Но это не остановило британских корсаров, которые к концу XVI в. весьма активизировались на морских просторах. Так, Томас Кавендиш вернулся из кругосветного плавания с огромными богатствами. Лондонский купец Джон Уатт на своих кораблях подстерег у Юкатана и захватил два испанских галиона из «золотого флота» с богатейшим грузом. Богатую добычу привез граф Камберлендский из экспедиции к Азорским островам. В 1589–1591 гг. 236 английских кораблей бродили по морям в поисках добычи. Было захвачено 300 судов. Стоимость награбленного в десять раз превышала стоимость английского импорта.
В 1592 г. Кросс и Бороу в районе Азорских островов захватили огромную португальскую караку водоизмещением 1500 т, шедшую из Ост-Индии с ценнейшим грузом: драгоценными камнями, золотом, шелками и специями. Такой «приз» никому еще не доставался на протяжении столетия.
Усилившаяся британская активность на морях заставила испанское правительство поторопиться с захватом Тихоокеанских островов и разрешить наконец Менданье столь долго ожидаемое им плавание.
Свое второе плавание к Соломоновым островам Менданья начинал уже немолодым человеком. Ему было 53 года.
В плавании его сопровождали жена — донна Исабель Баррето и три ее брата. Донна Исабель, молодая женщина 20 лет, имела характер деспотический и тщеславный, она была горда сознанием, что она жена аделантадо, т. е. губернатора. Одного из ее братьев, дона Лоренсо Баррето, Менданья назначил капитаном флагманского корабля экспедиции «Сан-Хиронимо». Клан Баррето занял сильные позиции в экспедиции, особенно если учесть мягкий, податливый характер Менданьи.
9 апреля 1595 г. экспедиция отправилась в плавание, покинув Кальяо, порт Лимы, столицы Перу, называвшейся в те времена Городом Королей. Плавание совершалось на четырех судах, в состав экспедиции входило 378 матросов и солдат с женами и детьми. Католическую церковь представляли три священника-францисканца. Командиром отряда солдат был полковник Педро Мерино Манрике, храбрый, опытный солдат, но человек грубый и вздорный.
Главным штурманом экспедиции был Педро Фернандес де Кирос. Он родился в Португалии в 1565 г., за год до первой экспедиции Менданьи. В 1580 г., когда Филипп II объединил под одним скипетром Испанию и Португалию, пятнадцатилетний Кирос стал подданным испанского монарха. В 1589 г. он женился. К этому времени он уже несколько лет провел на море. На следующий год, когда Кирос и его жена находились в Перу, у них родился сын Франсиско, дочь же Херонима родилась в 1595 г., через несколько месяцев после начала второй экспедиции Менданьи.
Уже в первые дни плавания Кирос понял, что попал в тяжелое положение. Нелады между полковником Манрике и донной Исабель возникли сразу же после отплытия из Кальяо. Каждый из них претендовал на руководящую роль в экспедиции и требовал выполнения своих распоряжений. Кирос хотел даже отказаться от участия в плавании. Единственное, что заставило его остаться, было глубокое уважение к Менданье. Подробности о второй экспедиции Менданьи мы узнаем из отчета Кироса, продиктованного им своему секретарю 12 лет спустя.
Выйдя из Кальяо, Менданья еще некоторое время вел корабли на север вдоль южноамериканского побережья к порту Пайта, стараясь пополнить запасы воды и продовольствия. В порту Черрепе произошло событие, оставившее неприятный осадок у экипажей всех судов. В порту стояло судно, груженное мукой, сахаром и другими товарами. Корабль этот очень понравился командиру одного из судов экспедиции, Лопе де Вега, и его офицерам. Лопе де Вега только что, в Черрепе, стал родственником Менданьи, женившись на сестре его жены Марианне. Менданья дал ему чин адмирала. Надо сказать, что женитьба Лопе де Веги была не единственным матримониальным актом в экспедиции. Свадьбы совершались часто. Ведь среди участников экспедиции были не только матросы и солдаты, но и будущие колонисты, люди, искавшие счастья во вновь открываемых землях. В экспедицию отправились и целые семьи с многочисленными детьми, и вдовы, и незамужние женщины. За время плавания было отпраздновано полтора десятка свадеб.