На нового сильного Патриарха Царь и его духовник Стефан Вонифатьевич возложили и трудную ношу провести необходимые исправления русских церковных обрядов и книг. Нужно заметить, что в этом вопросе в кружке ревнителей благочестия при Алексее Михайловиче изначала были серьёзные разногласия. Они касались того, как исправить обряды и книги, — самим, или с помощью знающих греков. Царь, о. Стефан, Ртищев полагали, что нужно привлечь греческую учёность. Протопопы Неронов, Аввакум, Логгин и другие считали, что вера у греков «испроказилась от безбожных турок», что грекам нельзя доверять. Поначалу так же думал архимандрит Никон, сразу же в 1646 г. вошедший в кружок ревнителей и хорошо принятый ими. Кроме того, половина кружка думала только о незначительных исправлениях некоторых ошибок в церковных книгах, а вовсе не о том, чтобы всё российское богослужение привести в соответствие с греческим. Но последнего как раз и желали Царь и его духовник. Однако, зная взгляды своих друзей, они скрывали от них свой подлинный замысел церковных преобразований, открывшись в этом только Никону, да и то далеко не сразу. Поначалу Государь сделал всё, чтобы Никон хорошо пообщался с Патриархами Иерусалимским, Константинопольским и иными учёными греками, приезжавшими в те времена. Им вполне удалось убедить Никона в правильности троеперстного крестного знамения и других греческих церковных обычаев и обрядов. Став Патриархом в 1652г., Никон, по указанию Государя начал со свойственной ему силой и властностью осуществлять те церковные преобразования и исправления, которые, как видим, задуманы были не им и которые многое время спустя стали идейной причиной движения раскольников — старообрядцев.
Но совсем не это было главным в деяниях Никона. Главными были три основных направления: 1. улучшение духовно-нравственной жизни народа; 2. всяческое духовное укрепление Церкви и устройство правильных её отношений с государственной властью; 3. необычайные по своей символической значимости архитектурно-строительные свершения.