Это был сложный вопрос, ведь Фоме, во второй период его преподавания в Париже, приходилось не только бороться с аверроизмом, но и отвечать на нападки собратьев-монахов, которые не доверяли разуму и отвергали утверждение Фомы о том, что Аристотель может быть согласован с христианством. Джон Пекхэм, преемник Бонавентуры на францисканской кафедре философии в Париже, упрекал Фому в том, что он запятнал христианскую теологию философией язычника. Томас, как позже сообщал Пекхэм, стоял на своем, но отвечал "с большой мягкостью и смирением".57 Возможно, именно эти три года споров подорвали его жизненные силы.
В 1272 году он вернулся в Италию по просьбе Карла Анжуйского, чтобы реорганизовать Неаполитанский университет. В последние годы жизни он перестал писать, то ли из-за усталости, то ли из-за разочарования в диалектике и спорах. Когда один из друзей призвал его завершить "Сумму теологии", он сказал: "Я не могу; мне открылись такие вещи, что то, что я написал, кажется просто соломой".58 В 1274 году Григорий X призвал его присутствовать на Лионском соборе. Он отправился в долгий путь на мулах по Италии, но по дороге между Неаполем и Римом ослабел и лег в постель в цистерцианском монастыре Фоссануова в Кампанье. Там в 1274 году, когда ему было всего сорок девять лет, он и умер.
Когда его канонизировали, очевидцы свидетельствовали, что он "был мягкоречив, прост в общении, весел и добр лицом... великодушен в поведении, терпелив, благоразумен; сиял милосердием и кротким благочестием; удивительно сострадателен к бедным".59 Он был настолько полностью захвачен благочестием и учебой, что они заполняли все его мысли и мгновения бодрствования. Он посещал все молитвенные часы, каждое утро совершал одну мессу или слушал две, читал и писал, проповедовал и учил, и молился. Перед проповедью или лекцией, перед тем как сесть за изучение или сочинение, он молился; и его собратья-монахи считали, что "своими знаниями он был обязан не столько усилиям ума, сколько добродетели своей молитвы".60 На полях его рукописей мы то и дело находим благочестивые призывы вроде Ave Maria!61 Он настолько погрузился в религиозную и интеллектуальную жизнь, что почти не замечал, что происходит вокруг него. В трапезной его тарелку убирали и заменяли, не замечая этого; но, судя по всему, аппетит у него был отменный. Приглашенный вместе с другими священнослужителями на обед к Людовику IX, он погрузился в размышления во время трапезы; внезапно он ударил кулаком по столу и воскликнул: "Вот решающий аргумент против манихеев!". Настоятель упрекнул его: "Вы сидите за столом короля Франции"; но Людовик с королевской вежливостью велел слуге принести победоносному монаху письменные принадлежности.62 Тем не менее поглощенный святой мог с толком писать по многим вопросам практической жизни. Люди отмечали, как он умел приспособить свои проповеди либо к ученому уму своих собратьев-монахов, либо к простому интеллекту простых людей. Он не надувался, не предъявлял требований к жизни, не искал почестей, отказывался от продвижения по церковной службе. Его труды охватывают всю вселенную, но не содержат ни одного нескромного слова. В них он сталкивается с любыми аргументами против своей веры и отвечает на них вежливо и спокойно.
Улучшив обычай своего времени, он сделал явные признания своих интеллектуальных заимствований. Он цитирует Авиценну, аль-Газали, Аверроэса, Исаака Израильского, Ибн Габироля и Маймонида; очевидно, что ни один студент не сможет понять схоластическую философию XIII века, не рассмотрев ее мусульманские и еврейские предшественники. Томас не разделяет привязанности Вильгельма Овернского к "Авицеброну", но с большим уважением относится к "рабби Мойсесу", как он называет Моисея бен Маймона. Он следует Маймониду в том, что разум и религия могут быть согласованы, но также и в том, что некоторые тайны веры находятся за пределами понимания разума; и он приводит аргументы в пользу этого исключения, приведенные в "Путеводителе для недоумевающих".63 Он согласен с Маймонидом в том, что человеческий интеллект может доказать существование Бога, но никогда не сможет подняться до познания Его атрибутов; и он следует за Маймонидом в обсуждении вопроса о вечности Вселенной.64* В логике и метафизике он берет Аристотеля в качестве своего проводника и цитирует его почти на каждой странице; но он не колеблясь расходится с ним везде, где философ отклоняется от христианской доктрины. Признав, что Троица, Воплощение, Искупление и Страшный суд не могут быть доказаны разумом, он по всем остальным пунктам принимает разум с такой полнотой и готовностью, которая шокировала последователей Августина. Он был мистиком в той мере, в какой признавал превосходство некоторых христианских догм, и разделял мистическое стремление к единению с Богом; но он был "интеллектуалистом" в том смысле, что предпочитал интеллект "сердцу" как орган для постижения истины. Он видел, что в Европе наступает век Разума, и считал, что христианский философ должен встретить новое настроение на его собственной почве. Свои рассуждения он предварял ссылками на авторитеты Писания и патристики, но при этом с язвительной прямотой заявлял: Locus ab auctoritate est infirmissimus - "аргумент от авторитета - самый слабый".66 "Изучение философии, - писал он, - направлено не просто на то, чтобы узнать, что думали другие, а на то, что является истиной в этом вопросе".67 Его труды соперничают с трудами Аристотеля по целенаправленности логики.