Последнее слово Бэкона - не за наукой, а за религией; только с помощью морали, поддерживаемой религией, человек может спасти себя. Но какой должна быть эта религия? Он рассказывает о парламенте религий - буддийской, магометанской, христианской, - который, по сообщению Вильгельма Рубрука, состоялся в Каракоруме по предложению и под председательством Мангу-хана.123 Он сравнивает три религии и делает вывод в пользу христианства, но без чисто теологического представления о его функции в мире. Он считает, что папство, несмотря на критику Гроссетесте, является моральной связью Европы, которая без него превратилась бы в хаос столкновения верований и оружия; он стремится укрепить Церковь науками, языками и философией для ее лучшего духовного управления миром.124 Он закончил свою книгу, как и начал ее, горячим исповеданием верности Церкви и завершил прославлением Евхаристии, как бы говоря, что если человек не будет искать периодического общения со своим высшим идеалом, он погибнет в пожаре мира.
Возможно, то, что папы никак не отреагировали на программу и призывы Бэкона, омрачило его дух и озлобило его перо. В 1271 году он опубликовал незаконченный "Compendium studii philosophiae", который мало что сделал для философии , но много для odium theologicum, раздиравшего школы. Он подвел итог утихающим дебатам между реализмом и номинализмом: "универсалия есть не что иное, как сходство нескольких индивидов", а "один индивид обладает большей реальностью, чем все универсалии вместе взятые".125 Он принял доктрину Августина о "семеричной рациональности" (rationes seminales) и пришел к мнению, согласно которому усилия всех вещей, направленные на самосовершенствование, порождают длинный ряд событий.126 Он принял аристотелевскую концепцию активного интеллекта или космического разума, "вливающегося в наши умы и освещающего их", и опасно приблизился к аверроистскому пантеизму.127
Но его время потрясли не столько его философские идеи, сколько его нападки на соперников и нравы эпохи. В "Compendium philosophiae" под его удар попали почти все сферы жизни XIII века: беспорядок папского двора, вырождение монашеских орденов, невежество духовенства, тупость проповедей, проступки студентов, грехи университетов, ветреное словоблудие философов. В "Трактате об ошибках медицины" он перечислил "тридцать шесть великих и радикальных недостатков" в медицинской теории и практике своего времени. В 1271 году он написал отрывок, который может склонить нас с большей благосклонностью относиться к недостаткам нашего века:
В наши дни царит больше грехов, чем в любой прошлый век... Святой Престол раздирается обманом и мошенничеством неправедных людей..... Гордость царит, любостяжание сжигает, зависть гложет всех; вся курия опозорена развратом, а чревоугодие - владыка всех..... Если так обстоит дело с главой, то что же делается среди членов? Посмотрим на прелатов, как они гонятся за деньгами, пренебрегают заботой о душах, способствуют своим племянникам и другим плотским друзьям, а также хитрым адвокатам, которые разоряют всех своими советами..... Рассмотрим религиозные ордена; я не исключаю ни одного из них из того, что говорю; посмотрите, как далеко они отпали, все и каждый, от своего правильного состояния; а новые ордена [монахов] уже ужасно обветшали от своего первоначального достоинства. Все духовенство погрязло в гордыне, разврате и скупости; и где бы ни собирались вместе клирики [студенты]... они скандалят с мирянами своими войнами, ссорами и прочими пороками. Князья, бароны и рыцари притесняют друг друга и досаждают своим подданным бесконечными войнами и поборами..... Народ, притесняемый своими князьями, ненавидит их и не хранит верности иначе как по принуждению; развращенный дурным примером своих ставленников, он угнетает, обходит и обманывает друг друга, как мы видим повсюду своими глазами; он полностью предается разврату и чревоугодию и более развратен, чем может рассказать язык. О купцах и ремесленниках не может быть и речи, ибо в их словах и делах безраздельно царят мошенничество, обман и коварство..... Древние философы, хотя и не имели той животворящей благодати, которая делает человека достойным вечной жизни, жили несравненно лучше нас, как в приличии, так и в презрении к миру со всеми его прелестями, богатствами и почестями, как все могут прочитать в трудах Аристотеля, Сенеки, Талли, Авиценны, аль-Фараби, Платона, Сократа и других; и так они достигли тайн мудрости и узнали все знания. Но мы, христиане, не открыли ничего достойного этих философов и даже не можем понять их мудрости; это наше невежество происходит оттого, что наши нравы хуже, чем у них..... Среди мудрых людей нет сомнений в том, что Церковь должна быть очищена.128