В этом хаосе быстро исчезла и армия. В русских войсках давно уже шли нестроения и колебания. Что это значит, когда под Тулой при подходе разбойника Ивана Болотникова 15 тысяч российского войска без боя сдались ему?! Только сим крушением всех основ государственной жизни, крайним падением нравов, смятением умов, умножением повсюду разбоев, — только хаосом этим и можно вполне объяснить, что с горсткой поляков и не такими уж многочисленными отрядами вольных казаков Лжедимитрий І-й вошёл в Москву. Правда, здесь успешно действовали его сторонники. В июне 1605 г. они подняли бунт. Семью Годунова убили. Разнесли и разграбили патриарший двор. Дело в том, что Патриарх Иов оказался в отношении Самозванца очень твёрдым. В словах и в особых посланиях он призывал не подчиняться злодею, разоблачал его как Отрепьева и предал анафеме. За это восставшие чуть было его не убили, но он готов был и умереть и, молясь, восклицал: «Ныне, по грехам нашим, на Православную Веру наступает еретическая». Сразу после вступления Самозванца в столицу, 24 июня 1605 г., Собор российских иерархов, в подавляющем большинстве признавших лжецаря действительным Царём Димитрием, низложил Патриарха Иова. По просьбе его он был отправлен в Старицу, откуда был родом из посадских людей, под крепкий надзор. На место его тот же Собор по указке Лжедимтрия Патриархом поставил Рязанского архиепископа Игнатия, грека, давно поселившегося в России. Он первым из епископов явился к Лжедимтрию в Тулу, ещё до вступления в Москву признал его Государем и стал приводить людей к присяге новому Царю.
Как же сильно, после всего предыдущего, люди в России оказались подвержены страху! Даже родная мать убиенного Царевича Димитрия инокиня Марфа, вызванная в Москву, принародно признала в Лжедимитрии своего сына! Потом она покается в этом. А тогда впечатление от такого признания оказалось очень значительным. Лжецарю присягнули бояре, представители разных сословий, — почитай вся столица! Ловкий грек Игнатий, прознав о стремлении Самозванца подчинить Русскую Церковь Римскому папе, живо это стремление поддержал. Кардинал Боргезе из Рима писал в Польшу Кардиналу Ронгони, что Игнатий «готов на унию». У Лжедимитрия с его католическими «отцами» велась интересная переписка. Папа писал Самозванцу: «Мы уверены теперь, что апостольский престол сделает в тех местах (то есть в России) великие приобретения...» И советовал лжецарю, между прочим, такое: «Пред тобою поле обширное: сади, сей, пожинай,... строй здания, которых верхи касались бы небес;... обучай юношество свободным наукам!» Чем не замысел университета Бориса Годунова, или сталинского МГУ на Ленинских горах!
Казалось, сбывается многовековая, исконная мечта католичества: поверженная в пучину хаоса Россия вот-вот подчинится Римскому папе.
Меж тем Лжедимитрий старался внешне вести себя как православный. По прибытии в Москву Марины Мнишек был устроен пышный спектакль. Патриарх Игнатий венчал на Царство Лжедимитрия I, одновременно венчал его с «Маринкой», как её называли в народе, и одновременно последнюю приводил к Православию, но — только через Миропомазание, а по обычаям тех времён нужно было — через Крещение.
Так явились новые оборотни на Руси. Однако игра их очень скоро стала видна почти всем. Маринка понавезла с собою католическое духовенство, в Кремле иезуитам был выделен дом для богослужения. И всему потворствовал «патриарх» Игнатий. Так продолжалось без малого год. Незаконность Царя, его оборотничество в святых делах веры, безчинства поляков в Москве вызвали возмущенье и заговор. Во главе стал князь Василий Иванович Шуйский. 17 мая 1606 г. заговорщики подняли восстание на Москве. Лжедимитрий был схвачен, убит, сожжён, пепел его зарядили в пушку и пальнули в ту сторону, откуда пришёл он, то есть на Запад. Игнатия низложили и заточили в Чудов монастырь, «яко да совершенно навыкнет благочестия веры». 25 мая Василий Шуйский был Венчан на Царство! Так и он сумел побывать Государем России. Тут же призвал он Патриарха Иова, но тот по причине слепоты и старости отказался. Нужен стал другой Патриарх. Выбор пал на митрополита Казанского Гермогена (пишется иногда — Ермоген).