Последовали и другие изменения. 24 октября Горбачев подписал указ о роспуске КГБ. Ельцин перенял эстафету и расчленил организацию, отделив ПГУ от ВГУ, погранвойск, оперативно-технического управления, связи и других подразделений упраздненного КГБ. Обретшее независимость ПГУ было преобразовано в Центральную разведывательную службу, а затем — в Службу внешней разведки (СВР). Второе главное управление стало Федеральной службой безопасности (ФСБ).
Я порвал мои связи с тем, что осталось от Комитета государственной безопасности, и только изредка посещал встречи ветеранов разведки. Я также прервал все отношения с Калугиным. Его резкую и несправедливую критику в адрес КГБ, с которой он активно включился в «новое» демократическое движение, я не мог принять. К тому времени Крючков и Кирпиченко старались найти в ПГУ «козла отпущения», на которого надо было свалить всю вину за то, что в разведке развелось так много агентов, выданных Эймсом, и Калугин стал для этого оптимальным кандидатом. Вскоре после того, как он вышел в 1990 году в отставку, его обвинили в выдаче государственных секретов. Указом Горбачева он был лишен воинского звания, государственных наград и пенсии. Тогда Калугин быстро перестроился и развернул активную кампанию по своему избранию депутатом в Верховный Совет РФ, что ему удалось. Статус депутата дал ему необходимый иммунитет от преследования, а также возможного ареста, и он продолжал разоблачать «преступную деятельность» КГБ. После распада СССР обвинения в отношении Калугина были сняты, он стал советником Бакатина, прежде чем выехать в 1995 году на постоянное место жительства в США.
При Владимире Путине против Калугина снова были выдвинуты обвинения, замятые во время президентства Ельцина. В 2002 году над ним «in absentia» состоялся суд, который признал Калугина виновным в измене Родине и приговорил его к 15 годам тюрьмы. Часть предъявленных обвинений касалась показаний Калугина по делу американского полковника-резервиста Георгия Трофимоффа, бывшего офицера военной разведки США, обвиненного в шпионаже в пользу СССР и в 2001 году приговоренного к пожизненному тюремному заключению. Трофимофф служил в Западной Германии, участвуя в допросах советских перебежчиков. Его выдал сотрудник КГБ Василий Митрохин, который много лет работал в архиве ПГУ. В 1992 году он сбежал в Англию, предварительно скопировав много документов из находящихся в архиве оперативных дел. Английский историк Кристофер Эндрю в своей книге «Архивы Митрохина», написанной на основе материалов архивариуса-предателя, описал, в частности, шпионскую деятельность Трофимоффа, не называя его фамилию. Этого для американцев оказалось достаточно, чтобы его установить и арестовать.
В качестве свидетеля в суд был вызван и Калугин, в то время уже проживавший в Соединенных Штатах. Несмотря на данный факт, Калугин отрицает, что он выдал Трофимоффа. После этого случая президент Путин назвал Калугина предателем.
Леонид Шебаршин после выхода в отставку вместе со своим другом Николаем Леоновым, бывшим начальником Аналитического управления КГБ СССР, основали компанию, деятельность которой базировалась на их обширных знаниях и связях. Работа компании была в основном ориентирована на возникшие в России новые деловые и финансовые структуры, которые испытывали необходимость в обеспечении безопасности своего бизнеса. Фирма называлась «Российская служба экономической безопасности» и размещалась в одном из служебных помещений стадиона «Динамо», который когда-то находился под патронажем КГБ. Там она существует и в настоящее время.
Геннадий Василенко избавился от своих проблем и тоже встал на ноги. После шестимесячного заключения в 1986 году в лефортовской тюрьме он некоторое время жил на даче, приходя в себя от пережитого и размышляя о том, как строить жизнь дальше. Его друзья-коллеги, сохранившие доверие к нему, помогли ему найти работу на фирме, которая раньше обслуживала издательство КГБ. Вскоре Геннадий возобновил контакты с Платтом и потихоньку начал встраиваться в новую для него, как и для всех нас, жизнь в России. Какое-то время у него был свой небольшой бизнес по продаже продуктов питания и сигарет, затем, в 1991 году, он переключился на сферу, связанную с охраной и обеспечением безопасности. Его контакты с Д. Платтом стали осуществляться на постоянной основе.