В Цюрихе семьи Вильштеттера и Вернер сблизились, они часто проводили вместе вечера. К ним нередко присоединялся и Артур Штолль.
Семья Вильштеттеров занимала скромную виллу, расположенную почти на вершине холма Цюрихберг. С веранды открывался великолепный вид на озеро, а из окна кабинета была видна поляна, на которой обычно играли дети. Их было уже двое — Людвиг и Маргарита. Заботы о детях целиком захватили Софью. Она совсем не думала ни о себе, ни о муже. Летом 1908 года семью Вильштеттера постигло несчастье: Софья умерла от нераспознанного вовремя аппендицита. Все заботы о семье взяла на себя их экономка Эльза, бывшая уже несколько лет преданным другом семьи.
Несмотря на тяжелое испытание, выпавшее в это время на его долю, Вильштеттер продолжал плодотворные исследования. Его сотрудникам удалось наконец получить чистый хлорофилл, был установлен его химический состав. Это был уже значительный успех.
Получив образующиеся при распаде хлорофилла продукты, можно было составить первое, хотя еще и неполное представление о строении этого вещества. Исследования красящего пигмента крови — гемоглобина, проведенные позднее, показали, что между этими двумя веществами существует большое сходство, несмотря на то что гемоглобин — комплексное соединение железа, а хлорофилл — соединение магния.
Систематические исследования красителя анилинового черного, который получается при окислении анилина, дали возможность не только выделить ряд промежуточных продуктов, но и выяснить строение их молекул. Вслед за статьей Вильштеттера о структуре анилинового черного появились сообщения о хинонах, методах получения и очистки каротиноидов — окрашенных в желтый цвет веществ, сопутствующих хлорофиллу и содержащихся в больших количествах в моркови. Теперь Вильштеттер обратился к другой группе соединений — красящим веществам, содержащимся в плодах и цветах. Он давно собирался заняться их исследованием, но все как-то не доходила очередь, поскольку и он сам, и его сотрудники еще были заняты завершением прежней работы.
…Оставалась неделя до конца летнего семестра 1911 года. Вильштеттер направлялся в Политехнический институт. Каждый раз, проходя по двору, он останавливался полюбоваться розами. Распускающиеся по утрам бутоны — самые красивые. Вильштеттер сорвал распустившуюся розу и направился в лабораторию с намерением начать задуманное исследование.
Даже слабое нагревание в водно-спиртовом растворе привело к почти полному извлечению из лепестков розы красителя. Вильштеттер разлил водно-спиртовый экстракт в несколько пробирок и начал первые ориентировочные опыты. Кислоты не действовали на краситель, но аммиачный раствор и водные растворы щелочей изменяли его цвет от красного через все оттенки фиолетового до темно-синего.
Когда из окна донесся гудок автомобиля, Вильштеттер как раз взял новую пробу раствора, намереваясь приступить к следующему опыту. Но, взглянув в окно, он увидел Фишера и Дармштеттера, выходящих из автомобиля.
— «Это ко мне» — подумал Вильштеттер и вышел навстречу гостям.
— Я никак не могу согласиться с вашим отказом, — без обиняков начал Фишер. Несмотря на высокий пост, занимаемый в Берлинской Академии наук, Эмиль Фишер держался очень просто. Таким Вильштеттер помнил его еще со времен Мюнхена, где они работали вместе в лаборатории профессора Байера.
— Я бы принял ваше предложение, если бы место было хотя бы равнозначно профессорскому, — оправдывал свой отказ Вильштеттер.
— У вас будет должность заместителя директора Института, руководителем которого назначен профессор Бекманн. И самое главное, вы будете располагать свободным временем, вас избавят от чтения лекций, от работы со студентами. В вашем подчинении останутся только научные сотрудники. Институт кайзера Вильгельма — это, по сути дела, Академия наук, и вы будете ее действительным членом.
Условия действительно были весьма заманчивыми, и Вильштеттер дал согласие. Ему были необходимы три лаборатории для двенадцати сотрудников, помещения для подготовки опытов, для измерительной аппаратуры, для термостатов. Работа в новом здании Института должна была начаться осенью 1912 года.
Вильштеттер быстро завершил дела в Цюрихском политехническом институте и уехал в Берлин. Хотелось поскорее посмотреть Институт, да и необходимо было решить вопрос с квартирой. Институт располагался в пригородном районе Берлина — Далеме. Противоположная сторона улицы оставалась почти незастроенной. Профессор Габер купил Для себя участок напротив здания института, и его вилла уже строилась.
— Продается участок рядом с моим домом. Это место как раз для тебя. Будем соседями, — предложил Габер. Вильштеттеру понравилась эта идея.