И тогда был замыслен ужасный погром Новгорода и его земель. Некий бродяга с Волыни именем Пётр, наказанный новгородцами, желал отомстить. Об этом узнали опричники и сказали, что нужно сделать. Пётр написал грамоту польскому королю о том, что архиепископ Пимен, духовенство, чиновники и народ Новгорода предаются Литве. Подписи архиерея и прочих были искусно подделаны. Грамоту Пётр спрятал за иконой в Софийском соборе. Дальше всё уже шло, как по маслу! Донос. Проверка. Грамота при свидетелях найдена. В декабре 1569 г. Царь с Царевичем Иваном, со всем Двором и Опричным войском двинулся из Москвы на Новгород. Погром начинался с Твери. От неё начиная, ехали уже с обнажёнными мечами, не влагая их в ножны. Повсюду полились потоки крови. Новгород обложили крепкими заставами, чтобы никто не смог убежать. 2 января 1570 г. войска вошли в город. Сначала опечатали все дома, все лавки, учреждения, забрали на правёж всех священников и монахов, выбивая из каждого по 20 рублей. 6 января в великий праздник Крещения Господня Царь с Царевичем появились в Новгороде, отстояли Литургию в Софийском соборе, усердно молились, пошли на обед к архиепископу. И там Царь своим странным криком дал знак опричникам. Начался всеобщий грабёж и погром. Взяли все драгоценности архиерейского дома, Софийского храма, всех церквей и монастырей. Всех монахов и священников убили. Многих горожан убивали на месте. Иных влачили на «суд» Царю и Царевичу, по 500-600 и более человек ежедневно. Всех умерщвляли. Хватали семьи новгородцев, независимо от их положения и богатства, свозили к Волхову, там связывали мужей с жёнами, матерей с грудными детьми и бросали в реку. По Волхову в лодках плавали опричники и добивали копьями тех, кому удавалось всплывать. Все дома, амбары и лавки Новгорода приказано было разграбить. В те дни погибло около 60 тысяч человек. Некоторых смущает, что Царь записал в своём поминаннике об упокоении 1505 убиенных новгородцев. Но это могли быть только те, кого зарубил или предал на смерть лично сам Иван IV. Все очевидцы говорят о десятках тысяч казнённых. Отряды опричников были посланы в Пятины Новгорода за 200-250 вёрст с указом всё и всех грабить и разорять! Ограблены были все церкви и монастыри этой богатой и славной земли. Архиепископа Пимена, опозорив, отвезли под стражей в Москву, где потом заточили.
В понедельник второй седмицы Великого поста 12 февраля Царь утолил жажду крови и гнева. Созвал уцелевших, милостиво даровал им жизнь, оставив им наместником князя Петра Даниловича Пронского. Затем богатейший обоз со всем награбленным отправили в Москву, а Царь поехал во Псков. До смерти испуганные псковичи, ожидая, что с ними будет, как с новгородцами, изъявили в умилительных видах полное своё послушание Царю и покорность воле его. Царь пожелал повидаться с монахом Николой Салосом, юродивым Христа ради, который не убоялся обличить Царя в жестокостях и святотатстве и велел по-доброму убраться из Пскова, подтвердив свое слово предсказанием гибели Царского коня. Любимый аргамак Ивана Ужасного в самом деле неожиданно сдох, и Царь не тронул города, ограничившись тем, что забрал все драгоценности храмов.
Было бы невероятным, если бы подонки-опричники не доносили и друг на друга; менее близкие к Царю — на более близких, что бы занять место последних. Так оно и случилось. После погрома Новгорода вдруг тут же возникло новое «дело» о сношении новгородских и псковских изменников с рядом бояр и служилых людей на Москве, среди которых оказалось немало опричников, в том числе самых видных. Хранитель печати (печатник) Иван Висковатый ведавший важными посольскими делами и очень доверенный человек Государя, казначей Никита Фуников, князь Афанасий Вяземский («келарь» Ордена), Алексей Басманов и сын его Фёдор (особый любимец Царя, как мы помним), боярин Семён Яковлев, думные дьяки Василий Степанов и Андрей Васильев и многие другие — все они были обвинены в «измене», о которой на самом деле и не помышляли!
25 июля 1570 г. стало страшным числом для Москвы. С утра в этот день в Китай Городе построено было множество виселиц, поставлены помосты для казней, разложены орудия пыток, кипел огромный котёл с водой. Москвичи в страхе попрятались по домам, не желая смотреть на грядущее. Царь, приехав и не увидев народа, велел всех созывать. По домам, по дворам, по подвалам побежали опричники, и вскоре площадь наполнилась толпой москвичей. Царь вскричал: «Народ! Увидишь муки и гибель, но караю изменников! Прав ли суд мой?» «Многая лета Великому Государю! Да погибнут изменники!» — раздалось из толпы.