Д. Лысенко. Незадолго до этого, 1 июля, Маленков был восстановлен в должности секретаря ЦК партии.
Сталину пришлось принимать срочные меры, чтобы компенсировать ущерб от деятельности Жданова и его команды. Уже в июле 1946 года Маленков был возвращен в Москву из ссылки на периферию и фактически стал выполнять функции второго секретаря ЦК, по крайней мере, по части организационной работы. После смерти Жданова Георгий Максимилианович уже и формально стал вторым секретарем ЦК ВКП(б), т. е. как бы формальным будущим преемником Сталина. Именно в этом качестве его и воспринимали в обществе. Но Иосиф Виссарионович слишком хорошо знал Георгия Максимилиановича, чтобы понять: на роль вождя он не годится. Это Маленков в дальнейшем блестяще подтвердил, практически без серьезного сопротивления уступив власть Хрущеву.
Члены ждановской команды – председатель Госплана Н.А. Вознесенский, секретарь ЦК КПСС А.А. Кузнецов, глава правительства РСФСР М.И. Родионов, глава Ленинградской парторганизации П.С. Попков и другие особым доверием Сталина не пользовались, кандидатами в преемники, разумеется, никогда не были, зато доставляли немало хлопот своими завиральными идеями насчет укрепления российского суверенитета в рамках СССР, создания российского гимна и герба и даже объявления Ленинграда столицей РСФСР. С точки зрения Сталина, это была чрезвычайно опасная центробежная тенденция. И тут он был прав. В 1991 году решающим для полного и окончательного распада СССР стало движение за российский суверенитет. Разумеется, столь опасных мечтателей нельзя было оставлять в живых в послесталинском Советском Союзе, который они рано или поздно могли развалить, даже помимо собственной воли. Иосиф Виссарионович такого допустить не мог, вне зависимости от того, на ком он остановил выбор в качестве преемника. После смерти прикрывавшего их Жданова Вознесенского и его друзей изгнали с партийного олимпа в результате так называемого «ленинградского дела. Всего по ленинградскому делу были подвергнуты разного рода репрессиям до 2 тыс. человек, в том числе несколько сот были расстреляны. Масштабы репрессий были уже не те, что в 1937–1938 годах. По всем политическим делам послевоенных лет были казнены лишь немногие тысячи, а не сотни тысяч человек. Сталин считал, что страха он навел уже достаточно и можно позволить себе быть гораздо более либеральным, не слишком разбрасываясь кадрами. Террор стал избирательным, точечным.
Основным поводом для преследования так называемой «ленинградской антипартийной группы» стало обвинение А.А. Кузнецова, председателя Совмина РСФСР М.И.Родионова и первого секретаря Ленинградского обкома и горкома П.С.Попкова в проведении в Ленинграде Всероссийской оптовой ярмарки. Она была организована по инициативе Родионова, Кузнецова и Вознесенского без санкции центральных партийных органов. Бюро Совмина разрешило проведение лишь межобластных оптовых ярмарок, а Родионов и ленинградские руководители сделали ярмарку Всероссийской и лишь после начала ее работы известили об этом Маленкова. В ответ на информацию, поступившую от председателя Совмина РСФСР М.И. Родионова, прежде работавшего в Ленинграде, о проведении Всероссийской оптовой ярмарки, Маленков поставил на Политбюро ЦК ВКП(б) вопрос «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП(б) т. Кузнецова А.А. и кандидатов в члены ЦК ВКП(б) тт. Родионова М.И. и Попкова П.С.» В феврале 1949 года поступил еще один сигнал в ЦК партии. В анонимном письме говорилось о фальсификациях при выборах Ленинградского обкома партии. На ленинградской партконференции руководители обкома П.С. Попков, Г.Ф. Бадаев, Я.Ф. Капустин и П.Г. Лазутин получили по несколько голосов «против», но было объявлено, что они прошли единогласно. 15 февраля 1949 года Политбюро приняло постановление об антипартийных действиях ленинградской парторганизации. Срочно прибывший в Ленинград Маленков снял всю местную партийную верхушку. На объединенном заседании бюро ленинградских горкома и обкома партии Георгий Максимилианович обвинил Попкова и его товарищей в антипартийной групповщине и противопоставлении Ленинградской парторганизации Центральному Комитету, а также в попытке создать Компартию России и тем самым расколоть КПСС. Одновременно попали в опалу и покровители ленинградского руководства. В январе 1949 года Кузнецов, а в марте Родионов и Вознесенский лишились своих постов.
В постановлении Политбюро ЦК ВКП(б) от 15 февраля 1949 года говорилось о тесных связях руководства Ленинграда с работавшими в этом городе прежде Н.А.Вознесенским и А.А.Кузнецовым. Упоминалась и просьба Попкова о том, чтобы Вознесенский и Кузнецов «шефствовали» над городом, причем эта просьба сравнивалась с временами, когда «Зиновьев… пытался превратить Ленинградскую партийную организацию в опору своей антиленинской фракции».
К делу «ленинградской фракции был также привлечен второй секретарь Ленинградского горкома Я.Ф.Капустин, которого объявили «английским шпионом». Ему припомнили, что в 1935 году он проходил длительную стажировку в Англии, в Манчестере, на заводах Метрополитен-Виккерс, и имел любовную связь с англичанкой-переводчицей, предлагавшей ему остаться в Англии. Однажды муж англичанки, внезапно вернувшийся домой, застал жену и Якова Федоровича в костюмах Адама и Евы. Разразился скандал, который стал предметом разбирательства партийной организацией советского торгпредства в Лондоне. После ареста Капустина этот эпизод был расценен «как сигнал возможной обработки Капустина английской разведкой». Абакумов обвинил начальника ленинградского управления МГБ генерал-лейтенанта П.Н. Курбаткина в попытке замять это дело.
Курбаткин был арестован и впоследствии расстрелян. Здесь стоит отметить, что в 1939 году он сам был организатором убийства находившихся в заключении видных в прошлом троцкистов К.Б. Радека и Г.Я. Сокольникова, но это убийство ему не инкриминировали, поскольку действовал он тогда по приказу Сталина и Берии.
Другого обвиняемого – бывшего председателя Ленинградского облисполкома, назначенного первым секретарем Крымского обкома ВКП(б), Н.В.Соловьева объявили «махровым великодержавным шовинистом» за предложение создать Бюро ЦК по РСФСР и учредить компартию РСФСР. Его обвиняли также в том, что, «находясь на работе в Крыму, делал резкие вражеские выпады против главы Советского государства».
Вскоре последовали аресты и главных фигурантов дела. 13 августа 1949 года при выходе из кабинета Маленкова были арестованы Кузнецов, Попков, Родионов, а также председатель Ленинградского исполкома горсовета П.Г. Лазутин и бывший председатель Ленинградского облисполкома Н.В.Соловьев.
Вознесенскому предъявили обвинения в умышленном занижении государственных планов, в искажении и фальсификации статистической отчетности, а также в утрате секретных документов в аппарате Госплана. 9 сентября 1949 года Шкирятов передал Маленкову предложение Комитета партийного контроля исключить Вознесенского из партии и привлечь к суду за утрату секретных документов Госпланом СССР. Это предложение было утверждено опросом членов Пленума ЦК, и 27 октября Вознесенский был арестован.