О, душа Великой России! В какой омут или котёл страстей стали тебя ввергать, пользуясь детской доверчивостью твоей! Кто мог бы тебя, душа, успокоить, унять, наставить на путь духовного мира и света! По-видимому, только Православная Церковь.
В церковных делах Промысел Божий в своём предведении того, что будет в России в XVII веке, начал тогда, в веке XVI созидать нечто особое, чрезвычайное. Дела развивались так.
Ещё до разгрома стороны Мстиславского-Шуйских, из угождения этим противникам Годунова Всероссийский Митрополит Дионисий с рядом других духовных и светских лиц стал предлагать то, что ещё так недавно почиталось явным грехом. Царица Ирина оказалась бездетной, Этим решили воспользоваться, чтобы убрать её от царя как сестру Годунова, влиявшую на мужа в пользу брата. Дионисий хотел говорить Государю Феодору, чтобы он «пожаловал отпустил бы Ирину во иноческий чин» и женился вторично «царского ради чадородия». Своевременно узнав о намерении Митрополита, Борис Годунов сумел отговорить его от таких предложений. Но узнавший о том Царь Феодор до глубины души возмутился. Будучи человеком действительно (а не по внешности только) православным Государь решительно стоял на том, что в таких делах, как и в прочих, Царь — человек должен блюсти обязательный всем церковный и Божий закон, не преступая его даже в мнимых целях «блага отечества», то есть не желал повторить греха Симеона Гордого, Василия III, Ивана IV, зная о последствиях этих грехов и, к тому же, очень любя свою Богоданную жену. Отчасти по этой причине, когда Дионисий потом стал «печаловаться» за Шуйских, Царь его не услышал и не защитил. Годунов устроил соборное смещение Дионисия и Митрополитом поставлен был очень преданный Годунову Ростовский епископ Иов. И когда, спустя определённое время, в 1589 г. возникло дело об учреждении в России Патриаршества, Борис Годунов всё устроил так, чтобы Патриархом Московским и всея Руси стал именно Иов.
Дело же устроения на Москве Патриаршества многозначительно и изумительно во многих отношениях. В 1596 г. состоялась знаменитая Брестская уния, подготовлявшаяся в польско-литовских землях ещё в 80-х годах. Ряд «православных» епископов согласились признавать над собою власть Римского папы, сохраняя лишь внешний богослужебный обряд Православия. Было сие почти то же, что уния Флорентийская.
Мы видели, как из века в век католический Рим старался подчинить себе Православные народы, в том числе — Русский народ. Очень деятельная работа иезуитов в польско-литовских землях привела, наконец, к успеху. Соединив грубые притеснения православных с хитростью и пользуясь оторванностью от Московии русских литовско-польских земель, католики добились от нетвёрдых, пошатнувшихся в вере пастырей согласия на подчинение Папе. И хотя далеко не все православные этих земель согласились на унию с Римом, это было крайне тревожным знамением наступления инославного Запада на Православный Восток, не менее, если не более тревожным, чем известная нам Флорентийская уния. Откликом на неё, как мы помним, стало учреждение автокефалии (независимости) Русской Церкви в 1448 г., когда, начиная с Митрополита Ионы, все последующие предстоятели нашей Церкви поставлялись собором своих русских епископов на Москве, без влияния и утверждения Патриархов Царьградских. Подобным же откликом, или ответом на грядущую унию Брестскую со стороны Великороссии стало желание учредить на Москве Патриаршество. Таковое к тому же как высшая степень церковной власти соответствовало бы высшей степени, достигнутой властью Московских Великих Князей, сделавшихся Царями.