Неудивительно, что, став Патриархом, он сразу «поставил на место» ревнителей благочестия. Им было дано понять, что они — протоиреи на определённых приходах и обязаны чтить Патриарха, как должно. Ревнителям был запрещён вход к Святейшему без крайней нужды, или вызова. А они ведь привыкли видеть себя вершителями дел важнейших, общецерковных!. Более того, как потом они сами писали, соглашаясь на избрание Никона Патриархом, ревнители думали что он станет «прилежно внимать отца Иоанна (Неронова) глаголам» и делать всё, как им хочется, то есть станет послушным орудием в их руках. Убедившись в том, что не тут-то было (!), Неронов, Аввакум и друзья их сразу же ополчились против Патриарха Никона. Теперь каждое слово и распоряженье его принималось ими резко враждебно. Так, с уязвленной человеческой гордости зачиналось то, чему суждено было стать церковным расколом. Быстро нажил себе врагов Никон и в среде придворной знати. Видя во многих князьях и боярах их потрясающую бездуховность, Патриарх не счёл нужным скрывать своего презрения к ней. При нём бояре должны были ждать смиренно в прихожей, когда Патриарх благоволит принять их по их делам (чего прежде не было!). Князь Хилков, бывший с Никоном (ещё митрополитом) в поездке за мощами Святителя Филиппа, в письме к Царю горько жаловался на то, что Никон заставляет его присутствовать на утренних и вечерних молитвах. Царь вынужден был просить Никона освободить Хилкова от этой тяжкой повинности. «Добро, Государь, — писал Алексей Михаилович, — учить мудрого, да премудрший будет», — то есть не такого, как Хилков...
Правящее боярство (царский Синклит) разделилось. Часть от души полюбили Никона, часть — также сердечно — невзлюбила его.
Добрые, правильные отношения Церкви и государства как залог превращения Великороссии в подобие Нового Иерусалима были, пожалуй, главной заботой патриаршества Никона. Так, ещё до принятия этого высшего сана, Никон склонил Государя к делу великому, небывалому, но и вызванному небывалой причиной. Мы помним, как болезненно восприняли люди расправу Ивана IV над митрополитом Филиппом. Попрание Церкви Царём!... Это было так страшно и так необъяснимо для православных русских, что соделалось как бы незаживающей раной в сознании общества. Заживить её взялся Никон. Он убедил Алексея Михайловича перенести в Москву с Соловков мощи Священномученика Филиппа и при этом написать письмо — обращение как бы к самому Филиппу, где Алексей Михайлович просил бы у святого прощения «за прадеда своего Государя Ивана Васильевича». Пример такой покаянной грамоты Никон взял из истории Церкви, когда Византийский Император Феодосий, посылая за мощами Святителя Иоанна Златоуста, написал умершему святому просьбу о прощении за свою мать, гнавшую учителя Церкви. Царь Алексей Михайлович такую грамоту написал. Митрополит Никон её громогласно прочёл у мощей Святителя Филиппа на Соловках, а затем повёз эти мощи в Москву. При подъезде его к столице скончался Патриарх Иосиф. Так что можно сказать, Никон «въехал» к своему патриаршеству с мощами Филиппа и при покаянии царской власти пред властью церковной, каковое стало всенародно известным. Так залечилась рана в сознании Православной России. Так в этом сознании всё становилось теперь на свои места!...
Никон довёл до конца то, что начато было ещё до него. Богослужениям Церкви была придана должная чинность, учительность, в церквях зазвучали проповеди священнослужителей, то есть живое слово пастырей к пастве, чего раньше долгое время не было, предпринимались усилия к устройству и высшей школы не на западных, а на православных греческих основаниях. Но очень трудным делом тогда оказалось прибытие учителей с Востока. И потому всё более стали привлекать учёность Малороссийскую, Киевскую. Боярин Ртищев основал в Москве монастырь с школой греческого языка, с учителями из Киева, завёл в столице хор киевских певчих, весьма полюбившихся москвичам. В обществе интерес к духовным и церковным вопросам стал живым и всеобщим. Необычайно высоко поднялся духовно-нравственный уровень общества! Оно вновь очень отчётливо осознало себя как единую общину верующих православных людей, с одной общей целью достигать не мірского благополучия, а сближения с Богом, из чистой любви ко Христу, и Царства Небесного.