Перевоспитанию душ мешают бесы, проникнувшие в сотворенную вселенную. Люди, утратившие образ и подобие Бога, не способны найти и познать Его. Помочь им может только Боговоплощение: в лице Иисуса Христа в мир является Сын Божий, Логос. Здесь Ориген достигает высшего уровня как богослов, причем своим триумфом он обязан Цельсу. Среди прочих резких выпадов этого философа было крайне презрительное замечание по поводу идеи о пришествии на Землю Сына Божия, концепция Божества оказалась буквально втоптанной в грязь. Ориген отвечает, что Иисус Христос одновременно Бог и Человек, по природе Своей — «нечто совместное» (греч. syntheton ti chrema), соединяющее в себе естество Божие и естество человеческое, причем речь идет об их неразрывном союзе, а не о простом сочетании. Слово «остается неизменным по сущности», хотя спустилось в мир и приняло участие в людских делах.
Чтобы защитить сверхчувственность Бога, Ориген предлагает особое учение о сотворенной душе, которая принадлежала видимому, осязаемому Иисусу и могла расти и страдать. Происхождение ее таково: один из мыслящих духов остался верным Творцу и не отступил от Него, всецело предавшись прославлению Бога. Этот единственный безгрешный ум неразрывно соединился с Сыном Божиим, и союз этот подобен раскаленному железу, где металл и огонь неразделимы. При Боговоплощении же «Божественный Логос пребывает в душе Иисуса и соединен с ней ближе, чем с любой другой, ибо лишь она смогла достичь совершенства и стать причастницей Того, Кто есть сам Логос, и сама Премудрость, и сама Праведность» («Против Цельса», 5.39).
Этим объясняется, почему Логос, по природе Своей — неизменный и невидимый Творец вселенной, в Лице Иисуса плакал, как ребенок. Он есть высшая Сила, управляющая миром, но сотворенный ум стал «один Дух с Господом» (это любимый стих Оригена — 1 Кор. 6:17). При этом душа, подверженная внешним воздействиям, боли и человеческой скорби, не сливается со Словом и не угрожает совершенству Его божественного естества.
Ориген хорошо понимал, что учение о Логосе неминуемо влечет за собой трудности для христологии, и пытался по–своему разрешить их. Некоторые из его предложений стали общехристианскими: например, две природы Христа и их неслитный союз, сотворенная душа Иисуса и ее скорбь, — однако работы Оригена не принято упоминать при изложении этих догматов, поскольку в них содержатся указания на предсуществующие души, а это учение было отвергнуто.
Предназначение Боговоплощения в системе Оригена до конца не ясно. Некоторые полагают, что он придавал большое значение небесному Логосу или Премудрости, а роль воплотившегося Христа недооценивал. Спасение, по Оригену, зависит скорее от знания и откровения, чем от исторических событий Рождества Христова и страстей Господних. Здесь появляется учение о «сторонах» личности Иисуса. Небесное Слово несет в себе принцип многообразия, и Его сущность обладает разными сторонами или гранями (греч. epinoiai): Премудрость, Слово, Жизнь, Истина и т. д. Высшие стороны отражают Его вечное бытие, а низшие (Пастырь, Первосвященник) — пришествие во плоти. Вначале люди познают низшие стороны личности Христа, но ничто не мешает им подниматься выше и выше, чтобы достичь уровня чистых духов, начать созерцать Бога без преграды и, наконец, самим стать богами (в том смысле, как это сказано в Ин. 10:34–35). Такое учение может навести на мысль, что Человек Иисус Христос — всего лишь образец, начальный этап, который духовный человек должен пройти, поднимаясь по лестнице epinoiai. Многообразие «сторон» влияет и на восприятие Человека Иисуса: иногда Он остается неузнанным, а иногда одни и те же события евангелисты описывают неодинаково. Все это потому, что разным людям открываются разные грани личности Христа. Его тело было сделано из реальной плоти, однако оно обладало свойствами духа, или Богоподобием, что особенно проявилось после Воскресения.