Проявленное Лаперузом милосердие не было оценено в Париже, зато его не забыли в Англии. Поэтому, когда три года спустя он собрался в экспедицию на Тихий океан, англичане охотно согласились способствовать его научной миссии.
Французскому посреднику дали ознакомиться с картами и донесениями капитана Джеймса Кука, который в трех плаваниях но Тихому океану в 1768-1779 годах завоевал славу величайшего исследователя новых земель. Среди бумаг Кука были и 20 мелко исписанных страниц о профилактике и лечении цинги. Лаперуз явно кое-чему научился у Кука, и доказательством служит тот факт, что, насколько известно, в течение тех трех лет его экспедиции, о которых сохранились свидетельства, никто из его матросов не страдал от цинги.
Отплывая из Бреста в 1785 году, Лаперуз взял с собой две <магнитные стрелки> - компасы, совершившие кругосветное путешествие с капитаном Куком. Лаперуз получил их в дар от Королевского научного общества Великобритании и относился к ним как к реликвиям, то есть, как писал он сам, <с чувством, граничащим с почти что религиозным благоговением перед памятью этого великого и несравненного мореплавателя>.
К сентябрю 1787 года экспедиция снова оказалась в южных широтах. Чтобы пополнить запас пресной воды, сделали остановку на Тутуиле, ныне главном острове принадлежащего США Восточного Самоа. Вооруженные дубинами и камнями туземцы напали на баркасы и убили 12 человек, включая Флёрио де Лангля, капитана <Астролябии> и заместителя начальника экспедиции. 43 человека спаслись, хотя половина из них получила серьезные ранения. Французы поспешно ретировались и направились к восточному побережью Австралии.
Войдя в конце января 1788 года в залив Ботани, французы, к своему удивлению, встретили там британскую эскадру. Это был знаменитый Первый флот - семь судов, доставивших из Англии около 750 заключенных. Эти мужчины, женщины и дети основали в Австралии первую колонию. Лаперуз отправил с возвращавшимися домой англичанами письма и донесения: в одном из них он обещал вернуться на родину к июню 1789 года.
10 марта <Буссоль> и <Астролябия> покинули Австралию и взяли курс на северо-восток. Больше их никогда не видели. <Он бесследно исчез в безбрежном синем океане, - напишет о Лаиерузе шотландский эссеист Томас Карлейль, - и лишь скорбная, загадочная тень его долго не покидает наши умы и сердца>.
Неудачные поиски
К лету 1789 года от Лаперуза уже больше года не поступало сведений, но у Франции были более важные заботы, чем волнения по поводу пропавшей экспедиции. 14 июля толпы парижан штурмом взяли тюрьму Бастилию - то было начало революции, которая сотрясала страну до конца столетия и завершилась тем, что Наполеон Бонапарт провозгласил себя императором.
Лишь спустя два года французское правительство наконец что-то предприняло, объявив награду за любые сведения о пропавшей экспедиции Лаперуза и направив на ее поиски два корабля под командованием контр-адмирала Жозефа Антуана Брюни д’Антркасто. 25 сентября 1791 года они вышли из Бреста.
Прочесывая Тихий океан в поисках <Буссоли> и <Астролябии>, д’Антркасто сделал несколько научных и географических открытий. В мае 1793 года он подошел к острову Ваникоро из группы островов Санта-Крус к северо-востоку от Австралии.
Над несколькими возвышенностями на этом гористом, густо поросшем лесом острове экипаж заметил столбы дыма. Д’Антркасто был убежден, что нашел Лаперуза или по крайней мере остатки его экспедиции. Но после того, как его корабли чуть не сели на мель на коварных рифах, он был вынужден уйти, так и не послав на берег поисковый отряд. Потом адмирал заболел и через два месяца умер, а осенью того же года на Яве его корабли были захвачены голландцами: к тому времени революционная Франция уже воевала с Голландией и практически со всей остальной Европой. Больше французы не предпринимали попыток найти экспедицию Лаперуза.
Сорок лет спустя: первые свидетельства
В мае 1826 года ирландец по имени Питер Диллон, бороздивший южную часть Тихого океана в поисках выгодной торговли и приключений, сделал остановку на островке Тикопиа из группы островов Санта-Крус. Когда он спросил туземцев, откуда у них ожерелья из стеклянных бусин, те показали ему и другие предметы явно европейского происхождения: серебряные вилку и ложку, ножи, чайные чашки, железные болты и серебряную рукоять шпаги с буквами <J.F.G.P.>. Эти вещи, как выяснил Диллон, туземцы получили при меновой торговле от жителей острова Ваникоро, расположенного от Тикопиа в двух днях хода под парусом.