Поначалу Царь Пётр мало вникал в государственные дела, предаваясь по-прежнему забавам и увлечениям. А эти забавы сопровождались совершенным попранием и отвержением православных обычаев и приличий. Величайший соблазн для общественности, в которой и без того уже наметилось отступление от устоев Святой Руси, стал исходить с самой вершины власти, от законного Самодержца. Распространялись западные одежды, курение табака, пьянство, пренебрежение всем церковным. Патриарх Иоаким, поддержавший Петра как законного Государя в самый решающий час, не поддержал его ни в каких отступлениях от Православия. Приглашенный на царский обед по случаю рождения Царевича Алексея в 1690 г. Иоаким согласился придти, только если за этим обедом не будут присутствовать иностранцы. Пётр вынужден был принять это условие. Но и ранее Патриарх открыто выступал против назначения иноземных военачальников в русских войсках, что стало входить в обычаи после отмены местничества. Иоаким впервые указал на то, что нововведения Петра не вызваны никакой действительной потребностью государства. Он писал справедливо, что «благодатию Божией в Русском царстве людей благочестивых в ратоборстве искусных очень много» и обращаясь к властям, указывал: «Опять напоминаю, чтоб иноземцам-еретикам костёлов римских, кирок немецких, татарам мечетей не давать строить нигде, новых латинских и иностранных обычаев и в платье перемен по иноземным обычаям не вводить...». Всякое государство, — говорил Патриарх, — ценит и хранит
свои обычаи, нравы и одежды и чужих не перенимает, и людям чужих вер никаких преимуществ перед своими не даёт и храмов чужих строить не позволяет. Всё это было написано в Завещании Иоакима незадолго до смерти в марте 1690 г. и говорит о широком распространении того, против чего он так возражал. В самом деле, всякое западничество во время его правления Церковью заметно усиливалось. Участились случаи бегства в Европу молодых русских людей из числа образованных в западном духе. Иностранцы-католики на Москве добились разрешения иметь своих священников. Прибыли к ним два иезуита, развернув свою пропаганду и среди россиян. Иоаким добился того, что этих двух выдворили из государства, впредь положив, чтобы у католиков на Москве были священники, не принадлежащие к «Обществу Иисуса». Но католичество просачивалось тогда даже и в церковную среду. Это связано было с южнорусской (Малороссийской) учёностью. Мы видели, что таковая давно привлекалась для российских церковных потреб. Задолго до Никона Киевский Митрополит Пётр Могила провёл в Малороссии почти такие же преобразования, что и Никон. Но, кроме того, он создал в Киеве высшую школу — знаменитую Могилянскую Академию. Она была призвана бороться с католичеством, унией и протестантизмом, от которых исходили тогда поношения и укоры православным в «невежестве», неучёности. Дабы «защитить» Православие от подобных упрёков Академия в Киеве постаралась не отставать от католиков и просто скопировала у них и способы обучения и перечень основных дисциплин. Против католиков Академия применяла доводы протестантского богословия, против протестантов — доводы католического. В итоге Киевская учёность прониклась образом мысли и логики и католической и протестантской схоластики, далеко отходившей от древней православной святоотеческой мысли. При таком обучении лишь немногие из учёных киевлян сохраняли действительную православность. К числу таких прежде всего относился Епифаний Славинецкий, создавший в России школу учеников, условно называемую «эллинистической». «Эллинисты» восстановили учебное заведение при Чудовом монастыре, основанное ещё Патриархом Никоном и временно закрывшееся в связи с его опалой. Но тогда же в России действовало и иное, прокатолическое или «латинствующее» направление, основанное тоже киевским учёным Симеоном Полоцким (скончался в 1680 г.). Он, его способный ученик Сильвестр Медведев, пользуясь близостью к Феодору Алексеевичу, создали свой проект Академии в России, по образцам средневековых западных университетов. Проект предусматривал автономию Академии, очень широкие её полномочия, вплоть до права приговаривать еретиков к сожжению на кострах. Такой Устав Академии были представлен Феодору Алексеевичу, но он не успел его подписать, скончался.