Вскоре после этой победы он получил от Директории предложение, настолько оскорбительное, что рисковал своей карьерой, отвечая на него. Эти пять человек, наслаждавшиеся торжествами, с которыми Париж принял известие о достижениях Наполеона, сообщили ему (7 мая), что его армия теперь должна быть разделена на две части; одна должна быть передана под командование генерала Франсуа-Этьена Келлермана (сына победителя при Вальми), и ей поручалось защищать французов в Северной Италии от австрийских атак; другая, под командованием Бонапарта, должна была идти на юг и взять под французский контроль Папские государства и Неаполитанское королевство. Наполеон видел в этом не только личную обиду, но и кардинальную стратегическую ошибку: мало того, что нападение на папство воспламенит всех католиков Европы, включая Францию, против революции, так еще и католическая Австрия уже готовилась послать мощные силы под командованием опытного фельдмаршала графа Дагоберта фон Вурмзера, чтобы загнать его обратно во Францию. Он ответил, что для сохранения завоеваний Итальянской армии потребуется ее объединенная и пополненная сила, что успешно руководить ею может только неразделенное командование, что поэтому он уступит свое место генералу Келлерману и предложит ему подать в отставку.
Директория получила это послание вместе с сообщениями о последних военных и дипломатических успехах Наполеона. Молодой генерал, гордый победой и чувствующий, что далекие политики не в состоянии, как он, заключать договоры в зависимости от ресурсов противника и состояния французской армии, взял на себя право заключать мир и войну, а также определять цену, которую должен заплатить каждый итальянский город или государство, чтобы пользоваться защитой, а не страдать от алчности своих войск. Так, после триумфального вступления в Милан (15 мая 1796 года) он заключил перемирие с герцогом Пармским, герцогом Моденским и королем Неаполя, гарантировав им мир с Францией и защиту от Австрии, и указал, какие пожертвования каждое из этих княжеств должно заплатить за эту благосклонную дружбу. Они выплачивали мучительные суммы и с мрачным бессилием переносили кражу шедевров искусства из своих галерей, дворцов и общественных площадей.
Милан радушно принял его. Почти столетие он жаждал свободы от австрийского владычества, и этот молодой военачальник был необычайно любезен для завоевателя. Он был благосклонен к итальянской речи и манерам, ценил итальянских женщин, музыку и искусство; они не сразу поняли, как высоко он ценит итальянское искусство. В любом случае, разве он не был, за исключением месяца или около того, итальянцем? Он зримо собирал вокруг себя итальянских художников, поэтов, историков, философов, ученых и оживленно общался с ними; на какое-то время он казался Лодовико Сфорца и Леонардо да Винчи, возрожденными и слитыми воедино. Что может быть очаровательнее его письма к астроному Барнабе Ориани?
Ученые люди в Милане не пользовались заслуженным вниманием. Спрятавшись в своих лабораториях, они считали себя счастливыми, если короли и священники не причиняли им вреда. Теперь это не так. В Италии мысль стала свободной. Нет больше ни инквизиции, ни нетерпимости, ни тирании. Я приглашаю всех ученых людей собраться вместе и сказать мне, какие методы следует принять или какие потребности удовлетворить, чтобы дать наукам и изящным искусствам новую жизнь…. Молю вас передать эти чувства от моего имени выдающимся ученым людям, живущим в Милане.50
Наполеон включил Милан и другие города в Ломбардскую республику, граждане которой должны были разделить с французами свободу, равенство, братство и налоги. В прокламации к новым гражданам (19 мая 1796 года) он объяснил, что, поскольку освободительная армия заплатила высокую цену за освобождение Ломбардии, освобожденные должны внести около двадцати миллионов франков на содержание его войск; это, конечно, небольшой взнос для такой плодородной страны; кроме того, налог должен «взиматься с богатых… и с церковных корпораций», чтобы пощадить бедных.51 Не столь широкую огласку вызвал отданный накануне приказ о том, что «за французской армией в Италии должен следовать агент, чтобы разыскать и передать Республике все предметы искусства, науки и так далее, которые находятся в завоеванных городах».52 Итальянцы могли отомстить только каламбуром: «Non tutti Francesi sono ladroni, ma buona parte» («Не все французы — грабители, но большая их часть»). Наполеон, однако, следовал примеру, поданному Конвентом и Директорией.