Надо ли говорить, что после теоретических обоснований Н.А. Пожарова и просьбы ростовских революционеров о помощи, съезд принял решение о немедленном направлении на Дон матросов «для помощи местным Советам в захвате власти и подавлении сопротивления контрреволюции». Командование Черноморского флота и офицерство, разумеется, выступило против. Позиция офицерства сразу же была расценена матросами, как контрреволюционная. Нагнетала обстановку и находившаяся в Севастополе делегация кронштадтских матросов. На митингах, проходивших на кораблях, они делились свои кровавым опытом, призывали к продолжению революции и уничтожению черноморских офицеров. Под влиянием кронштадцев команды начали принимать самые радикальные резолюции: «Сметем всех явных и тайных контрреволюционеров…», «Ни одного револьвера, ни одной сабли у офицеров быть не должно…»
Очевидец севастопольских событий кадет А. Заводов впоследствии вспоминал, что террор в Севастополе начался сразу же после приезда в Севастополь революционной группы матросов Балтийского флота: «…Конечно, местный Революционный комитет встретил своих собратьев по флоту радостно. И подогретый их советами, наложил на город контрибуцию в два миллиона рублей. Пригрозив, что за невнесение этой суммы будут расстреляны заложники…» И хотя никакими другими воспоминаниями данный факт не подтвержден, требование о контрибуции от севастопольской буржуазии в реалиях тех дней вполне могло иметь место. Вспомним хотя бы воспоминания В.Д. Бонч-Бруевича о том, что творили в Петрограде матросы- анархисты отряда братьев Железняковых.
Как бы то ни было, но уже 15 ноября 1917 года в Севастополе начались первые самочинные аресты офицеров. В те дни избранный черноморским Центрофлотом «главным народным комиссаром Черноморского флота» матрос-большевик В.В. Роменец получил из Совнаркома «установочную» телеграмму: «Каледины, корниловцы, дутовы – вне закона!» Фактически это являлось приказам начинать повсеместное уничтожение контрреволюционеров. В ответ на эту телеграмму В.В. Роменец сообщал в Совнарком о поднявшемся на флоте «возбуждении против калединской авантюры» и о том, что местными «высшими демократическими организациями были приняты кое-какие меры, чисто демонстративные. В настоящее время посылается еще флотилия в Азовское море, но уже предвидится и столкновение… прошу сообщить… товарищи, что в этом плане предпринято с Вашей стороны, а также как действовать и что предпринимать в дальнейшем Черноморскому флоту, ибо страсти разгораются… я не имею никаких от Вас распоряжений. Быть может мы… и ошибаемся, хотя и думаем, что нет». Предписание Совнаркома главному комиссару Черноморского флота последовало 26 ноября: «Действуйте со всей решительностью против врагов народа, не дожидаясь никаких указаний сверху. Каледин, Корнилов, Дутов вне закона… На ультиматум отвечайте самым сильным, смелым революционным действием».
После этого черноморский Центрофлот решает направить на помощь Ростовскому Совету по железной дороге большой отряд матросов, а кроме этого послать в устье Дона корабли с десантом. 25 ноября 1917 года из Севастополя был отправлен отряд кораблей (эсминцы «Гневный», «Капитан Сакен», тральщики «Феофания», «Роза», два сторожевых катера). На борту кораблей находилось 150 матросов-десантников. Одновременно более двух с половиной тысяч матросов (1-й Черноморский революционный отряд), под командованием матросов-анархистов А.В. Мокроусова, А.И. Толстова и С.Н. Степанова, отправился в Ростов по железной дороге. Руководство операцией по уничтожению контрреволюции на Дону взяла на себя, т. н. «комиссия пяти» во главе с матросом-большевиком Е.В. Драчуком, оставшаяся в Севастополе. 30 ноября черноморцы прибыли в Мариуполь, где сразу же вступили в бой с казачьими частями и, выбив их из города, установили в Мариуполе власть местного Совета. На следующий день, 1 декабря, они провели аналогичную операцию в Таганроге, выбив оттуда казачьи части генерала Назарова. 4 декабря отряд кораблей прибыл в Ростов.
Донское правительство расценило вмешательство Черноморского флота как нарушение своего суверенитета и через революционную Ставку заявило протест Совнаркому. Комиссар казачьих войск при Ставке Шапкин вручил Крыленко документ, в котором говорилось, что «22 ноября в Таганрогский порт вошло несколько вооруженных траллеров (так в тексте – В.Ш.), посланных Черноморским флотом против Донского войскового правительства… другой отряд направился к Ростову… Кроме того, из самых разнообразных источников поступают известия о том, что против Дона собираются войска с севера… чтобы установить на Дону господство принципов социал-демократов большевиков» Протесты атамана Донского войска генерала Каледина «о недопустимости вмешательства Черноморского флота во внутренние дела Дона» остались без ответа. Когда же Каледин узнал, что отряд Мокроусова, отправленного на Дон, со станции Синельниково был повернут на Харьков и Курск на перехват ударных частей Западного фронта, пробивавшихся на Дон из Могилева. Поэтому в ночь с 5 на 6 декабря отряды казаков, офицеров и юнкеров захватили здание Ростовского Совета и арестовали ряд его руководителей.