Взаимоотношения указанных органов складывались непросто, что было вызвано, как, к сожалению, и в настоящее время, борьбой за лидерство, за право обладания большим контролем друг над другом, что нередко мешало их работе, тем более что почти полностью отсутствовала поддержка деятельности этих органов со стороны подконтрольных ведомств и нередко оказывалось скрытое сопротивление ей чиновничьего аппарата. Показательна оценка результатов деятельности этих органов, данная им Ф. Э. Дзержинским. РКИ и НКЮ он характеризует как «органы, оторванные от хозяйственной жизни, находящиеся вне ее текущего процесса» и по социальному составу состоящие из «враждебных и чуждых советскому строю элементов». Сотрудники же ГПУ, хотя и были преданными делу коммунистами, но не имели «понятия о хозяйственных вопросах вообще», а потому вели борьбу с преступностью «вне времени и пространства, без всяких хозяйственных перспектив…». По мнению Ф. Э. Дзержинского, «борьба этих органов, как общее правило, ведется без помощи и поддержки самих хозяйственных органов — чаще при явной или скрытой вражде. Ясно, что результат этой борьбы… таков, каков он на самом деле, т. е. никакого успеха. Аппараты не улучшаются, преступления увеличиваются, государственное имущество улетучивается, все достижения идут на кормление и усиление этой враждебной нам среды — государственных чиновников».
В реформах государственного аппарата и права (судебная реформа, образование ГПУ НКВД, создание прокуратуры и др.) особое место отводилось вопросам реорганизации системы указанных органов, изменений их функциональных задач, создания временных межведомственных структур по борьбе с отдельными формами проявления коррупции и др. Считалось, что элементы этой системы должны были действовать не разрозненно, а в тесном взаимодействии. В этом направлении предполагалось, что органы ГПУ, лишенные права проведения следствия по общеуголовным делам, будут заниматься вопросами организации и проведения агентурно-осведомительной работы по выявлению коррупционных правонарушений, органы РКИ в результате проведения контроля за финансово-хозяйственной деятельностью учреждений и предприятий также будут выявлять факты коррупционных правонарушений. Материалы о выявленной противоправной деятельности они должны были передавать для расследования и вынесения приговора в органы НКЮ. Каждый элемент этой системы решал различный круг вопросов. При этом каждый государственный орган, по мере своих сил и возможностей, участвовал в формировании и осуществлении общей задачи по «искоренению» коррупции.
Однако надежды на полную ее ликвидацию не оправдались. Организация надлежащего противодействия коррупционной преступности стала настолько злободневной проблемой, что выдвинулась в ряд основных первоочередных задач государства и общества и была поручена Экономическому управлению ГПУ (ЭКУ).
Проведенный анализ показывает, что органы безопасности видели успех в борьбе с коррупцией только путем «беспощадной» государственной карательной политики и прежде всего в отношении участников «касты неприкасаемых» из числа членов РКП(б), а также проведения «чистки учреждений от взяточников» и обязательного для членов партии информирования органов безопасности обо всех известных им фактах коррупции и др.
С этой целью было принято решение о необходимости применения в отношении членов партии, «берущих взятки или попустительствующих взяточничеству», «ряда карательных мер насильственного характера». ЭКУ были подготовлены нормативные акты об организации кампании по борьбе со взяточничеством в масштабах всей страны, в которых были даны конкретные предложения по организации этой борьбы, структуре, составу и компетенции специальных (временных) комиссий по борьбе со взяточничеством, а также об использовании органов ГПУ, НКРКИ и Уголовного розыска для проведения «специфических мероприятий в порядке ударности». При этом ЭКУ предоставлялось право «использовать для этой работы хозяйственные органы» и ставился ряд задач по проведению «систематической борьбы: с посредничеством, комиссионными, совместительством, выдачей всяких мандатов». Для обеспечения этого предлагалось «мобилизовать бывших чекистов и часть хозяйственников… для работы по борьбе со взяточничеством» и «оформить юридически право ГПУ вести предварительное дознание и следствие по экономическим делам». Для объединения усилий по борьбе со взяточничеством при Совете Труда и Обороны РСФСР (СТО) была создана специальная комиссия, которой вменялась в обязанность организация усиления антикоррупционных государственных мер репрессивного, законодательного, контрольно-ревизионного, организационного и общего характера. «Техническим» аппаратом этой комиссии — по сути межведомственного антикоррупционного координирующего (руководящего) органа в стране — стало ЭКУ, задачей которого было усиление совместно с Транспортным и Особым отделами (в центре и на местах) деятельности секретно-агентурного аппарата. Для этого, наряду с другим, предписывалось «ввести в очаги взяточничества секретных агентов» с заданием выявления «лиц, преимущественно крупных, берущих, дающих, посредничествующих в деле взятки и знающих об этом» и др. Для улучшения и систематизации сбора, контроля и учета деятельности государственных, частных предприятий и учреждений, «нарушающих экономические интересы Республики», а также выявления органами ЭКУ виновных в этом лиц приказом ГПУ было предписано организовать учет «экономически неблагонадежных предприятий».