Внешние события жизни Печерина известны достаточно хорошо. Он родился 15 (27 н. ст.) июня 1807 года в маленькой украинской деревушке Дымерка, в семье мелкопоместного дворянина, поручика Ярославского пехотного полка, Сергея Пантелеевича Печерина (1781–1866). Отец, так же как и мать, Пелагея Петровна, урожденная Симоновская (?—1858), был польского происхождения, но православного вероисповедания. Прадед Печерина был сначала лакеем при дворе Елизаветы Петровны, но дослужился до звания обермундшенка («старшего виночерпия»), соответствовавшего по Табели о рангах военному чину генерала и гражданскому чину действительного статского советника. Потомки его до таких чинов больше не дослуживались.
Детство Печерина прошло в захолустных гарнизонных городишках юго-запада империи. Воспитание и образование его было типичным для поколения начала 1800-х годов. Реальность крепостнической действительности приходила в столкновение с уроками иностранных гувернеров, разжигавших воображение своих учеников разрозненными идеями французских энциклопедистов, революционной риторикой и пылкими призывами к свободе, почерпнутыми в произведениях Жан-Жака Руссо, Фридриха Шиллера, во французских романах и у немецких драматургов, жадное чтение которых компенсировало их подопечным отсутствие продуманной системы образования. В 1825 году, за несколько месяцев до декабрьских событий, восемнадцати лет от роду, Печерин покидает родной дом, как окажется, навсегда, и приезжает в Санкт-Петербург. Здесь он сначала служит мелким чиновником, а в 1829 году становится студентом филологического факультета университета. Сразу же проявились его незаурядные способности к языкам, позволившие ему добиться заметных успехов в области классической филологии. В 1831 году он заканчивает университет, один из всего выпуска получает степень кандидата и место лектора по кафедре классических языков. Печерин занимается переводами, пишет стихи и научные статьи, посещает собрания студенческого кружка «святая пятница», собиравшегося у А. В. Никитенко (1805–1877). Там студенчество спорило об искусстве, философии, политике в духе либеральном, но не радикальном.
В 1833 году Печерин был зачислен в состав группы молодых профессоров, отправленных в Берлинский университет для подготовки к профессорской должности на родине. Два года Печерин пробыл за границей, слушал лекции немецких профессоров, изучал Гегеля, путешествовал по Германии, Швейцарии, Италии. Дух свободы, красоты античных древностей, сладостный воздух юга, добродушие и веселость итальянцев пленили его сердце. Как ни критически относился Печерин к действительности николаевской России до поездки, возвращение в удушливую атмосферу покорного чиновничества, светских условностей, предписанного лицемерия сделало для него жизнь здесь нестерпимой. Вскоре Печерин испрашивает отпуск в Берлин и сознательно и навсегда покидает Россию.
Впоследствии одной из многочисленных причин, заставивших его «бежать из России, как бегут из зачумленного города», он назовет «страх России или, скорее, страх от Николая» (РО: 261). Его гонит страх рабства и жажда свободы, стремление участвовать в ее приближении. В течение четырех лет он скитается по Европе, знакомится как с теориями, так и с реальной деятельностью европейских революционных кружков. Поступок его друзьями не одобряется, но он им понятен. Затем в 1840 году, в Льеже, следует его необъяснимое обращение в католичество, принятие монашеского сана, вступление в орден редемптористов (орден Искупителя). По окончании искуса в 1841 году Печерин переводится в семинарию в Виттем (Голландия), где преподает историю, греческий и латинский языки. Вскоре ему поручают прочесть проповедь на немецком языке, во время которой обнаруживается его проповеднический дар. В соответствии с уставом ордена, основным призванием редемптористов является миссионерская деятельность среди бедняков. С 1845 по 1854 год Печерин служит в Англии, сначала на юго-западе, в Фальмуте, а затем в Лондоне, в беднейшем городском квартале Клапам. В 1853 году его там посещает Герцен, после чего между ними завязывается краткая, но чрезвычайно интересная переписка, опубликованная Герценом в первом издании «Былого и дум».