После гибели Сергея Александровича она всю свою жизнь направила на молитву и служение людям. Она писала в год организации Марфо-Мариинской обители А. Н. Нарышкиной, с которой раньше много общалась по делам благотворительности: «Если бы Вы знали, до какой степени я чувствую себя недостойной этого безмерного счастья, ибо, когда Бог даст здоровье и возможность работать на Него, это и есть счастье… люди, страдающие от нищеты… должны получать хотя бы немного христианской любви и милосердия — это меня всегда волновало, а теперь стало целью моей жизни. Говорят, что есть люди, которые хотят уйти из мирской жизни, покинуть ее, я же, наоборот, хочу войти в нее… У меня нет ни ума, на таланта — ничего у меня нет, кроме любви к Христу… Я не покидаю тех, кому я нужна, кого знала до того, как начала это новое дело; есть обязанности, отношения, которые не должны от этого пострадать…»
Среди тех людей и дел, кого она не покидала, были прежде всего царь Николай и его семья, а также Императорское Православное Палестинское Общество и проблемы Святой Земли. Она с глубокой ответственностью приняла огромный груз Палестинского общества на себя и несла его до самого конца. Проблемы семьи императора усложнились с появлением Григория Распутина, которого Елисавета Феодоровна воспринимала как зло и беду, и, сколько могла, пыталась устранить его от двора. Убийство Распутина она расценила как «патриотический акт» и после этого сделала последнюю попытку открыть Николаю II глаза на грозные признаки предсмертной агонии власти царя и правительства. Она писала в своем последнем письме императору:
«Слова св. Жанны д’Арк: „Если я унываю от того, что не могу своей верой разжечь сердца других, я удаляюсь и молюсь в уединении… И в конце молитвы я слышу Его голос: `Дерзай, Дщерь! Я не оставлю тебя — дерзай!`. И когда я слышу этот Голос, я испытываю великую радость…“.
Читая эти святые слова, вселяющие мужество, я позволю себе смиренно обратиться к тебе, дорогой мой Ники. Я не могу понять твое молчание — ту стену молчания, которой все вы, мои дорогие, меня окружили. Когда я писала тебе раньше, что чувствую, пусть даже в слишком сильных выражениях, ты снисходительно отвечал на мои письма… Я высказала Аликс все свои опасения, ту муку, которая переполняет мое сердце. Кажется, огромные волны вот-вот настигнут всех нас, и в отчаянии я бросилась к вам, к тем, кого я так искренне люблю, чтобы предупредить вас — люди всех сословий, от высших до низших, даже те, кто находится на фронте, находятся в полном недоумении… Она не позволила мне поговорить с тобой, поэтому я тебе написала, и я уехала с очень печальным чувством, удастся ли нам свидеться вновь; ведь мы стоим на пороге величайшей драмы, величайших страданий.
…О, если бы ты знал, как все слезно молят Бога, чтобы Он просветил тебя. О, Ники, дорогой! Взгляни на вещи, как они есть, о поверь мне, слабой, ничтожной, смиренной, но верной твоей подданной, что я говорю тебе правду. О, если бы преподобный Серафим мог прийти к тебе и своими святыми словами наставить тебя к благоденствию твоей страны, Церкви и дома.
…Пусть в Новом 1917-м году тучи рассеются и воссияет солнце над всеми любимой Россией, а победы — внутренние и внешние — принесут вожделенный мир тебе, нашему возлюбленному Государю, всем-всем твоим подданным, и мне в их числе. Да благословит тебя Господь… Твоя верная сестра Элла». (29 декабря, 1916 г.)
Кто же был ее опорой после гибели Сергея Александровича? С ней рядом были те, которые приближались в подвиге служения Богу и людям к высоте ее самоотвержения. Из помощников Сергея Александровича при ней остались М. Степанов, барон Менгден, и Н. Аничков, ставший вице-президентом Императорского Православного Палестинского Общества. Еще при Сергее Александровиче он создавал и поддерживал сеть многих десятков школ для бедствующих православных арабов на Святой Земле. Это огромное дело, непосильное для Императорского Православного Палестинского Общества, надо было передать в ведение и на попечение российского правительства. Сделать это удалось Елисавете Феодоровне и Аничкову лишь в 1916 г. при напряжении всех сил и за счет здоровья — Аничков полностью ослеп и вскоре умер, оставив без материального обеспечения жену и пятерых детей. Его неизменным девизом было: «Да возвеличится Россия и да погибнут [будут забыты] наши имена».
Как уже говорилось выше, начало XX в. в жизни Русской Православной Церкви и Российской империи характеризуется наличием антицерковных и антигосударственных течений в обществе: явным сочувствием сектантству, социализму и атеизму значительной части интеллигенции, студенчества и либеральных общественных деятелей. Антиправославные течения захватили простой народ, отрывая его от Церкви. В результате основным направлением духовного просвещения Русской Православной Церкви в этот период становится не столько обращение к православию язычников, иноверцев, инославных, сколько борьба за сам православный народ против нахлынувших антицерковных течений, а также проповедь к отпавшим от нее. Последнее направление в церковных и государственных документах начала XX в. получило название «внутренняя миссия».