Унгерн не раз пытался узнать от следователей о судьбе своей Азиатской конной дивизии. Но было приказано не говорить, что белое войско барона, пусть и с большими потерями, всё же прорвалось через заслоны красных в монгольских степях и ушло в Маньчжурию. И сейчас унгерновские «азиаты» сражались в Приморье в рядах каппелевцев.
Литератор Владимир Заварзин, написавший впоследствии роман «Два мира», в то время редактор многотиражной газеты «Красный стрелок» 5-й армии, был свидетелем пребывания пленного генерала Унгерна в Иркутске и даже присутствовал на одном из его допросов. Заварзин писал:
«Он сидим в низком мягком кресле, закинув ногу на ногу. Курит папиросы, любезно предоставленные ему врагами. Отхлёбывает чай из стакана в массивном подстаканнике...
Ведь это совсем обиженный Богом и людьми человек! Забитый, улыбающийся кроткой виноватой улыбкой. Какой он жалкий! Но это только кажется. Это смерть, держащая его уже за отвороты княжеского халата. Это она своей близостью обратила волка в ягнёнка...»
Вряд ли барон строил иллюзии насчёт своего конца. Поэтому, когда на последнем допросе в Иркутске ему сказали, что его сегодня отправляют в Новониколаевск, он спросил следователя, вызывая на откровенный ответ:
— Там будет мой конец?
— Там будет суд над вами. С соблюдением всей законности.
— Почему именно в Новониколаевске, а не здесь, в Иркутске?
— Новониколаевск — столица советской Сибири. Там уже всё готово к вашей встрече...
С судом над бароном Унгерном торопились не в Сибири, а прежде всего в Москве. 26 августа председатель Совета Народных Комиссаров В.И. Ульянов-Ленин посылает телефонограмму в Политбюро ЦК РКП (большевиков) следующего содержания:
«Предложение в Политбюро ЦК РКПБ(б) о предании суду Унгерна. Следует обратить на это дело побольше внимания, добиться проверки солидности обвинения и в случае, если доказанность полнейшая, в чём, по-видимому, нельзя сомневаться, то устроить публичный суд, провести его с максимальной скоростью и расстрелять».
Почему же Ленин «срочно» вмешался в судьбу пленённого белого генерала? А ларчик открывался просто: 17 января 1920 года ВЦИК и Совнарком приняли широко опубликованное постановление об отмене смертной казни в отношении врагов советской власти. Но это был пропагандистский шаг: «красный террор» в отношении «классовых врагов» продолжался, и Ленин с высоты своего положения уже выносил белому генералу смертный приговор ещё до законного суда над ним.
К суду над «кровавым» бароном готовились самым серьёзным образом. Обвинительного материала о преступлениях унгерновцев и их вождя в ходе Гражданской войны в Забайкалье было «хоть пруд пруди». В Николаевске по делу генерала был специально создан Чрезвычайный трибунал. Во главе его стал Опарин, большевик с большим стажем, начальник Сибирского отдела Верховного трибунала при ВЦИКе. Он был известен как «борец» за самые суровые наказания врагам Советской власти, будь то скрывавшийся в подполье колчаковский офицер или повстанец-крестьянин, Доведённый с семьёй продразвёрсткой до голодной крайности. Членами трибунала являлись: знаменитый командир сибирских партизан Кравченко, Габишев, Кудрявцев и Гуляев.
Законность действительно соблюдалась. Унгерну дали защитника в лице бывшего присяжного поверенного Боголюбова. Этому юристу, под тяжестью улик в отношении подзащитного, порой и сказать нечего было: Да и к тому же тот не скрывал своих преступлений на войне против красных, не юлил, не лгал в оправдание.
Общественным обвинителем стал не кто иной, как сам Емельян Ярославский (Миней Губельман), главный сталинский атеист и борец с любым религиозным «мракобесием». Он стал в истории России сокрушителем сотен и сотен древних храмов и монастырей, уничтожения или осквернения бесчисленного множества памятников духовной культуры не только русского народа. Фигура Емельяна Ярославского в советской истории действительно была одиозной.
В новониколаевской тюрьме тщательно охраняемый Унгерн просидел не больше недели. Его уже не допрашивали, поскольку он признался во всём. Судебное заседание (оно было открытым) началось ровно в полдень 15 сентября 1921 года в здании театра в загородном саду «Сосновка». Зрителей пускали по входным билетам, которые в руки случайных людей не попадали.
Стенограмма судебного процесса была почти полностью опубликована в новониколаевской газете «Советская Сибирь». Для того времени это был случай почти что уникальный. Обычно ограничивались только краткой информацией о приговоре.