После демобилизации Нагибин вернулся на завод и начал работать сборщиком- клепальщиком. Вскоре заводское руководство заметило толкового рабочего, и Михаила назначили мастером. Высшее образование он получил на механическом факультете Новочеркасского политехнического института заочно. В 1963 году Нагибин стал дипломированным инженером-механиком по специальности «Технология машиностроения».
Новоиспеченного инженера вскоре назначили заместителем начальника цеха, а в 1964 году М.В. Нагибин уже возглавлял цех. За шесть лет руководства цехом Нагибин, как записано в его личном деле, «проявил творческую инициативу, настойчивость, коллектив цеха постоянно добивался выполнения поставленных перед ним задач». В июне 1970 года Нагибин был назначен заместителем главного технолога завода им. Г. Димитрова, а через год стал главным технологом.
М.В. Нагибин внес большой личный вклад в перестройку производства, широко внедрял новейшие достижения в области технологии, осуществил техническое переоснащение предприятия. Высокие качества руководителя производства особенно ярко проявились при подготовке к серийному производству новых тяжелых дальних самолетов-разведчиков Ту-126. Нагибин был отмечен высокими правительственными наградами: в 1971 году — орденом Трудового Красного Знамени и в 1976 году — орденом «Знак Почета».
Перед Михаилом Васильевичем раскрывалась реальная перспектива со временем возглавить предприятие. Однако руководство авиационной промышленности сочло целесообразным перевести его на Ростовский вертолетный завод. В мае 1976 года Нагибин стал главным инженером завода. В январе 1980 года, после ухода на заслуженный отдых Д.М. Чумаченко, Нагибин возглавил предприятие.
Под руководством и при непосредственном участии М.Н. Нагибина была проделана большая работа по развитию предприятия как крупного машиностроительного объединения с передовой организацией труда, современным техническим оснащением и развитой сферой социального обслуживания. Произведено техническое переоснащение производства, созданы комплексно-механизированные механические цеха и специализированные производства товаров народного потребления и изделий для легкой и перерабатывающей промышленности. Освоено серийное производство новых модификаций транспортно-боевого вертолета Ми-24 и тяжелого транспортного вертолета Ми-26. Освоены и внедрены в производство принципиально новые уникальные технологические процессы по изготовлению лопастей несущего винта вертолетов Ми-26 и Ми-28 из композиционных материалов. Получен сертификат на производство Ми-26Т. За счет собственных ресурсов завода было начато освоение производства нового боевого вертолета Ми-28Н.
За руководство освоением в серийном производстве винтокрылого «тяжеловоза» Ми-26 Михаил Васильевич Нагибин был награжден орденом Ленина. Кроме того, он удостоен почетных званий «Заслуженный машиностроитель РСФСР» и «Почетный авиастроитель».
В 1992 году М.В. Нагибин возглавил борьбу коллектива предприятия за выживание в сложных условиях конверсии оборонного производства и перехода к рыночным отношениям. Ростовский завод выстоял, и в этом огромная личная заслуга его директора.
В апреле 1994 года коллектив избрал Михаила Васильевича Нагибина генеральным директором ОАО «Роствертол». Благодаря его умелому руководству предприятие сохранило объемы производства за счет увеличения выпуска гражданской продукции. ОАО «Роствертол» стало флагманом авиастроения по стратегическому планированию, успешно осуществив реорганизацию производства, обеспечив социальную и производственную стабильность и самоинвестирование. За особый вклад в развитие экономики России, укрепление ее военно-промышленного потенциала Правительство РФ наградило М.В. Нагибина в 1995 году орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, а в 1999 году — орденом «За заслуги перед Отечеством» III степени.
Впервые в России Нагибиным была создана методология, разработаны и внедрены системы стратегического планирования и руководства, управления ресурсами и возможностями предприятия, финансового менеджмента и самофинансирования, преобразований и реорганизации предприятий в условиях кризиса и вхождения в рынок. При непосредственном участии Михаила Васильевича в 1996 году был создан Торгово-выставочный центр «Роствертол».
Как организатор и лидер стратегических преобразований на предприятиях промышленности России и СНГ, М.В. Нагибин занимал высокие должности в престижных общественных организациях: он был вицепрезидентом Российского союза промышленников и предпринимателей, членом клуба директоров РФ и Украины, Международного клуба директоров; президентом ассоциации оборонных и авиационных предпринимателей Юга России; президентом Донского союза промышленников и предпринимателей.
В 2000 году М.В. Нагибину были присвоены именной диплом и золотая звезда «Директор года». За значительный вклад в развитие экономики Ростова-на-Дону М.В. Нагибину присвоили звание «Почетный гражданин города Ростов-на-Дону». Русская православная церковь наградила Михаила Васильевича орденом Преподобного Сергия Радонежского III степени. Эту высокую награду он получить уже не успел.
М.В. Нагибин и генеральный конструктор МВЗ им. М.Л. Миля М.В. Вайнберг
М.В. Нагибин и С.И. Сикорский в заводском музее
Нагибин брался, казалось, за самые неподъемные дела, его жизненным кредо было утверждение, что «неразрешимых проблем нет, время и здравый смысл решают все». Скажем, когда рухнул «Ростпромстройбанк» и профессиональные финансисты хором уверяли, что банк спасти невозможно, именно Михаил Нагибин взвалил на свои плечи задачу спасения банка, хотя дел, по большому счету, ему и без того всегда хватало. Нагибин успел сделать и это дело — спас «Ростпромстройбанк». В первой половине дня 31 марта Михаил Васильевич был на открытии нового отделения РПСБ, а вечером его не стало.
Преемник М.В. Нагибина и продолжатель его дел генеральный директор ОАО «Роствертол» Б.Н. Слюсарь на митинге, посвященном памяти Нагибина, сказал: «Михаил Васильевич по-прежнему с нами — он в наших повседневных делах, в планах, стремлениях, в напряженной работе по осуществлению его планов, тактического и стратегического курса, нацеленного на дальнейший подъем «Роствертола», полное и эффективное использование производственного, кадрового и интеллектуального потенциала нашего предприятия». Ростовский вертолетный завод всегда был успешным предприятием, и, безусловно, эти успехи были и будут связаны с личностью Михаила Васильевича Нагибина.
Секрет успеха по Нагибину прост. Сам он так определял его: «Надо ежедневно работать, четко представлять перспективу своего предприятия, готовиться к тому, что ожидает тебя в будущем. Надо принимать сложившиеся обстоятельства и не надеяться на чудо. Нельзя без конца обещать, что когда-то обязательно будет всем хорошо. Человек живет сегодня, и нужно сегодня даже в самых тяжелых ситуациях платить людям зарплату, индексировать ее, заботиться о трудовом коллективе. У нас работают тысячи людей, у всех есть семьи, а значит, «Роствертол» отвечает за благополучие нескольких десятков тысяч ростовчан». Он любил заводчан и заботился о них, как о своей собственной семье — жене Надежде Николаевне, дочери Ларисе и внучке Юле, зяте Юрии, и ему отвечали искренней любовью и уважением.
В Ростове-на-Дону хорошо знали и ценили Нагибина очень многие. Не случайно его именем назван один из проспектов города и общеобразовательная школа.