Хотя непосредственное осуществление описанных здесь массовых убийств советских граждан было поручено в основном СС и службе безопасности, военные органы проводили такие акции по уничтожению в широких масштабах самостоятельно. Например, 1-я пехотная бригада СС, которая в составе 6-й армии в районе Коростень, Черняхов, Житомир занималась «акциями чистки», докладывала 10 августа 1941 г.: «В Горошках дислоцирован 3-й батальон 375-го пехотного полка, входящий в состав 221 — й дивизии службы безопасности. В течение восьми дней он очищал территорию. Евреев и большевиков расстреляли». Областной комиссар г. Слонима (Белорусская ССР) Эррен писал в отчете в ноябре 1941 г. о методах истребления в своем районе: «В сельской местности в течение некоторого периода вермахтом было проведено прочесывание, к сожалению, лишь в пунктах с населением менее тысячи жителей». В начале августа 1941 г. генерал Зальмут, командовавший 30-м армейским корпусом, приказал убить всех евреев города Кодыма, использовав для этого специальное подразделение службы безопасности 10а и 300 человек из подчиненных ему войск.
Многочисленные документы свидетельствуют о массовом уничтожении советских граждан еврейской национальности местными военными комендатурами. Так, комендант Армянска 26 ноября 1941 г. приказал расстрелять 14 местных жителей еврейской национальности. С беспримерным цинизмом комендатура Карасубазара (Крым) докладывала 14 декабря 1941 г.: «76 мужчин, женщин и детей — евреи деревни — четыре дня назад доставлены на свалку и оттуда не вернулись».
Следует добавить, что в докладах речь идет чаще всего об акциях по массовому уничтожению мирного населения, независимо от партийности или национальности отдельных лиц, так же как и в тех случаях, когда говорили о расстрелянных «партизанах», даже если это касалось детей и стариков.
Иногда военные инстанции жаловались на действия боевых команд. Но эти жалобы были направлены не столько против акций по убийству, сколько против методов их осуществления. Так, 11-я армия приказала действующей в ее районе боевой группе Д проводить ликвидацию людей лишь на значительном удалении от штаба армии и вообще «незаметно». Некоторые командиры воинских частей издавали специальные распоряжения подчиненным им частям, в которых запрещалось без приказа принимать участие в массовых экзекуциях, присутствовать на них или фотографировать, но сами одновременно оказывали этим боевым командам всяческую помощь.
К преступным методам, которые использовались немецким фашизмом как по отношению к собственному, так и к другим народам, относилась также так называемая «программа эвтаназии» (уничтожение больных). Эта программа убийств, в разработке «законных» основ которой принимал участие бывший боннский статс-секретарь Глобке и жертвами которой, по последним подсчетам, только лишь в немецких лечебных учреждениях и концентрационных лагерях были 95 тыс. человек, осуществлялась также и в захваченных советских областях. Участие органов вермахта в этих преступлениях ясно видно из целого ряда документов.
Так, например, под руководством гарнизонного врача, д-ра Раковского, находившегося в подчинении военного коменданта Киева, в октябре 1941 г. личным составом войск СС было расстреляно около 300 больных, находившихся в психиатрической клинике города. Остальные больные были уничтожены в последующие месяцы.
В Полтаве солдаты боевой группы С по договоренности с комендатурой в ноябре этого же года убили всех больных местной больницы, страдавших заболеваниями нервной системы. В ноябре 1941 г. командир 11-го танкового полка 6-й танковой дивизии полковник Колль, будучи комендантом Калинина, также приказал расстрелять 10 душевнобольных больницы в Бурашево на том основании, что для них нет ни помещения, ни питания.