В конце девяностых годов часто стал заходить к Вильямсам вновь приглашенный в институт профессор неорганической химии Иван Алексеевич Каблуков (1857–1942), впоследствии крупный советский физико-химик. Каблуков уже в то время, в значительной мере под влиянием Вильямса, начал интересоваться такими вопросами химии, которые могли иметь большое значение для сельского хозяйства.
Он начал опыты по добыванию калийных солей из морской воды, что было важно в то время, когда наши богатейшие отечественные месторождения калия на Северном Урале еще не были открыты. Каблуков также возглавил созданную при сельскохозяйственном институте специальную комиссию по добыванию азотистых соединений из воздуха.
В 1894 году во вновь открытый институт был приглашен для заведования кафедрой ботаники Семен Иванович Ростовцев (1862–1916), большой знаток русской флоры, специалист одновременно и по высшим и по низшим растениям, что свойственно лишь «немногим ботаникам. Ростовцев хорошо вел свой курс, организовывал для студентов многочисленные ботанические экскурсии по Подмосковью; на первых порах ему в этом много помогал Вильямс — знаток растительных богатств окрестностей Москвы. Вильямс оказал большое влияние на направление работ Ростовцева: многие научные интересы обоих ученых совпадали. Ростовцев создал при своей кафедре обширный гербарий и организовал небольшой ботанический сад. Много занимаясь исследовательской работой, Ростовцев постепенно все больше сближался с интересами сельскохозяйственной науки; особенно успешно потрудился он в области фитопатологии — науки о болезнях растений.
В институте на должностях ассистентов и лаборантов работало немало, начинающих ученых, и они-то особенно охотно посещали сад и дом гостеприимного профессора Вильямса. Желанным гостем всегда был Д. Л. Рудзинский[14] — ассистент самого Вильямса; ему была на кафедре поручена селекция, то-есть работа по выведению новых сортов культурных растений.
Совет института собирался в те времена не часто. Других мест, где профессора и преподаватели могли запросто встречаться и обсуждать вопросы — научной и педагогической работы, не было. И вот гостеприимный дом Вильямса зимой и его сад летом становятся своеобразным научным клубом профессоров Петровки. На «заседаниях» этого «клуба» для института только и признавалось название «Петровка». Здесь не умирали ее передовые демократические традиции. Собираясь у Вильямсов, ученые Петровки обсуждали планы научной работы, рассказывали друг другу об успехах, достигнутых в тех или иных научных исследованиях. Хозяин дома, неизменно доброжелательный и веселый, большой любитель музыки, смешных историй и всяких развлечений, как-то незаметно направлял интересы всего этого большого научного коллектива к одной цели — к общей работе на пользу земледельческой науке. И вот не только агрономы, но и химики, и биологи, и зоологи, и представители других наук сосредоточивали свои усилия все больше и больше на обслуживании интересов агрономии, так как все они понимали, что эта важнейшая для человечества наука может благотворно развиваться и расти, только оплодотворяемая достижениями всех отраслей современного естествознания.
Реакционный, полуполицейский устав Московского сельскохозяйственного института постепенно расшатывался передовой профессурой и студенчеством. Привилегированного дворянского института из бывшей Петровки не получилось: сынки богатых помещиков не так уж охотно шли в высшую агрономическую школу, и их число в составе студенчества постепенно падало.
Говоря об этом периоде в жизни Петровки после официального закрытия Академии, ее питомец академик И. В. Якушкин отмечает:
«…школа оправилась от перенесенного удара, великие традиции Петровской Академии не умирали в старых стенах, и новые петровцы, иронически называемые иногда «институтками», выносили из этих стен те же демократические идеалы — идеалы народного благоденствия».
По общему признанию главную роль в поддержании демократических и научных традиций старой Петровки играли профессора-петровцы, бывшие питомцы Академии и ее сотрудники — Вильямс, Демьянов, Прянишников, Фортунатов.
Немалое значение в демократизации настроений студенчества и профессуры, а также и в поднятии уровня научной работы имели профессора, появившиеся в институте в середине девяностых годов, — Евграф Степанович Федоров (1853–1919) и Константин Антонович Вернер (1850–1902); оба они в самом скором времени стали близкими друзьями Вильямса.