Вначале пепеляевцы приняли красных за яныгинцев, а когда опомнились, было уже поздно. Организованного сопротивления они оказать не могли, лишь небольшие группы засели в домах, отстреливались из-за углов.
Вострецов послал к обороняющимся захваченного в штабе гарнизона офицера-пепеляевца с сообщением, что в Охотск прибыла крупная часть регулярной Красной Армии, и предложил белым сдаться в плен. Вскоре после этого перестрелка прекратилась. Весь охотский гарнизон сдался, кроме генерала Ракитина, который предпочел застрелиться.
Вострецов поинтересовался у пленных, сдастся ли Пепеляев в плен добровольно. По общему мнению выходило, что сдастся. Все же белогвардейцы предложили взять в Аян письмо от них, а также прихватить полковника Варгасова, лично знакомого Пепеляеву. С этим Вострецов согласился.
Через несколько дней пароход «Индигирка» с красным отрядом отправился в порт Аян. На берегу толпились смуглые камчадалы, приветливо махая шапками отъезжающим красноармейцам.
Из Аянской бухты исчезли остатки потемневшего льда, и у берегов снова загуляли игривые волны. Кончилась весна. Наступало северное лето с прозрачными белыми ночами. Удивительно красивы эти ночи! Своим волшебным, бледно-дрожащим светом они причудливо преображают природу и необыкновенно волнуют человека.
На исходе ночи 17 июня, когда на землю лег предрассветный густой туман, Аян был разбужен тревожными криками. Не успели пепеляевцы опомниться, как оказались захваченными отрядом Вострецова.
Красные высадились в шестидесяти верстах севернее Алдомской бухты. По пути они ликвидировали на реке Нячи банду Рязанского, а через три дня уже вошли в Аян.
Одним из первых был захвачен сам Пепеляев. Разбуженный криками, он намеревался выскочить из дому и поднять в ружье комендантскую команду, но у дверей его задержал Вострецов. Красный командир предложил генералу сдаться в плен, сообщив, что сопротивляться все равно бессмысленно.
Вместе с Вострецовым находился и полковник Варгасов. Он подтвердил, что весь охотский гарнизон уже сдался. Немного подумав, Пепеляев сдался.
Почти вся дружина последовала примеру своего командующего. Не сдались только десятка три белогвардейцев с полковником Андерсом во главе. Они ушли в тайгу, намереваясь пробраться в Приморье, а оттуда за границу, но в пути были уничтожены местным населением. Самого Андерса захватили живым и передали советским властям.
…Мерно раскачиваясь на волнах и оставляя за собой клубы черного дыма, «Индигирка» спешила во Владивосток с пленной «сибирской добровольческой дружиной». Светило яркое летнее солнце, грелись и нежились в его ласковых лучах зеленовато-изумрудные воды Охотского моря. Медленно накатывались гладкие волны, с шумом разбиваясь о скалистые берега…
Вот и Владивосток. У гранитных берегов бухты Золотого рога напевает свою извечную песню морской прибой.
Большие толпы людей встречают пароходы, прибывающие с далекого севера. Сурово смотрят жители на пепеляевцев, длинной вереницей спускающихся по трапу на берег. Летят и как шрапнель рвутся над ними ядовитые словечки, шутки, от которых передергивает белых вояк.
— «Русские»?! Какие же вы русские люди? Русские все давно дома работают, а вас эвона куда занесло — насилу добрались!..
Владивосток, словно умытый, посвежевший, уже не напоминал того загрязненного города с противным запахом духов и пота, каким он выглядел во время разгула белогвардейщины, усиленно культивировавшей проституцию.
Все примечают пепеляевцы и здесь, и на пути в Читу, куда их направили под вооруженной охраной. Они видят хорошо возделанные, засеянные поля, толпы довольных, опрятно одетых крестьян, бойко торгующие кооперативные магазины. Дивятся белогвардейцы на все, как прозревшие слепцы. Где же страшное «большевистское засилье», «всепожирающее варварство» совдепов?..
— Брехали за границей о России! Верное слово, брехали, сволочи! — неслось из солдатских рядов.
Суд над бывшим генералом Пепеляевым состоялся в г. Чите в январе 1924 года. Слушал дело революционный трибунал 5-й краснознаменной армии. Всего суду было предано семьдесят восемь человек командного состава. Байкалов и я были вызваны на суд в качестве свидетелей.
Процесс над пепеляевцами шел около двадцати дней. Незадолго до вынесения приговора в газете «Дальневосточный путь» было опубликовано письмо за подписью подсудимых. Обращаясь к тем, кто находился в эмиграции, пепеляевцы писали: