Правдами и неправдами Годунов достиг высшей власти. Он оказался талантливым правителем и многое сделал для страны, порой опережая своё время. Он снизил непомерно выросшие при Иване Грозном налоги, стремился ликвидировать белые (не платившие налогов) частновладельческие слободы и дворы в городах, основал главный порт допетровской России — Архангельск. Началось строительство городов-крепостей на южных и юго-восточных границах: Воронежа, Ливен, Ельца, Белгорода, Оскола, Самары, Уфы, Саратова, Царицына. Развернулось освоение Сибири: была основана её столица Тобольск и к началу XVII века окончательно разгромлен хан Кучум. С иранским шахом Аббасом I заключили союз, в 1588 году в устье Терека появилась первая русская крепость на Северном Кавказе.
Первым из русских Борис просватал дочь за датского принца и за сотню лет до Петра I стал приглашать в Россию иностранных специалистов: врачей, рудознатцев, военных. Он хотел основать в Москве университет и послал в Вену и Оксфорд дворянских «ребят» для изучения иностранных языков и прочих наук. В Москве были построены каменный мост через реку Неглинку, Лобное место на Красной площади для провозглашения государевых указов; закончено длившееся целый век возведение колокольни Ивана Великого в Кремле; появились укрепления в столице (Белый город на месте нынешнего Бульварного кольца) и Смоленский кремль. Но как бы ни старался Борис, он не был «природным» государем, а потому о соперниках не забывал. В 1600 году Романовы и их родня попали в опалу по обвинению в хранении неких «кореньев» и умысле на «государское здоровье». Фёдор Никитич, наиболее вероятный претендент на трон, был пострижен в монахи, та же участь постигла его жену, а дети, братья и остальные родственники отправились в ссылку. Четырёхлетний Миша был разлучён с родителями и жил на Белоозере с сестрой Татьяной и другими родичами под надзором тётки Анастасии Никитичны.
В отличие от Ивана Грозного, Годунов не устраивал кровавых шоу с казнями «изменников». У него был свой стиль: разосланные в отдалённые места оппоненты с помощью сопровождавших «приставов» тихо прощались с жизнью. Так произошло и с братьями Александром, Михаилом и Василием Романовыми. Больного Ивана Никитича царь помиловал, но Фёдор (теперь инок Филарет) сидел в заточении в Антониево-Сийском монастыре и переживал: «Милые де мои детки, маленки де бедные осталися; кому де их кормить и поить? Таково ли де им будет ныне, каково им при мне было? А жена де моя бедная, наудачу уже жива ли?»
На счастье отца, маленький Миша и его мать, инокиня Марфа, остались живы. В 1602 году царь Борис пожаловал «Фёдорову сестру Романова девку Настасью, да Александрову жену Романова, да Фёдоровых детей Романова, а велел им ехати с Белаозера жити в Юрьевской уезд, в Фёдоровскую вотчину Романова» — село Клины. Главного же «государева изменника старца Филарета Романова» по-прежнему надлежало держать «в бережении» в монастыре, никого к нему не допуская. Казалось, звезда боярского рода навсегда закатилась. Ещё десяток спокойных лет — и новая династия окрепла бы. Молодые Романовы, лишённые почётного положения в московской иерархии, жили «в великой скудости и в долгу»; юному Михаилу пришлось бы тянуть служебную лямку в качестве второстепенного слуги «государева двора».
Великая Смута
Полоса успехов Годунова была прервана страшным голодом. Лето 1601 года выдалось холодным и сырым, уже в начале сентября выпал снег, и крестьяне смогли собрать лишь малую часть урожая — «зяблую» и недозревшую рожь. Правительство уже в ноябре издало указ о возобновлении крестьянского выхода, запрещённого в 1592/93 году. Мужикам разрешалось уходить от бесхлебных провинциальных дворян, но не позволялось покидать монастыри, дворцовые имения и владения богатых московских дворян. Борис понимал, что крестьяне мелких провинциальных помещиков не имеют запасов и им грозит голод.
Голод 1601—1603 годов начался из-за проливных дождей и ранних морозов. На следующий год заморозки побили посевы. Люди погибали по всей стране. Голландский купец Исаак Масса свидетельствовал: «...матери ели своих детей... ели также мякину, кошек и собак... И на всех дорогах лежали люди, помершие от голода, и тела их пожирали волки и лисицы...»
Годунов распорядился выдавать милостыню, и в столицу со всех сторон повалили люди. Запасы казны быстро иссякли, голодающие умирали на улицах. С осени 1602 года «разбоями» были охвачены многие районы страны. Виновных хватали на месте преступления и сжигали заживо либо топили в воде; в 1603 году было восстановлено — на этот раз окончательно — крепостное право. Последствия голода и колебаний правительственного курса стали гибельными для Годунова. В глазах знати Борис всегда был худородным выскочкой; теперь же он оказался «плохим» царём и для служилых, и для крестьян. Природные бедствия воспринимались людьми как наказание стране, оказавшейся под властью грешного и «неистинного» правителя.