Для другої спроби було вибрано скромніше знаряддя — молода людина скромного вигляду, якого навіть прихильники Реформації прийняли досить холодно. Що міг зробити цей юнак там, де відкинули навіть Фареля? Як несміливий і малодосвідчений проповідник вистоїть перед бурями, що змусили відступити таких сильних і відважних мужів? “Не силою й не міццю, але тільки Моїм Духом, говорить Господь Саваот” (Захарії 4:6). “Але Бог вибрав немудре світу, щоб засоромити мудрих, і немічне світу Бог вибрав, щоб засоромити сильне... Тому що немудре Боже — розумніше від людей, а немічне Боже — сильніше людей!” (1 Коринтянам 1:27, 25).
Фромен розпочав свою працю як шкільний учитель. Істини, які він викладав, діти повторювали вдома. Невдовзі почали приходити і батьки, щоб послухати тлумачення Біблії, і поступово клас заповнився уважними слухачами. Новий Завіт і трактати, досить широко розповсюджені тоді, читали й ті, у кого не було відваги прийти послухати нове вчення. Однак через деякий час і цей проповідник змушений був втікати, хоч істини, яких він навчав, пустили глибоке коріння в свідомості людей. Насіння Реформації було посіяне, і вона продовжувала набирати сили й поширюватися. Проповідники знову повернулись у місто, і завдяки їхнім зусиллям у церквах Женеви стали відправляти протестантські богослужіння.
Коли Кальвін після тривалих поневірянь і злигоднів увійшов у міські ворота, Женева вже прийняла Реформацію. Повертаючись з рідних місць до Базеля, він побачив, що дорога зайнята військами Карла V, тому змушений був піти обхідним шляхом — через Женеву.
У приїзді Кальвіна до Женеви Фарель побачив руку Божу; хоч місто й прийняло реформаторську віру, проте залишалося ще чимало праці. Люди навертаються до Бога не громадами, а кожний зокрема, бо процес відродження повинен здійснитися в серці й свідомості людини не за постановою соборів, а Духом Святим. Хоч мешканці Женеви відкинули авторитет Рима, але вони ще не були готові відмовитися від пороків, які вкорінилися за його правління. Заснувати тут чисті принципи Євангелія і приготувати народ, щоб він гідно зайняв становище, до якого його кличе Боже Провидіння, — це нелегка справа.
Фарель був переконаний, що в Кальвіні він знайшов такого співпрацівника, з яким може об'єднатися в цій справі. В Ім'я Бога він благав молодого євангеліста залишитися і працювати в Женеві. Кальвін же злякався такої пропозиції. Боязкий і миролюбний, він боявся відважних, незалежних і гарячих мешканців Женеви. Його слабке здоров'я і схильність до дослідження змушували його завжди шукати усамітнення. Він уважав, що своїм пером зможе краще послужити справі Реформації, і тому хотів знайти спокійне місце для дослідницької праці, щоб звідти через друковане слово наставляти й утверджувати церкву. Але урочистий заклик Фареля був для нього голосом з небес, якому він не насмілювався відмовити. Йому здавалося, що “Бог простягнув до нього Свою руку з неба і поставив його на те місце, котре він так поспішно хотів залишити” (D'Aubigne. History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin. V.9. Ch.17).
В цей час справі протестантизму загрожувала велика небезпека. На Женеву звалились папські анафеми, і могутні держави загрожували їй знищенням. Як могло це невелике місто опиратися могутньому папству, котре примушувало підкоритися королів та імператорів? Як вистояти місту перед об'єднаними арміями видатних полководців?
