В 1666 г. в Москве собрался Большой церковный Собор с участием Антиохийского Патриарха Макария и Александрийского Паисия. На этом Соборе, длившемся и в 1667 г., неправедно и неправильно Патриарх Никон был осужден на лишение сана и ссылку простым монахом сперва в Кирилло-Белозерский, затем — в Ферапонтов монастырь. Тогда же были осуждены и противники Никона — старообрядцы и прокляты сами старые обряды, что и стало основой раскола церковного. Собор поддержал исправления книг и обрядов в Российской Церкви. Кроме того в бурных спорах, несмотря на все усилия, Паисия Лигарида, русские архиереи, осудившие Никона, вполне поддержали его борьбу за независимость власти церковной от власти царской в церковных вопросах. Собором решено было так: «Царь имеет преимущество в делах царских, а Патриарх — в церковных». Алексей Михайлович вынужден был согласиться и с этим, и с тем, чтобы упразднить Монастырский приказ.
Таким образом, не мнимые притязания Никона на управление Государем и государством, а притязания Алексея Михайловича на главенство в церковных делах стали причиной великой духовной драмы, разыгравшейся в России в XVII веке. Она дорого обошлась государству.
И тогда, и поздней не раз отмечалось, что Церковь и государство, духовное и мірское в жизни народа — это, как дух и плоть в существе отдельного человека, или как две главы одного орла. Плоть нередко восстаёт против духа. Такие «восстания» в истории Великороссии мы уже наблюдали. Но мы видели также, что каждый раз Русский народ находил в себе силы препобеждать эти бунты, и должный порядок или «симфония» отношений духовного и мірского восстанавливались, так что, несмотря на колебания, в общем и целом Православная Русь оставалась духовно единой. Но теперь, в середине XVII-го столетия мы наблюдаем уже не «восстание», а настоящий раскол между двумя основными началами общенародной жизни, когда государство (мірское начало) стремится сознательно к главенству над Церковью (началом духовным). Такое стремление уже не случайно и не стихийно; оно вытекает из начавшегося обмірщения сознания и жизни очень большой части Великороссийского общества, отхода этой части от устоев Святой Руси.
Недаром тогда так боялись в народе приближения года 1666-го! Как известно из Апокалипсиса, шестьсот шестьдесят шесть — это число имени зверя» — антихриста, пришествие коего знаменует начало конца земной истории человечества, конца міра. И что же мы видим? Именно в этом году начал работать Большой Московский Собор, осудивший и Патриарха Никона, и его противников старообрядцев, то есть всех, кто, хотя и по-разному, но об одном и том же старался — сохранить Великороссийский народ как целое в послушании православным устоям всего бытия. «Конец міра» тогда был только прообразован в России. Стремление государственной власти свергнуть совет и согласие с властью церковной и даже подчинить себе Церковь означало конец того міра Великороссийской жизни, в котором общепризнанным мерилом вещей являлось всё то, что входит в понятие Святая Русь... Определенная часть Великой России решительно не пожелала признавать устои Святой Руси, захотела быть, как народы в западных странах. Хотя Большой Московский Собор решил дело об отношениях церковной и царской власти не в пользу желаний Алексея Михайловича, было ясно, что если царская власть стала духовно на сторону тех, кто не желает «симфонии» с Церковью, то разрушение этой «симфонии» неизбежно, дело только во времени...