В 2008 году Центр контрразведки армии США создал отчет, в котором WikiLeaks назывался потенциальной угрозой для военных. Бумага вскоре оказалась опубликована на WikiLeaks, причем Эссендж назвал доклад «объявлением войны» Интернет-ресурсу. В том же году домен WikiLeaks.org был на несколько дней заблокирован после жалобы в суд Калифорнии от швейцарского банка Julius Baer, поступившей в ответ на публикацию документов, предположительно свидетельствующих о том, что банк занимается отмыванием денег и помогает клиентам уходить от налогов при помощи офшоров. Калифорнийский суд требования Julius Baer отклонил, и сайт вернулся к работе.
В начале 2009 года WikiLeaks опубликовал секретные отчеты ООН о том, что миротворцы, действовавшие под эгидой организации, были причастны к изнасилованиям в Восточном Конго.
В 2009 году WikiLeaks опубликовал уже ранее появившуюся на российских серверах переписку сотрудников Центра по исследованию климата при Университете Восточной Англии, возглавляемого Филом Джонсом. Опубликованные письма могли уличить ученых в манипуляции исходными данными для убеждения мирового сообщества в антропогенном характере глобального потепления. Ближе к концу того же года на сайте были опубликованы текстовые сообщения, отправленные из Нью-Йорка в день терактов 11 сентября 2001 года в США.
В сентябре 2009 года разгорелся скандал из-за опубликованного на сайте WikiLeaks отчета компании Trafigura, доказывающего ее ответственность за утечку токсичных отходов в республике Кот-д’Ивуар. Компания даже попыталась пресечь публикацию этого отчета и информации о ходе парламентских слушаний по нему в прессе, в том числе в газете The Guardian.
Однако настоящим бенефисом организации стал 2010 год. Весной WikiLeaks обнародовал «Сопутствующее убийство» – секретную видеозапись армии США, на которой запечатлен бессмысленный расстрел восемнадцати человек в багдадском пригороде Нью-Багдад, среди которых оказались два штатных сотрудника агентства Reuters. После обстрела Reuters пытался получить запись в соответствии с Законом о свободе информации, но безуспешно. На записи, сделанной с вертолета Apache, четко видно, как раненого сотрудника Reuters и людей, пришедших ему на помощь, убивают безо всяких мотивов. Двое детей, оказавшихся на месте, были тяжело ранены.
В мае 2010 года по подозрению в причастности к передаче этого видео WikiLeaks был арестован военный аналитик Брэдли Мэннинг, работавший шифровальщиком и по службе имевший доступ к базам данных документов Пентагона. Судя по всему, именно Мэннинг – источник всех утечек WikiLeaks в 2010 году. Он выдал себя сам, рассказав приятелю по переписке о том, как на диске CD-RW с надписью «Леди Гага» гигабайтами выносил документы с военной базы. По его собственным словам, он это делал из убеждения, что задокументированные нарушения и преступления не должны быть засекречены и информация о них должна стать общественным достоянием. В общем, «слил», исходя из гражданского чувства. Из того же чувства приятель сдал Мэннинга властям. С тех пор вот уже более полугода тот сидит в военной тюрьме – в суровых условиях одиночной камеры, без простыни и подушки, без права на просмотр новостей. Даже физическими упражнениями ему разрешено заниматься не более часа в день, так как по неведомым причинам он попал в разряд «особо охраняемых», «опасных для самих себя» заключенных. И все это без предъявления каких бы то ни было обвинений…
А тем временем WikiLeaks и не думал останавливать свои операции. В июле сайт опубликовал так называемый «Афганский дневник»: 90 тысяч секретных полевых сводок Пентагона о войне США в Афганистане. Документы демонстрировали, что за все эти годы международная коалиция фактически не смогла добиться в Афганистане каких-либо успехов. В частности, из них следует, что талибам активно помогают спецслужбы Ирана и Пакистана, хотя последний официально является союзником США в данной войне. В документах описаны сотни случаев вооруженных столкновений между афганскими и пакистанскими солдатами у границы двух государств. Более того, в «Афганском досье» есть информация о том, что представители пакистанских спецслужб тайно встречались с руководителями талибов с целью организации войны против США, в том числе с использованием террористов-смертников, и даже убийства афганских лидеров. В них также упомянуты как минимум 150 инцидентов, во время которых в результате действий войск союзников погибли мирные жители. Вдобавок благодаря этой утечке стало известно, что в Афганистане существует специальное подразделение американской армии, чьей задачей является убийство лидеров талибов и «Аль-Каиды».