Хирургия в этот период вела войну на два фронта - с одной стороны, против цирюльников, а с другой - против врачей общей практики. В течение долгого времени цирюльники ставили клизмы, вырывали зубы, лечили раны и пускали кровь. Хирурги, получившие формальное медицинское образование, протестовали против тонзурного исполнения подобных манипуляций, но закон защищал цирюльников на протяжении всего Средневековья. В Пруссии до времен Фридриха Великого бритье офицеров оставалось одной из обязанностей армейского хирурга.72 Отчасти из-за этого дублирования функций хирурги считались ниже врачей в науке и обществе; на них смотрели как на простых техников, подчиняющихся указаниям врача, который обычно, до XIII века, сам не практиковал хирургию.73 Хирургов также отпугивал страх перед тюремным заключением или смертью в случае неудачи; только самые смелые брались за опасные операции, и большинство хирургов, прежде чем приступить к операции, требовали письменной гарантии того, что в случае неудачи им не будет причинен вред.74
Тем не менее, в этот период хирургия развивалась быстрее, чем любая другая отрасль медицины, отчасти потому, что ей приходилось иметь дело с условиями, а не с теориями, отчасти благодаря обилию возможностей лечить раны солдат. Роджер из Салерно около 1170 года опубликовал "Практическую хирургию", самый ранний хирургический трактат на христианском Западе; в течение трех столетий он оставался классическим текстом. В 1238 году Фридрих II приказал, чтобы в Салерно каждые пять лет вскрывался труп ;75 Подобное вскрытие трупов стало регулярно практиковаться в Италии после 1275 года.76 В 1286 году врач из Кремоны вскрыл труп, чтобы изучить причину эпидемии; это первый известный случай посмертного вскрытия. В 1266 году Теодорико Боргоньони, епископ Червии, начал долгую борьбу итальянской медицины против арабского представления о том, что при лечении ран необходимо сначала стимулировать нагноение; его рассуждения об асептическом лечении являются классикой средневековой медицины. Гульельмо Саличетти-Вильям из Саличето (1210-77), профессор медицины в Болонье, внес заметные улучшения в свою "Хирургию" (1275); в ней хирургическая диагностика связывалась со знанием внутренних болезней, использовались тщательные клинические записи, было показано, как сшивать разделенные нервы, и пропагандировался нож - как позволяющий лучше заживать и оставлять меньше шрамов - в предпочтение к каутеризации, столь популярной у мусульманских врачей. В общем трактате "Сумма сохранения и лечения" Уильям приписал шанкр и бубон половому акту с зараженной куртизанкой, дал классическое описание водянки как следствия затвердения и сужения почек и предложил прекрасные советы по гигиене и диете для каждого возраста жизни.
Его ученики Анри де Мондевиль (1260?-1320) и Гвидо Ланфранки (ум. 1315) привезли во Францию медицинские знания из Болоньи. Как и Теодорико, де Мондевиль усовершенствовал асептику, выступая за возвращение к методу Гиппократа, заключавшемуся в соблюдении простой чистоты в ране. Ланфранки, изгнанный из Милана в 1290 году, отправился в Лион и Париж и написал "Chirurgia magna", которая стала признанным текстом по хирургии в Парижском университете. Он сформулировал принцип, который спас хирургию от цирюльничества: "Никто не может быть хорошим врачом, если он невежественен в хирургии; и никто не может правильно проводить операции, если он не знает медицины".77 Ланфранки первым применил невротомию при столбняке и интубацию пищевода, а также дал первое хирургическое описание сотрясения мозга. Его глава о травмах головы - одна из вершин в истории медицины.