К 1594 году первая жена Спенсера умерла, и в том же году он женился на гораздо более молодой Элизабет Бойл, родственнице Ричарда Бойла, 1-го графа Корка. Он адресовал ей последовательность сонетов Аморетти. Сам брак был отпразднован в Эпиталамионе. У них был сын по имени Перегрин.
В 1596 году Спенсер написал брошюру в прозе под названием «Взгляд на современное состояние Ирландии» («A View of the Present State of Ireland»). Это произведение в форме диалога распространялось в рукописи, оставаясь неопубликованным до середины семнадцатого века. Вполне вероятно, что она не была напечатана при жизни автора из-за ее подстрекательского содержания. В брошюре утверждалось, что Ирландия никогда не будет полностью «умиротворена» англичанами до тех пор, пока ее родной язык и обычаи не будут уничтожены, если это необходимо, с помощью насилия.
В 1598 году, во время Девятилетней войны, Спенсер был изгнан из своего дома коренными ирландскими войсками Аодх-Нейла. Его замок в Килколмане был сожжен, и Бен Джонсон (Ben Jonson), у которого, возможно, была личная информация, утверждал, что один из его маленьких детей погиб в огне.
Титульный лист, и «Гимны Фаура» (Fowre Hymnes») Эдмунда Спенсера, были опубликованы Уильямом Понсонби в Лондоне в 1596 году.
Через год после того, как его выгнали из дома, в 1599 году, Спенсер отправился в Лондон, где умер в полной нищете в возрасте сорока шести лет отроду, «...из–за нехватки хлеба», по словам Бена Джонсона. Данное обвинение, долгое время считалось одним из наиболее сомнительных заявлений Джонсона (но прочитав раздел «Рифма и Резон» читатель может опровергнуть это сомнение).
Его гроб был перенесен на могилу в Уголок поэтов в Вестминстерском аббатстве другими поэтами, которые со слезами бросили в его могилу много ручек и стихотворений. Его вторая жена пережила его и дважды выходила замуж. Его сестра Сара, которая сопровождала его в Ирландию, вышла замуж за члена семьи Трэверс, и ее потомки на протяжении веков были видными землевладельцами в Корке.
«Рифма и Резон».
Томас Фуллер (Thomas Fuller) в «Достойной Англии» («Worthies of England») включил историю, в которой королева велела своему казначею Уильяму Сесилу заплатить Спенсеру сто фунтов за его стихи. Казначей, однако, возразил, что сумма была слишком большой. Она сказала: «Тогда дай ему то, что является резонным…». Не получив своевременно свою плату, Спенсер написал стихотворное четверостишие посвятив его королеве, как одно из её достижений:
________________
© Swami Runinanda
© Свами Ранинанда
________________
I was promis'd on a time,
To have a reason for my rhyme:
From that time unto this season,
I receiv'd nor rhyme nor reason.
Мне обещано было в своё время,
Иметь причину для моей рифмы:
С того времени до этого сезона
Я не получил ни рифмы, ни резона.
(Литературный перевод Свами Ранинанда 11.10.2021).
Она немедленно приказала казначею выплатить Спенсеру первоначальные 100 фунтов стерлингов.
Эта история, была связана со Спенсером и Томасом Чарчьярдом (Thomas Churchyard), которые, испытывали трудности с выплатой пенсии, единственного источника (жизненно необходимого) дохода, который королева Англии Елизавета назначила поэту. Бытовали слухи и предположения, что у Спенсера, не было никаких трудностей с получением выплаты издателю в виде долгов, хотя не были исключены длительные бюрократические задержки и отказы в выплате.
Именно то время, когда ему казначейство отказало в выплате пенсии, поскольку пенсия собиралась Спенсером для погашения долговых обязательств его издателю Понсонби, а срок выплаты давно истёк.
В последнее десятилетие 16-го века Спенсер опубликовал множество относительно коротких стихотворений, почти все из которых посвящены любви или печали. В 1591 году он опубликовал «Комплименты» («Complaints») — сборник стихотворений, в которых жалобы выражаются в скорбных или насмешливых тонах. Четыре года спустя, в 1595 году, Спенсер опубликовал «Аморетти и Эпиталамион» («Amoretti and Epithalamion»). Этот том содержит восемьдесят восемь сонетов, посвященных его ухаживанию за Элизабет Бойл. В «Аморетти» Спенсер использует утончённый юмор и пародию, восхваляя свою возлюбленную, переделывая традицию Петрарки в своём обращении с тоской по женщине. «Эпиталамион», как и «Аморетти», частично связаны с беспокойством в развитии романтических и сексуальных отношений. Она была написана для его свадьбы с молодой невестой Элизабет Бойл (Elizabeth Boyle). Некоторые предполагают, что внимание к беспокойству в целом отражает личные тревоги Спенсера в то время, когда он не смог завершить свою самую значительную работу «Королева фей». В следующем году Спенсер выпустил «Проталамион» («Prothalamion»), свадебную песню, написанную для дочерей герцога, в тщетной надежде очередной раз завоевать расположение при дворе.