В таком виде войска Особой группы при наркоме внутренних дел Лаврентии Берии просуществовали недолго.
Первое переформирование подразделения произошло уже 6 июля 1941 года. При Особой группе при наркоме внутренних дел Лаврентии Берии была сформирована 1-я бригада в составе четырех батальонов. В каждом батальоне по три отряда, в каждом отряде по три группы, в каждой группе три звена.
1-й батальон состоял из личного состава слушателей учебных заведений НКВД СССР и НКГБ СССР;
2-й батальон был укомплектован посланцами Коминтерна — эмигрантами-антифашистами (испанцами, болгарами, немцами, австрийцами, чехами и др.), костяк которых составляли бывшие бойцы и командиры интернациональных бригад, сражавшихся в Испании с франкистским режимом;
3-й и 4-й батальоны — добровольцы из числа представителей рабочей молодежи, а также спортсменов — преподавателей и студентов Центрального государственного ордена Ленина института физической культуры и воспитанников всех без исключения добровольных спортивных обществ столицы.
В соответствии с приказами по Особой группе № 2 от 14 июля и № 7 от 16 июля 1941 года была сформирована 2-я бригада в составе 3 батальонов и саперной роты.
1-й батальон состоял из сотрудников органов госбезопасности и внутренних дел (в т. ч. милиции и пожарной охраны), прибывших из оккупированных немцами республик Прибалтики, западных областей Украины и Крыма.
2-й и 3-й батальоны — из комсомольцев, направленных ЦК ВЛКСМ. Так как большинство комсомольцев Москвы уже было мобилизовано в действующую армию, то 4 сентября 1941 года ЦК ВЛКСМ принял постановление «О мобилизации комсомольцев на службу в войска Особой группы при НКВД СССР». Эта вынужденная мера позволила провести так называемую комсомольскую разверстку уже не только в Москве, но и на территории не менее чем четырнадцати областей РСФСР. Ее результат — в ряды будущих диверсантов-разведчиков добровольно влились еще «800 городских и сельских комсомольцев».
Бригада дислоцировалась на стрельбище ОСОАВИАХИМа (Общество содействия армии и флоту, авиационному и химическому строительству) в Мытищах, а с 31 августа 1941 года в подмосковном городе Пушкине.
Командиром 1-й бригады со 2 августа 1941 года стал полковник Михаил Орлов, командиром 2-й бригады был назначен подполковник Н. Е. Рохлин, бывший до этого преподавателем военных дисциплин Высшей школы войск НКВД. Приказом № 16 от 5 августа 1941 года начальником штаба особой группы был назначен полковник Михаил Орлов. После этого командиром 1-й бригады стал подполковник Н. Е. Рохлин, а командиром 2-й бригады майор Сергей Вячеславович Иванов. Комиссаром 2-й бригады стал лейтенант госбезопасности Сергей Стехов, начальником разведотделения 2-й бригады — старший лейтенант Михаил Прудников.
Приказом № 22 от 16 августа зам. начальника штаба особой группы стал полковник Иван Третьяков (до этого начальник отделения отдела боевой подготовки ГУ МПВО НКВД).
Приказом НКВД СССР № 00 481 от 5 октября 1941 года войска Особой группы при наркоме внутренних дел Лаврентии Берии были переформированы в отдельную мотострелковую бригаду особого назначения (ОМСБОН) войск НКВД, состоящую из двух мотострелковых полков и отдельных подразделений. При этом 1-я бригада была переформирована в 1-й полк, а 2-я бригада — во 2-й полк. В штат бригады была введена школа младшего начсостава и специалистов.
Одним полком командовал бывший начальник штаба — Вячеслав Гриднев, а другим — майор А. К. Самцев. Командиром ОМСБОНа руководство НКВД СССР назначило полковника Михаила Орлова.
ОМСБОН был универсальным подразделением; снова процитируем строки из документа, хранящегося в Российском государственном военном архиве: «Боевая деятельность ОМСБОН на фронте началась в октябре 1941 года. В течение 1941–1943 гг. бойцами ОМСБОН выполнялись следующие задачи:
оперативно-боевые на фронте, ведя общевойсковые бои под Москвой,
специальные задачи на фронте по устройству инженерных заграждений или снятию их (противопехотных и противотанковых препятствий) на дальних и ближних подступах к Москве, Кавказскому хребту (1941–1943),
спецзадачи по разминированию оборонных объектов государственной важности (мосты, предприятия, электростанции, железнодорожные сооружения, правительственные здания) в Москве, Харькове, Киеве, Гомеле, Смоленске, Туле, Курске, Вязьме, Калуге, Сталинграде, Грозном, Майкопе, Моздоке, Краснодаре, Орджоникидзе (ныне Владикавказ) и в Крыму (1941–1943),
оперативно-боевые задачи по обеспечению государственной безопасности страны,