Сведения о боярском правлении сообщают летописи, которые были составлены, когда царь Иван достиг зрелого возраста. Летописцы исходили из того, что после смерти Василия III единственным законным носителем высшей власти в государстве был монарх, независимо от его возраста. Надо ли говорить, что власть находилась в руках бояр, правивших государством на основании закона, традиций и последней воли Василия III.
Боярская дума как учреждение окончательно сформировалась в конце XV в. при Иване III. При его малолетнем внуке «боярский синклит» стал выполнять функции высшего органа монархии впервые в полном объеме.
Борьба за власть в период боярского правления сосредоточилась на вопросе, кто будет осуществлять руководство думой. Главными соперниками были Бельские и Шуйские. Литовские выходцы Бельские получили удельные владения из рук монарха и зависели от него. Могущество коренной суздальской знати опиралось на наследственные земельные богатства.
Даже так называемый боярский «мятеж Шуйских» 1542 г. вовсе не был примером боярских беззаконий. Иван Бельский был отправлен в ссылку, а затем возвращен в столицу по решению Боярской думы, когда всевластие Шуйских вызвало недовольство бояр.
Бельскому не удалось сохранить поддержку думы, и он был вторично арестован «советом боярским». Под диктовку царя Ивана летописец вписал между строк имена бояр, выступивших против Бельского. То были боярин и дворецкий князь Иван Кубенский-Ярославский, его брат боярин Михаил, князь Дмитрий Палецкий-Стародубский, казначей Иван Третьяков-Головин.
До времени реформ Боярская дума не имела своей канцелярии, помимо канцелярий Дворцового и Казенного приказов. С возникновением системы приказов дума получила разветвленную канцелярию. Характерно, что в 1542 г. «советом бояр» руководили дворецкий Кубенский и казначей Третьяков-Головин. Арестованного Бельского посадили под арест на Казенном дворе.
Дума решила спешно вызвать из Владимира боярина Ивана и Андрея Шуйских и боярина Ивана Большого Шереметева. Решения думы были вполне законными, так как исходили от высшего органа государства.
По решению «боярского совета» Бельский был сослан в тюрьму на Белоозере. Вслед за тем его тайно умертвили, что было уже вопиющим произволом. 9 сентября 1543 г. Шуйские, Кубенские, Палецкий и их сторонники стали добиваться от Боярской думы решения об аресте Федора Воронцова. Защитники Воронцова обратились к великому князю. От его имени в думу к Шуйским дважды ходили митрополит Макарий и бояре Морозовы. Они не допустили казни Воронцова. Иван IV просил отослать опального в Коломну. Его ходатайство не было исполнено. Но Воронцов избежал кары и был сослан воеводой в Кострому. Прошло совсем немного времени, и его простили и даже произвели в бояре.
Иван IV сам подтвердил свою причастность к убийству князя Андрея Шуйского. Но ответственность за эту казнь лежала все же не на нем. Осведомленный летописец записал, что Шуйского убили псари «повелением боярским».
Курбский считал сходными обстоятельства гибели Бельского и Шуйского. Оба боярина были казнены без розыска, предъявления обвинений и оглашения приговора на Лобном месте. Одного умертвили дети боярские, неведомо кем посланные на Белоозеро, другого — псари у дворца. Всю вину за их убиение Курбский возложил на Ивана по очевидной к нему вражде. В самом деле, митрополит, защищавший Бельского, бросился за помощью в комнату к великому князю. Там же прятался сторонник Бельского князь Петр Щенятев. (Его без шума вывели оттуда «задними дверьми».) Официальная летопись имела основание утверждать, что Бельского убили «без великого князя ведома». До поры до времени участие князя Ивана IV в управлении государством было простой видимостью. Однако в его поведении появились новые черты. После убийства Андрея Шуйского он выехал на богомолье в Калязин монастырь в сопровождении «бояр множества». В четырнадцать лет монарх отправился в Троице-Сергиев монастырь, а оттуда через Ростов и Ярославль в Кирилле-Белозерский монастырь и окружавшие его обители: Ферапонтов, Корнильев-Комельский, Павлов-Обнорский монастыри.
Путешествие было далеким и продолжалось несколько месяцев. Можно ли видеть в этом факте доказательство того, что Иван уже тогда проникся религиозным чувством? Может быть, он вспомнил о давнем путешествии в те же обители родителей, моливших Бога о рождении наследника? Допустимо более простое толкование.