Расширение трансатлантических связей, в том числе и преступных, к тридцатым годам усилило интерес ФБР к деятельности Интерпола. В январе 1936 года впервые ФБР подало в интерполовский журнал «Международная общественная безопасность» («МОБ»), служебно-инструктивный журнал для всех полицейских служб Западной, Центральной Европы и нескольких стран Ближнего Востока, первые объявления о розыске (конкретно — о розыске киднепперов, похитителей детей). В 1936 и 1937 годах были направлены официальные наблюдатели из числа ведущих администраторов и розыскников ФБР на ежегодные Генеральные ассамблеи. Отчеты и общее впечатление делегатов были весьма благоприятны — к тому времени МККП уже превратился в серьезную профессиональную систему, но еще не был серьезно подорван распространением влияния германского национал-социализма. И вот 10 июня 1938 года Конгресс США специальным Актом постановил, что Генеральному прокурору США необходимо «…принять и сохранить, от имени Соединенных Штатов Америки, членство в международной полицейской комиссии…»
Специальным (секретным) пунктом этого Акта было решение о назначении Э. Гувера персональным представителем в МККП, и о том, что ФБР будет единственным федеральным органом, уполномоченным сотрудничать с Комиссией.
Сотрудничество происходило до конца 1941 года, почти до самого периода, когда США и Германия пришли в состояние войны; Интерпол в то время полностью находился под контролем наци, его президентом стал глава РСХА Рейнхард Гейд-рих. ФБР регулярно направляло в интерполовские журналы и информационные листки информацию о розыске преступников, получало ответы на запросы по персоналиям — и давало соответствующие по запросам от Национальных Центральных Бюро МККП в Европе. Формально отношения были прекращены только после того, как штаб-квартира Интерпола по указанию Гейдриха была переведена в пригород Берлина, Ванзее: лишь тогда Гувер дал указание, что «желательно в будущем не направлять никакой корреспонденции в МККП, чей нынешний адрес: Германия, Берлин».
Во все военные годы сотрудничество ФБР с Интерполом (а он продолжал действовать, хотя и был изрядно модифицирован нацистским руководством — на посту президента МККП после убийства Гейдриха находился военный преступник Каль-тенбруннер, а многолетний генсек Интерпола, Оскар Дресслер, со времен аншлюса приобрел выраженный сильно коричневый цвет, и до самой своей естественной смерти в начале 1945 года верно служил наци, не происходило. Не сразу возобновилось оно и после войны. Когда Флоран Луваж, генеральный инспектор внутренней безопасности Бельгии, собрал 15-ю Генеральную ассамблею МККП в Брюсселе 3 июня 1946 года, Эдгар Гувер не присутствовал на ней; во внутреннем (для служебного пользования) отчете ФБР об этом говорится так: «Соединенные Штаты не были там представлены, поскольку ФБР еще не ознакомилось с идеологической подоплекой послевоенного участия в этой организации». Тем не менее, Гувер на этой ассамблее был выбран одним из семи вице-президентов МККП; президентом же стал Ф. Луваж, Генеральным секретарем — Луи Дюклу, начальник юридического департамента полиции в Сюрте Националь (Франция).