В 13 часов 21 минуту в школе раздался третий взрыв, который обрушил часть крыши над физкультурным залом. Перестрелка усилилась, и она шла теперь с обеих сторон. Над зданием школы появился военный вертолет, перед зданием – танк. Первыми на спасение детей бросились осетинские ополченцы, стреляя по окнам школы из автоматов, карабинов, охотничьих ружей и разного рода винтовок старого образца. Начали стрельбу, прикрывая детей и ополченцев, бойцы «Альфы» и «Вымпела». Многие из них бросились спасать детей. Не все бойцы спецподразделений были в бронежилетах. Этим ожесточенным боем никто не управлял.
Эмоциональное описание этого стихийно развернувшегося штурма содержалось во многих газетах и журналах, корреспонденты которых наблюдали за всеми событиями с близкого расстояния. «Первыми на штурм пошли отцы захваченных детей» (Юрий Спирин, «Известия»). «Когда начался прорыв детей из взорванной террористами школы и шквальный огонь бандитов в спины разбегающимся заложникам, милиционеры и ополченцы первыми бросились навстречу. Многие тут же погибли. В нескольких метрах от школы снайпер убил двух ополченцев в светлых рубашках» (Тимофей Борисов, «Российская газета»). «Такого в своей репортерской практике я не видел еще никогда. Ни в Буденновске в 95-м, ни в Первомайском в 96-м, ни на Дубровке в 2002-м. То, что происходило в Беслане на моих глазах, походило на стихийную гражданскую атаку захваченного террористами здания. Спецподразделениям оставалось лишь прикрывать огнем рвущихся к школе вооруженных родственников маленьких заложников. Остановить этот натиск было уже невозможно. Это был даже не штурм, это была по-первобытному жестокая драка, резня – но с применением современного оружия. В этой резне на второй план ушли свистящие пули, мины-растяжки, залпы из гранатометов. Штурмующими владело только одно желание – уничтожить… Убить любой ценой, всадить пулю если не в террориста, то в его тень, в то место, где он только что находился, или просто зло опустошать автоматные рожки в сторону злополучной школы» (Григорий Санин, «Итоги»).
Были и лживые свидетельства. Корреспонденты газеты «Аргументы и факты» Владимир Сварцевич и Георгий Александров настаивали на такой последовательности событий: «Спасатели МЧС занесли в здание школы труп боевика, убитого 1 сентября в перестрелке с милиционерами. Наступила тишина… Неожиданно ее разорвали 4 одиночных выстрела… В спортзале послышались детские крики. Это было ровно в час дня. Лежа за углом соседнего со школой дома, мы выглянули в школьный двор. Почти одновременно раздались два страшных взрыва. Над спортивным залом поднялся громадный гриб дыма. Нас засыпало осколками шифера и штукатурки. Из окон школы стали выпрыгивать заложники. Бандиты открывали в спину убегавших ураганный огонь. Дом, в котором мы находились, стал главной мишенью боевиков. На нас обрушился шквальный огонь. На наших глазах застрелили двух мальчиков, которые перед смертью успели выкрикнуть: "Дяденьки, убейте их! Они сволочи!"» («АиФ», № 36). «Кто стрелял по школе, – вопрошала газета, – спровоцировав тем самым вынужденный штурм?»
Еще дальше пошла Юлия Калинина из газеты «Московский комсомолец». Она утверждала, что первые взрывы в школе могли спровоцировать военные, чтобы дать возможность бежать хотя бы части заложников. «Возможно, был выстрел в стену из танкового орудия – стреляли пустой болванкой, от детонации взорвалась одна мина, а потом и вторая. За эту версию говорит многое». Эти рассуждения содержались в газете уже 6 сентября в статье «Операция на сердце нации» и они сочетались с самыми нелепыми обвинениями в адрес Владимира Путина и «его силовиков», которые «никого не могут защитить» и не «дорожат детьми осетин».
Сообщения о жертвах среди заложников менялись 3 и 4 сентября много раз. «Российская газета» вынесла в заголовок на первой странице 6 сентября слова: «Большинство заложников спасено. Есть погибшие». Газета «Время новостей» сообщила читателям 6 сентября, что число погибших в Беслане составило 353 человека, а пропавших без вести около 160. Официальные цифры, опубликованные в газетах 7 сентября, свидетельствовали о гибели 338 заложников, из которых 12 скончались в больницах. Число раненых достигало почти 600 человек. Общее число заложников определялось Министерством народного образования Северной Осетии в 1181 человек.
Служба ФСБ сообщила о гибели десяти сотрудников «Альфы» и «Вымпела». Это были самые большие потери за всю историю российских спецподразделений. О числе погибших и раненых ополченцев нигде почему-то не сообщалось.
Сообщения о составе банды террористов также менялись несколько раз. Были сообщения и о двадцати, и о пятидесяти бандитах. По данным МВД, ФСБ и Генеральной прокуратуры, опубликованным только 10 сентября, в банде, захватившей школу, было 32 человека, включая двух женщин-шахидок. Один бандит убит утром 1 сентября в столкновении с постовыми милиционерами, еще один или два бандита расстреляны главарем банды 2 сентября – за неподчинение. Остальные убиты 3 сентября в разное время и в разных местах школы или вокруг нее. Несколько бандитов пытались скрыться, наспех сбрив бороды и натянув на себя одежды заложников. Они схвачены и убиты ополченцами и толпой на улице. Один из террористов долго стрелял в толпу, скрываясь за трубами на крыше. Он убит выстрелом из танкового орудия.