В усьому християнському світі протестантам погрожували страшні вороги. Минув час перших перемог Реформації. Рим зібрав нові сили, сподіваючись остаточно знищити її. Саме тоді був заснований єзуїтський орден, один з найжорстокіших, найпідступніших і найнеперебірливіших у засобах прибічників папства. Вільні від будь-яких земних прихильностей та інтересів, глухі до проявів природних почуттів і бажань, без совісті та розуму, єзуїти не визнавали жодної іншої влади, жодних зв'язків, окрім служіння своєму чину і поширенню його впливу. Однак Євангеліє Христа зробило своїх прихильників здатними гідно зустрічати всяку небезпеку, зносити страждання, не лякаючись холоду, голоду, тяжкої праці, нестатків, і високо тримати прапор істини перед тортурами, в'язницями і ешафотами. Щоб здолати ці сили, єзуїти виховували своїх послідовників у дусі фанатизму, який допомагав їм зносити аналогічні труднощі й протидіяти істині всіма засобами омани і заблудження. Не існувало таких злочинів, яких єзуїти не могли б скоїти; найпідступніший обман не був для них огидним; ніяка облуда не становила для них труднощів, щоб використати її. Зв'язані присягою вічного убозтва і послуху, вони все ж прагнули багатства і влади, щоб використати їх для знищення протестантизму і відновлення папського панування.
Як члени чернечого ордену, вони з побожним виглядом відвідували тюрми і лікарні, допомагали бідним і хворим, підкреслюючи свою відчуженість від світу і нагадуючи, що вони носять святе Ім'я Ісуса, Котрий ходив і робив добро. Але під зовнішнім благочестям часто приховувалися страшні та злочинні наміри. Члени ордену керувалися головним принципом: мета виправдовує засоби. Згідно з ним обман, крадіжка, фальшива присяга, вбивство не тільки виправдовувалися, а й заохочувалися, якщо служили інтересам церкви. Удаючись до всяких хитрощів, єзуїти прокладали собі дорогу до відповідальних державних постів, ставали королівськими радниками і керували політикою. Вони йшли в слуги, щоб наглядати за своїми господарями і доносити на них. Вони засновували коледжі, де навчалися діти князів і дворян, а також відкривали школи для дітей простолюду. І таким чином діти протестантів потрапляли під вплив папських обрядів. Уся зовнішня пишність і театралізованість римське-католицького культу мала служити тому, щоб викликати збентеження розуму, засліпити і поневолити уяву. Таким чином сини нерідко зраджували релігійну свободу, за яку їхні батьки боролися і проливали кров. Орден єзуїтів швидко розповсюдився по всій Європі, і там, де з'являлися єзуїти, відроджувалося папство.
Щоб дати більше влади єзуїтам, папа видав буллу, якою відновлювалася інквізиція. Незважаючи на загальну огиду до інквізиції навіть у католицьких країнах, цей страшний трибунал був знову введений папською ієрархією, а в його таємних підземеллях повторювалися жахливі звірства, котрі не можуть витримати світла дня. У багатьох країнах тисячі тисяч людей, що були цвітом нації, — найблагородніші й бездоганніші, наймудріші й найосвіченіші, богобоязливі та віддані пастори, працелюбні й патріотичні громадяни, видатні вчені, талановиті художники і здібні ремісники, — були вбиті або змушені втікати до інших країн.
Такими засобами Рим намагався погасити світло Реформації, відібрати від народу Біблію, повернути його до неуцтва і забобонності темного Середньовіччя. Але завдяки піклуванню Божому і праці благочестивих мужів, яких Бог покликав йти слідами Лютера, протестантизм не був знищений. Своєю життєстверджуючою силою він зобов'язаний не прихильності чи зброї князів. Найменші країни і найсмиренніші народи ставали його твердинею. Такою була й маленька Женева в оточенні могутніх ворогів, котрі мали намір знищити її; такою була Голландія, що відважно боролася на піщаних берегах Північного моря з іспанською тиранією — найбільшим і найбагатшим на той час королівством. Такою ж була холодна і неродюча Швеція, в якій перемогла Реформація.
Майже 30 років Кальвін працював у Женеві, щоб заснувати в ній церкву, котра керувалася б тільки біблійною мораллю, а потім для поширення Реформації в Європі. Його громадська діяльність не була вільна від помилок так само, як і його вчення не було без вад. Але Кальвін став знаряддям поширення істин, які мали велике значення для його часу; знаряддям для захисту принципів протестантизму перед лицем швидкого відновлення колишньої величі папства; знаряддям для виховання в реформованих церквах чистоти і простоти замість пихи і зіпсутості римської церкви.