Контроль
Эпидемиологические данные показали, что серьезные вспышки потивируса происходят в основном в системе интенсивного выращивания ванили и могут происходить из-за разнообразия видов вирусов, включая разнообразие видов-хозяев, резервуаров вируса и, возможно, видов тлей.
Таким образом, помимо универсальной рекомендации высаживать безвирусный материал, стратегию борьбы необходимо адаптировать к каждой местной ситуации. Как следствие, рекомендуется оценивать риск потивируса до начала любой программы развития на новом участке или при изменении системы выращивания. Кроме того, молекулярные инструменты, которые позволяют быстро идентифицировать потивирусы, помогают понять подходящую стратегию контроля, которую можно использовать в случае неожиданных вспышек потивируса.
Вирус огуречной мозаики (CMV)
CMV – широко распространенный вирус, поражающий очень широкий круг растений. Он был обнаружен в ванили в начале 2000-х годов, что было связано с серьезными деформациями лиан во ФП (Farreyrol et al., 2001). Позднее вирус был обнаружен в ванили на острове Реюньон и в Индии (Madhubala et al., 2005).
Вирусы и генетическое разнообразие
Virus and Genetic Diversity
CMV является типичным представителем рода Cucumovirus в семействе Bromoviridae. Он имеет трехкомпонентный геном с позитивно-смысловой РНК, кодирующий пять белков (два компонента полимеразы на РНК1 и РНК2, белок 2b, участвующий в нарушении защиты растений и перемещении вируса в растении на РНК2, а также 30 К белок и CP на РНК3). Каждая РНК инкапсулирована в отдельную полиэдрическую частицу (диаметром 28 нм), поэтому для заражения растения требуется инокуляция трех типов вирионов. Некоторые изоляты также инкапсулируют субгеномную РНК или сателлитную (сат)РНК. Биология и экология этого вируса подробно рассмотрены (Palukaitis et al., 1992 и Gallitelli, 2000).
Штаммы CMV делятся на две серологически разные подгруппы, различающиеся примерно по 25% нуклеотидов и также различающиеся по биологическим признакам. Термоустойчивые штаммы подгруппы 1 далее делятся на две клады (1A и 1B) на основе геномных последовательностей их РНК (Roossinck et al., 1999). Подгруппа 1A возникла из подгруппы 1B, и (до недавнего времени) штаммы 1A были обнаружены только в Азии. Термочувствительные штаммы подгруппы 2 ограничены зонами с прохладным климатом. Три механизма были связаны с эволюцией CMV: перегруппировка РНК между компонентами РНК, рекомбинация в некодирующих областях и мутации в кодирующих областях. Было показано, что несколько аминокислотных положений на CP положительно отобраны в отношении передачи вируса (Moury, 2004).
Насколько нам известно, 65 последовательностей CMV-CP были получены для изолятов ванили, происходящих из ФП (58), острова Реюньон (6) и Индии (1) (Farreyrol, 2005; Madhubala et al., 2005; Mongredien, 2002), 53 из которых депонированы в Genbank. Большинство последовательностей были наиболее тесно связаны с изолятами подгруппы 1B и сгруппированы в несколько клад (Farreyrol et al., 2009). Деревья, полученные из 3′-UTR последовательностей РНК3 (Farreyrol, 2005) и ORF2b последовательностей РНК2 (Mongredien, 2002), соответствовали CP-анализу. Интересно, что изолят, принадлежащий к группе 2 (NZ100, AY861389), был механически инокулирован в растения ванили, что вызывало мозаику и деформацию листьев (Farreyrol et al., 2009), что позволяет предположить, что широкий спектр изолятов CMV может инфицировать ваниль. Попытки обнаружить сат-РНК CMV, ассоциированную с ванильными изолятами CMV из ФП, методом ОТ-ПЦР с использованием вырожденных праймеров (Escriu et al., 2000; Varveri and Boutsika, 1999) не увенчались успехом (M. Grisoni, неопубликованные данные).
Филогенетический анализ изолятов CMV, собранных из ванили и нескольких связанных культур или сорняков, выявил кластеризацию в соответствии с географическим происхождением, а не с растением-хозяином. Например, на Подветренных островах (ФП) изоляты CMV с островов Райатеа и Хуахине находились в разных кластерах, в то время как между изолятами из ванили и из Commelina diffusa наблюдалось высокое сходство (Farreyrol et al., 2009). Эти данные подтверждают гипотезу передачи вируса от одного растения к другому, особенно от C. diffusa к V. tahitensis. Точно так же ген CP CMV из ванили, секвенированный в Керале (Индия), показал самую высокую идентичность (99%) с геном другого индийского изолята, заражающего черный перец в Карнатаке (Madhubala et al., 2005).