Для управления духовным учебным заведением был создан совет преподавателей, который руководил ее учебнометодической и хозяйственной деятельности и предоставлял отчеты о своей работе главе миссии. К нему же каждый день являлся с докладом и ректор И. Сэнума, в результате чего владыка Николай, как правило, был в курсе всего происходящего в семинарии и хорошо знал способности и недостатки каждого ученика на протяжении всех трех с лишним десятков лет своего руководства этим учебным заведением.
Порядок в семинарии был установлен почти военный, что вполне согласовывалось с теми условиями, в которых существовало большинство японских школ того времени. Учебный процессы и внеклассное время даже-в самых обычных школах и колледжах жестко контролировались министерством образования Японии с четким пониманием того, что именно в школах готовились кадры для бурно и чрезвычайно воинственно развивающейся Японии. Страна, готовившаяся стать настоящей империей, планирующая, а затем и ведущая вполне успешные захватнические войны, была заинтересована в большом количестве дисциплинированных, хорошо образованных и выносливых солдат и «тружеников тыла». Сама система образования была организована как странный, на наш взгляд, симбиоз традиционных самурайских школ и прусских учебных заведений, замешанный на духовной основе так называемого «государственного синто». Однако в этой системе было немало рационального, и не случайно поэтому во всех японских школах, и семинария не была здесь исключением, особое внимание уделялось дисциплине, гимнастике, развитию выносливости и закаливанию учеников. Более того, семинаристы даже выделялись по этому показателю среди японских однокашников. В каникулы они отправлялись организованным порядком отдыхать к морю или на специально для них построенную в европейском стиле дачу в местечке Тоносава у подножия горы Фудзи, где неизбежно производили приятное впечатление на местных жителей. 15 (28) августа 1903 года, например, владыка записал в своем дневнике: «Прибыли сегодня и ученики, которых я отправил на каникулы в Босю, все с здоровым видом, загоревшие и бодрые... Вели себя ученики так добропорядочно, что заслужили похвалу в местной газете: “Много-де нынче собралось проводить время жаров в Босю, но всех лучше и благороднее ведут себя духовные воспитанники с Суругадай”»[5].
Не менее приятное впечатление производили семинаристы и в Токио. Часто заезжавшие в миссию путешественники с удовольствием отмечали крайне скромную, но уютную и достойную обстановку семинарии, общежития, где ученики спали по-европейски — в кроватях, увешанные в строгом порядке географическими каргами и таблицами классы, в которых семинаристы сидели на занятиях по-японски — на полу, всегда образцово чистый двор, веселые и непринужденные лица учеников, одетых, в зависимости от занятий, либо в прусского типа мундирчики с фуражками, либо в традиционные японские кимоно и широкие штаны — хакама. Все это были результаты не только доброго и покровительственного отношения преподавателей и самого главы миссии к семинаристам, но и строгого спроса, который неизбежно и в кратчайшие сроки настигал нарушителей дисциплины и нерадивых учеников, которые, конечно, тоже встречались. Такая, почти идиллическая, картина внутреннего психологического климата семинарии, ставшая результатом сочетания искреннего радения православного епископа о своих учениках и совершенно японской конфуцианской модели внутрисемейных отношений с выраженным покровительством и заботой старших о младших в ответ на беспрекословное подчинение и дисциплинированность последних, хорошо отображена в опубликованных все в том же 1891 году воспоминаниях одного из бывших семинаристов — Сергия Сёдзи: «И вот сбылось мое желание: я стал воспитанником семинарии и поселился в Суругадае... Я принялся усердно — не так, как занимался в английском училище,—за изучение русского языка: это было тем более необходимо, что я поступил в семинарию две недели после того, как начались занятия. Новые мои товарищи, вместе со мною поступившие в семинарию, очень мне понравились: все они с первой встречи показались мне искренними и добрыми. Всех их было около пятидесяти. Из них три четверти были юношами взрослыми; остальные были такие же дети, как и я, и их поместили всех вместе в одну большую комнату, составлявшую особое царство молодцов, как называл нас преосвященный Николай, когда посещал наше жилище. Разумеется, наша молодцовская комната была самой веселой и шумной во всей семинарии, но зато занимались мы и успевали в учении также молодецки. Хотя старшие из вновь поступивших помещались отдельно от нас, но мы все весьма скоро познакомились между собою, и из нас составилась как бы одна семья, связанная истинно братскою дружбою... Такова была товарищеская среда, в которой очутился при начале моего учения в семинарии. Во главе же семинарской семьи стоял... сам преосвященный Николай...