Окрест этой обители примерно в соответствии с топографией Палестины были Никоном намечены и поименованы Вифлеем, Назарет, Елеон, Фавор, Ермон, Вифания, Капернаум, Рама, река Иордан (Истра), Гефсиманский сад, Кедронский поток и другие святые места. Обществу дело было представлено так, что строится монастырь с собором по подобию храма Воскресения (Гроба Господня) в Иерусалиме и в связи с этим некоторые места получают название мест палестинских, — и только! В полной мере замысел Никона был поведан только царю Алексею Михайловичу и, может быть, нескольким, очень немногим, близким Святейшему людям. То, что сия Подмосковная Палестина и особенно храм Воскресения в монастыре суть иконы (образы) Царства Небесного, осталось загадкой, разгадать которую нам удалось только в 1980-м году. Ключ к разгадке содержался в некоторых надписях (изразцовых и вырезанных и на камне) в Воскресенском соборе, в надписях на его колоколах, отлитых ещё при Патриархе Никоне, в некоторых намеках самого Патриарха, сделанных устно (на суде) и письменно.
Царь Алексей Михайлович поддержал замысел своего «собинного друга», разрешил строительство Воскресенского монастыря на избранном месте. В 1657 г. Государь приехал сюда на освящение первой временной деревянной церкви и по тайной договорённости с Никоном сам изволил случайно назвать это место «Новым Иерусалимом». Затем здесь развернулось строительство прекрасного каменного собора по подобию иерусалимского и в 1666 г. доведено до сводов. В нём были точно воспроизведены Гроб Господень, Голгофа (здесь особенно любил служить Никон), подземная церковь, камень Миропомазания и все прочие святыни Воскресенского храма в Иерусалиме. Только в плане и устройстве внутренних частей и помещений собор в точности воспроизводил иерусалимский прототип. Во внешнем же облике и наипаче в отделке он далеко отступал от него. Золотые купола, высокие их «барабаны», изразцовые разноцветные украшения были слишком русскими и слишком никоновскими. Собор получился настолько прекрасным, что даже далёкие от мистики знаменитые знатоки искусства XX века Торопов и Грабарь назвали его «одной из самых пленительных архитектурных сказок, когда-либо созданных человечеством».
Названье собора, монастыря и всей местности — «Новый Иерусалим», данное якобы случайно самим Царём Алексеем Михайловичем, быстро стало известно России и вызвало бурные споры. Для горячих его сторонников несомненным было тогда (и теперь является) то, что сей Новый Иерусалим Патриарха Никона в определённых вещественных образах воплощал духовную сущность Святой Руси как Нового Иерусалима, подводя зримый итог всему предыдущему её бытию и указуя путь в будущее!
Святитель Никон умышленно заселил новую обитель разноплеменным братством. Здесь подвизались русские, малороссы, белорусы, поляки, литовцы, немцы, греки, евреи. Здесь кипел труд подвижников, ремесленников, издателей и поэтов. В современном литературоведении стихи здешних монахов выделяются даже в особую «новоиерусалимскую школу» русской поэзии тех времён. Монастырь посещали в качестве гостей и неправославные иностранцы, «Иностраннии издалеча шествие творят, любезне со удивлением здание зрят», — как сказано в монастырском «Летописце».
В собор их не пускали, давая возможность осмотреть его только снаружи. Тогда получалось, что Царство Небесное, образом которого становится Новый Иерусалим, достижимо для людей любых народов, но только в условиях Православной Веры и Церкви, на путях духовного подвига, наиболее сильным выражением коего является монашество. Если Россия становилась центром всего Православного міра, то духовным центром её, в свою очередь, становился Новый Иерусалим Святейшего Патриарха Никона! Его духовный путь к этому начался давно, вероятно ещё на Анзерском острове Белого моря. Не случайно все его монастыри островные. Воскресенский Ново-Иерусалимский тоже стал островным. Поставленный в глубокой излучине р. Иордана (Истры), с которой искусственным рвом была соединена р. Золотушка, этот монастырь тоже оказался со всех сторон окружен водой. Более того, даже небольшой скит Патриарха Никона рядом с Воскресенским монастырём был тоже поставлен на маленьком островке.
Что же всё это значило? Восстанавливается такая последовательность представлений. Среди затопляемого иноверием и инославием и потому погибающего міра, который, как сказано, «весь во зле лежит», островом спасения служит Россия как единственное великое и сильное Православное Царство. В нём самом, в свою очередь, островом спасения среди «житейского моря, воздвизаемого напастей бурею» служит Церковь, а в ней, тоже как бы островом спасительным является подвижничество по правилам православной аскезы, сосредоточенное наиболее полно в монашестве, а центром русского монашества, значит центром всего Православного міра должен стать Новый Иерусалим Патриарха Никона... Всё это поразительно соответствует одному из видений Апокалипсиса, когда Иоанн Богослов видит среди моря праведников, поющих несмолкаемую песнь Богу! Во всём этом высшая точка взлета Великороссийской мысли и Великороссийской истории, как истории жизни Святой Руси, в качестве преобладающего начала жизни всего русского общества в целом.