При братьях Лихудах Академия, разместившаяся в Заиконоспасском монастыре, начала процветать. С 1685 по 1694 г.г. в ней был преподан широкий круг духовных, светских гуманитарных и некоторых естественных наук. Выпускники, отлично владея греческим и латинским языками, переводили любые книги, а иные из них сами становились преподавателями в этой первой высшей российской школе. Но в 1694 г. против Лихудов была устроена сильная интрига с нелепым обвинением их в «латинстве», и они вынуждены были оставить преподавание и уехать. После этого Академия, ставшая только «славяно-греческой», быстро пришла в великий упадок.
Киевская учёность давала России как полезных людей, так и вредных. Так, отличные учебники составили по грамматике — Смотрицкий, по арифметике — Магницкий. Некоторые выходцы из Малороссии оказались в России прекрасными епископами (кое-кто даже — святыми). Но среди южнорусских учёных, приезжавших в Россию, оказалось также большое число людей, которые только по внешности были православными, а по состоянию души, по привычкам и образу поведения совершенно ожидовлёнными и окатоличенными, то есть склонными и способными к постоянным интригам и козням, и к угождению власть имущим ради выгод своих и корыстей, что вполне объясняется их воспитанием в условиях польско-литовской среды. Таковым был Феофан Прокопович (к примеру), сыгравший плохую игру в нашей истории, о чём будет речь впереди.
Подвиги и борьбу Патриарха Иоакима продолжил десятый и последний Российский Патриарх Адриан. Противоречие между ним и Царём Петром Алексеевичем началось невольно при самом избрании нового Патриарха в июле 1690 г. Царь хотел, чтобы Патриархом был избран Псковский митрополит Маркелл — человек, отличавшийся светской учёностью и потому могущий поддержать западнические нововведения Петра, Царя поддержали епископы. Но мать Государя Наталья Кирилловна, ещё сохранявшая православное благочестие и мышление, предпочла видеть Главою Церкви человека высокой духовной жизни, твёрдого ревнителя церковных канонов и устоев, — митрополита Казанского Адриана. Её поддержало среднее духовенство, — настоятели русских монастырей. Церковный Собор в итоге избрал Адриана, Ему выпала тяжкая доля духовного противостояния Царю. В первом же своём обращении к пастве Адриан утверждал: «Два начальства устрои Бог на земли, священство, глаголю, и царство. Ово убо Божественным служаща, ово же человеческим владующа.... Царство убо власть имать точию на земли. Священство же власть имать и на земли и на небеси.... Мерность наша... учинен есмь архипастырь и отец и глава всех,
патриарх бо есть образ Христов. Убо вси православнии оноя (т.е. главы) сынове суть по духу: царие, князи, вельможи, и славнии воини и простии... Глаголати пред цари свободно, устно и не стыдетеся (т.е. не смущаясь высоким положением Царей) долг имам. Не послушающие гласа моего архипастырского, не нашего суть двора, не суть от моих овец, но козлища суть, волкохищница суть». Это то же самое и почти точно в тех же словах, что в своё время говорил Патриарх Никон! Можно представить, как эти слова воспринял Царь Пётр! Он решил нарочито показать Адриану именно «козлищское» своё отношение к нему и всему церковному, Его безобразные публичные «забавы» умножились, особенно после кончины благочестивой матери в 1694 г... Среди этих «забав» или «потех» самой гнусной выглядит знаменитый «всеплутейший, всешутейший, всепьянейший собор» — маскарадные пьяные шествия по Москве, наподобие крестного хода. В этом «соборе» шутовскими фигурами были «Патриарх Пресбургский, Яузский и всего Кукуя» (Н. Зотов), «конклав 12-ти кардиналов», «епископы», «архимандриты», «попы» и «дьяконы» (один из них — сам Пётр I), — всех человек 200. «Собор», таким образом, насмехался и над католической и над Православной Церковью. У членов «собора» были матерщинные клички. В своих шутовских нарядах вся ватага двигалась по Москве в Немецкую слободу веселиться. Веселились и по дороге. Могли, например, ввалиться в церковь и заставить священника повенчать шута со вдовой, или карлика с карлицею. При «освящении» построенного Лефортом дворца в честь «бога Вакха» собравшийся поглазеть народ «благословлялся» двумя табачными трубками, связанными крестом, что покоробило сильно даже иностранца Корба.