Так снова Василий Шуйский оказался на положении опального, виноватого лишь в том, что его родственники обвинялись в «ведовстве». Его высокий боярский чин не защищал не только от царского гнева, но и от временщиков, спешивших утвердиться за счет впавших в немилость князей Шуйских. Удаление боярина из Москвы на воеводство в Великий Новгород 1 сентября 1600 года стало еще лучшим исходом, избавляя его от других возможных унижений[148]. Само по себе это назначение было для него не новым, однако на этот раз оно, вероятно, объяснялось еще и нежеланием царя Бориса Федоровича допустить князей Шуйских к переговорам с послом Речи Посполитой Львом Сапегой. Показательно, что канцлер Великого княжества Литовского Лев Сапега провел в Москве почти полтора года, и все это время князь Василий Иванович Шуйский «годовал» в Новгороде, вернувшись в Москву только после 25 мая 1602 года, когда польско-литовское посольство заключило договор о перемирии и уехало из пределов Русского государства. В то же самое время были отосланы по воеводствам в Псков и Смоленск князья Голицыны, жесточайшая опала постигла, как известно, род Романовых. Показательно, что братья Никитичи, сыновья Никиты Романовича и племянники первой жены Ивана Грозного, тоже стали жертвами обвинения в колдовстве. После «довода» Второго Бартенева на Александра Никитича Романова остальные Романовы, включая старшего, Федора Никитича, были обвинены в том, что хотели «царство достать ведовством и кореньем». Начало преследования Романовых в октябре-ноябре 1600 года совпало с приездом посольства из Речи Посполитой, что подчеркивает параллели в судьбах князей Шуйских и Романовых. Царь Борис Федорович сделал все, чтобы не допустить даже предположения о возможных контактах кого-либо из членов Боярской думы, происходивших из самых заметных княжеско-боярских родов, с вечными соперниками из Речи Посполитой, претендовавшими на часть русских земель, а то и на сам трон.
Когда дело было сделано и Речь Посполитая заключила выгодное царю Борису перемирие, князь Василий Иванович Шуйский был возвращен в Москву. Ему опять поручались местнические дела, осенью 1602 года он вызывался на службу во дворец, когда встречали датского королевича Иоанна — жениха царевны Ксении Годуновой. 4 сентября 1603 года князь Василий Иванович Шуйский присутствовал при встрече кизылбашского посла Лачин-бека, затем «посол у государя ел в Гроновитой палате» в присутствии первых бояр князя Федора Ивановича Мстиславского и князей Василия и Дмитрия Ивановичей Шуйских[149]. Их участие на этом направлении внешней политики Русского государства царь Борис Федорович только приветствовал, так как оно дополнительно могло подчеркнуть в глазах восточного гостя значение царя, повелевающего князьями «крови».
Но все дальновидные расчеты Бориса Годунова были опрокинуты появлением самозваного претендента на русский престол, назвавшегося именем царевича Дмитрия.