Раскол между Церковью и государством привёл к многочисленным бедам. Для назиданья России Божья благодать стала обучительно отступать от неё так, чтобы это было понятно и властям и народу. Алексей Михайлович проиграл войну со Швецией и во многом войну с Польшей. Мы помним, как победно последняя началась, когда Царь был в дружбе с Патриархом. После разрыва их отношений дела в польской войне пошли хуже и хуже. В дело вмешалась и Турция. В итоге к России потом отошла только Левобережная Украина и Киев. Конечно, и это было великим событием! Но воссоединения с Великороссией желали и прочие православные исконно-русские земли (и Правобережная Малороссия) однако из них, казалось, уже отвоёванных, русским пришлось отступить. Во внутренней жизни страны начались ещё худшие беды. Ухудшилось положение крестьян, в частности в связи с расширением хлебной торговли. Помещики увеличивали барщину, что не все могли выдержать. Множество крестьян стали бежать на Дон, где пополняли ряды безправной, не принимаемой домовитым казачеством, голытьбы. О бунтах начала 1660-х годов мы уже говорили. В конце этих годов на Дону голытьба стала объединяться вокруг очень лихого и очень удачливого атамана Стеньки (Степана) Разина. Сущий разбойник, он стал в то же время и вором, то есть преступником государственным. Нельзя отказать негодяю в размахе и широте его замыслов. Они состояли в том, чтобы, взбудоражив и так волновавшийся Русский народ, поднять его на борьбу против власти, чтобы восстановить «правду» и «справедливость» во всём государстве. Поскольку во всём народе вера Царю и почитанье его сохранялись незыблемо, то бунтари утверждали, что идут вовсе не против Царя, а против его воевод и бояр, творящих везде беззакония вопреки Государю (то есть как бы за «освобождение» Царя от дурного его окружения).
Разин смекнул, что для столь всероссийской задачи нужен ему человек всероссийского уровня и значения. Таким человеком тогда был опальный и любимый народом Патриарх Никон. Поэтому, ещё до осужденья Святейшего, но уже во время его опалы когда он пребывал в Новоиерусалимской своей обители, к нему тайно под видом паломников пришли казаки, как думают, во главе с самим Стенькой Разиным и попытались склонить Патриарха присоединиться к восстанию, которое только ещё замышлялось. Говорили, что в этом случае он снова станет во главе Русской Церкви, С той же целью потом, уже во время восстания в 1670 г. казаки вновь посетили Никона уже томившегося в заточении в Ферапонтове монастыре на Белоозере. Святейший Никон решительно разницам отказал, но властям их не выдал, за что сам потом поплатился новым сыском и ужесточением содержания. Разницы всё же старались посеять слухи, что Никон за них, а они за него, несправедливо гонимого. Можно представить себе, какая ужасная смута случиться могла в России, если бы Никон и впрямь поддержал Стеньку Разина! Отказом своим Патриарх просто спас тогда государство. Этот подвиг его до сих пор остается неоценённым. Меж тем в 1670 г. Разин с верными ему казаками и множеством голытьбы двинулся с Дона на Волгу, взял Астрахань, Царицын, Саратов, много других городов. К нему массами примыкали крестьяне и поволжские инородцы. Волна «воровской войны» грозила дойти до столицы. В 1671 г. под Симбирском Разин был сильно разбит царским войском, потом он бежал на Дон, где коренная казачья «старшина» выдала его московским властям. Но крови было пролито много и соделано много смятения. К нему стало тогда прибавляться и смятенье иного рода. После 1658 г., когда Никон ушел от правления Церковью, Царь Алексей Михайлович, желая использовать против него его непримиримых врагов, бывших «ревнителей благочестия», вернул их из ссылки. Но они, очень скоро увидев, что книжные и обрядовые исправления, сделанные Патриархом, поддерживаются и властями, повели очень деятельную проповедь в гуще народной, как против этих исправлений, так и против властей. При этом все всероссийские беды и ухудшение жизни народа находили понятное, лёгкое объяснение: всё идёт от того, что попрали старую «веру» (обряды) и приняли «новую», то есть отступили от Бога. Хотя, как мы видели, отступление было совсем в другом и собственно веры исправления Никона совсем не касались. Но в сознании многих доверчивых быстро соединялось: старые обряды и книги — старая добрая жизнь, новые — причина Божия гнева и бедствий.
Проповедям Аввакума и подобных ему стали теперь внимать всё больше и больше людей. Точно также, как Никон, многие люди тогда чувствовали и видели нечто антихристово во многих деяньях и настроениях власть имущих, отступление значительной части Российского общества от устоев Святой Руси. Расколоучители раздували эти явления до впечатлений кончины міра, предсказанной в Апокалипсисе, которая неизбежно должна случиться, если не завтра, то в самые близкие дни! Поэтому чтобы спастись, нужно бежать от «никонианской церкви», нужно теперь же совсем отказаться от мира и даже пойти на самоубийство. Алексею Михайловичу пришлось снова засадить за решетку и Аввакума и всех самых рьяных расколоучителей. Но было уже поздно! В 1670-х, а наипаче в 80-х и 90-х годах движение старообрядчества стало массовым, охватив хотя и значительно меньшую, но немалую часть народа. Второй великой ошибкой Царя Алексея Михайловича сделалось то, что он не последовал Никону в отношении к старым обрядам и сторонникам их, и, имея возможность повлиять на решенья Большого Собора в этом вопросе, не повлиял. Прокляты были и старообрядцы и самые эти обряды. Сторонники их оказались в расколе с Церковью. Так и случился в России церковный раскол. Так обнаружилось также, что Царь, один, без послушания Патриарху, делами церковными править не может!