В июле 1658 г. Царь Алексей Михайлович, наконец, решился открыто выказать Патриарху Никону, что прерывает всякие отношения личной дружбы с ним и велел передать, что запрещает впредь писаться «Великим Государем» (хотя сам же титулом этим и почтил Патриарха). Тогда Патриарх Никон после службы в Успенском соборе Кремля принародно сложил с себя управление Церковью и провожаемый плачем и стоном народа, удалился в свой Новый Иерусалим. Здесь он жил девять лет, оставаясь в патриаршем сане, но не управляя делами церковными, руководил строительством Новоиерусалимской обители, а также довершением Иверского и Крестного монастырей. Тем временем делами церковными попытался править, как и хотел, Царь Алексей Михайлович, что выходило у него очень плохо, ошибки пошли за ошибками. Против такого самоуправства Царя в управлении Церковью громко и грозно восстал Патриарх Никон, писавший и самому Царю и иным видным людям различные обращения, письма. В большом сочинении, обращенном к Царю, Патриарх Никон писал: «Идеже аще Церковь под мірскую власть снидет, несть Церковь, но дом человеческий и вертеп разбойников».
Никон также резко обличал Уложение 1649 г. и Монастырский приказ. Никон ясно увидел в посягательстве государственной власти на власть церковную — антихристово начало и, ссылаясь на печальную участь Византийской Империи, поистине пророчески предсказал неизбежность падения царской власти в России.
Начался знаменитый спор о том, кто в России главнее в делах церковных, — Царь, или Патриарх? Алексей Михайлович явно нарушил клятву слушаться Патриарха в церковных делах, как отца.
С одобрения Алексея Михайловича на первой странице изданной в 1663 г. Библии был помещен план Москвы, сопровождаемый надписями из пророческих книг Писания о «граде Великого Царя», относящимися ко граду Небесному. В Благовещенском кремлёвском соборе появилось изображение Алексея Михайловича с крыльями и надписью: «Ангел Церкви». Так в церковной среде именуют только епископов — предстоятелей поместных Церквей. Мнение Алексея Михайловича поддержали ласкатели из придворной знати, старообрядцы и некоторые представители восточного духовенства, просившие денежных милостыней у Российского Самодержца. В спор были вовлечены не только все видные люди России, но и все Восточные Православные Церкви. На богатых выдержках из Священного Писания, сочинении Святых отцов и учителей Церкви Патриарх Никон неопровержимо доказывал независимость Церкви от государства в сугубо церковных и духовных делах. Он привёл и слова великого Святителя Иоанна Златоуста (IV- начало V в.в. по Р. Х.), что в делах церковных «священство преболе царства есть». Не в силах победить Патриарха в духовном и честном споре, враждебные силы стали травить Патриарха, создавая различные «дела» и сыски по ним, создавая такую обстановку, при которой пребывание его в Новом Иерусалиме делалось невозможным. В этих интригах был использован платный агент римской Конгрегации пропаганды Веры, скрывавшийся под личиной православного митрополита Газского, — Паисий Лигарид, а также несколько «новокрещённых жидов», с любовью принятых Никоном в число работников Новоиерусалимской обители. Последние своей клеветой на Никона в 1665 г. сорвали возможность его мирного, без суда, окончательного удаления от власти с сохранением сана и управления монастырями своей постройки.